2029年1月，飞机381航班在飞行中发生了爆炸事故，公安9课认定犯罪嫌疑人是一名记忆疑似被植入了电脑病毒的男子村坂堤，他们决定去这个男子的住所进行搜查。但在进行搜查前，似乎有人先潜入了村坂堤的住所。经过一番打斗后公安9课才发现这群陌生人是美军情报部的人员，他们要求和公安9课合作进行调查。

草薙虽然逮捕控制了纵火犯，但是这个纵火犯却不是伽尔贝斯，之前发生爆炸坠毁的飞机失事现场发现了疑似伽尔贝斯的遗体。被草薙控制的纵火犯究竟是什么人，相关部门的技术人员正在努力解析。草薙的部队被剔除了共同调查的队伍，美军情报部想利用失事飞机的乘客对纵火犯进行解析。草薙信不过这些技术人员，她要求直接调查解析穗积。