2027年8月。501機関から独立し軍内部での自由を得た草薙素子。自身の部隊の結成を目論む最中、何者かによるロジコマへのハッキングが発生する。荒巻の要請でロジコマをラボに移送する草薙だったが、突然、交通網の渋滞が発生、そこに元レンジャーのバトーとボーマ、元陸軍情報部のイシカワ率いる武装集団の襲撃が現れる。その狙いはロジコマの破壊。対する草薙は米軍情報部エージェントのヴィヴィーと協力関係を結び反撃に出る。

元陸軍警察のパズと海兵隊のエース・スナイパーのサイトーをスカウトした草薙は、バトーたちのアジトに侵入する。そこで草薙は、バトーたちの目的が、かつての上官・ソガ大佐のカルディスタンでの難民虐殺の容疑を晴らすだけでなく、モジュールで車両用AIを並列化し軍事データベース「パンドラ」に侵入、その全てを公開することにあると見破る。一方、バトーたちはソガ大佐に反乱を促し利用しようとする存在に気づくのだった。

A Logicoma being tried for unspecified charges.