Los manifestantes comienzan a reunirse en Niihama, pidiendo al gobierno de Japón que devuelva el agua robada a los huérfanos de guerra. La mayor Motoko Kusanagi, contratista de Seguridad Pública, se encuentra sobre un edificio observando las protestas. Ella afirma que "está comenzando" ya que todas las líneas de vida, los sistemas de vigilancia, las cerraduras de las puertas y otros sistemas controlados electrónicamente están dominados por la Sección 9. El Jefe de Seguridad Pública, Daisuke Aramaki, dirige su equipo de inteligencia de IA para analizar a las 4022 personas aisladas en esa área. Escucha quejas de otros departamentos de Seguridad Pública, pero las descarta mientras sigue la pista de un grupo Qhardi movilizado recientemente.

Kusanagi, Batou y Togusa llegan al cuartel general de la 501 para que le diseccionen el cerebro cibernético de Emma. Se revela que ella es víctima de un experimento fallido de "Doblaje de fantasmas" realizado por el coronel de Asuntos Especiales Hozumi, que une dos fantasmas al cuerpo de Emma bajo una estética mental similar al Mago de Oz . Togusa está infectada por un Ghost Hack creado por Emma, ​​que le permite escapar a un lugar remoto. Hozumi luego llega con sus hombres y supuestamente elimina el cuerpo de Emma para proteger a su facción. Después de que el cuerpo androide de Emma emerge de un prototipo de tanque con patas de Harimadara, fue destruida por el buque de guerra Kuzan mientras se ve a Hozumi escapando en helicóptero. La Sección 9 logra derribarlo y el equipo del Mayor recibe "autoridad especial".

The Logicomas create their own Q-Team and hunt the cyborg Emma, with interesting results.