J 市海边有一群自称是深海族的怪人上岸，开始往地面上侵袭。A 级英雄莿枪侠在激烈战斗之後，把它们歼灭了，但却被之後到来的深海王一拳击杀。埼玉跟杰诺斯看到新闻报导之後，急忙赶往 J 市，可是他们不但一直无法确定深海王在哪里，二人还意外的分散了。在那当中，挡在深海王前面的是一名身穿囚服的巨汉，以及应该还在服刑的音速的索尼克。另一方面，C 级英雄无照骑士也骑著爱车正义号，拼命地赶往现场。

受到深海王的袭击，灾害避难所里陷入一片恐惧，这时杰诺斯独自一人出现了。他那与深海王战得难分高下的英姿，让避难所的人们感到兴奋激动，但杰诺斯为了保护一个孩子，而被深海王所喷出的溶液击中，形势一举恶化。就在深海王要给杰诺斯无情的最後一击时，另一位英雄出现了，但那是无照骑士。身为 C 级英雄的无照骑士，跟深海王的实力相差太大，使得人们感到很失落。但即使如此，无照骑士仍是勇敢地前去与深海王对抗。

S 级英雄们突然接到紧急召唤。埼玉与杰诺斯刚好前去拜托银牙的道馆，也跟银牙一同前去。来到位于 A 市的英雄协会总部，各个杰出的 S 级英雄都已经集结于会议室 。而在他们面前，英雄协会的干部开口了，说预言百分之百会命中的先知席芭芭瓦，在预言半年以内“地球有难了”之后，就过世了。正当会议室里的气氛紧张的时候，总部的大楼发出巨大声响并剧烈震动，四周被黑暗所包围。不久，切换到紧急电源之后，在会议室等待着他们的是，刚刚那一瞬间 A 市已近乎完全毁灭的这个事实。

战斗员梅尔萨加德，从飞到 A 市上空的巨大太空船当中，降落到地面，并一脚踢开了 A 级英雄居全铁。原子武士、金属球棒、银牙，与水嫩嫩囚犯等 S 级英雄前去应战，但梅尔萨加德的肉体，受到攻击也会立刻再长出来，无法对他造成致命的伤害，他们陷入了苦战。另一方面，埼玉一个人进入大太空船内部，横扫敌军破坏船舰内部，同时朝着中枢部位走过去。敌方干部格流刚许普，对埼玉的暴行感到愤怒，他为了扭转这个局面，决定再次轰炸地面。城市瞬间被毁，这种恶梦般的惨剧再度威胁着 A 市。