戦後復興の兆しある2028年冬のニューポートシティー。水の価格協定への抗議デモを見守る草薙素子少佐率いる独立攻性部隊の姿があった。その目の前で機動隊による無差別発砲事件が発生。それら前代未聞の同時ゴーストハックは電脳ウィルス「ファイア・スターター」が引き金となったものだった。草薙は感染源を特定、銃撃するが、その最中に“枝”をつけた何者かがいた。草薙たちが確保したその重要参考人は、全身義体の少女ツダ・エマであった―。

移送中のエマの義体内の電脳にダイブした草薙は、そこに二つのゴーストがあることに気づく。そして、移送先であり、かつての所属組織である501機関で、草薙はエマとその義体に潜む電脳についての情報を得るが、突如501機関へのファイア・スターターの感染が発生するのだった。ニューロチップ内で不活性状態となっていたウィルスを使い逃走した“ブリキの少女”エマと“カカシの男”ブリンダジュニア。彼らを追う草薙は、その二つのゴーストが求めるものに迫る―。

The Logicomas create their own Q-Team and hunt the cyborg Emma, with interesting results.