Tom Chandler舰长和美国海军阿利·伯克级驱逐舰“内森·詹姆斯号”的全体船员正在北极圈内执行为期四个月的常规任务。船上搭乘了两名滤过性病原体学者——Rachel Scott博士和Quincy Tophet博士，告诉Chandler舰长他们将在目的地从事鸟类研究。当他们遭遇一群叛变的俄罗斯士兵的袭击之后，Chandler这才发现这两名病毒专家的真正任务是收集一种致命病毒的病原体样本。七个月前，这种致命病毒开始在全球范围内爆发。当“内森·詹姆斯号”在巴伦支海游弋的时候，这种病毒已经导致全球过半人口死亡。重新组建的美国临时政府命令“内森·詹姆斯号”立刻返回美国本土，但Chandler和他的船员知道那已不再是他们离开时的家园，他们一旦回去就会成为被利用的工具。要想成功研制出抗毒解药，最安全的地方就是大海——在他们自己的船上。

Chandler和他的团队前往位于关塔那摩湾的美军基地寻找食物和医用补给品，同时为"内森·詹姆斯号”补充燃油。Chandler派出三个小组分别执行这三项任务。当来到关塔那摩之后，他们立刻遭到从监狱中逃脱的囚犯的攻击。他们发现一个头发花白的私人承包商独自在岛上生存了数个星期——既没有被病毒感染，也没有被逃犯杀死。他们希望此人能够帮助他们突破囚犯的防线，但此人态度极其生硬。美国海军在此人的帮助下消灭了囚犯，但在最后却遭遇了俄罗斯海军。

一个新敌人要求Chandler交出Rachel及其研究成果，“内森·詹姆斯号”面临新的挑战。Chandler拒绝了对方的要求，他和他的船员们必须采用一系列大胆而冒险的战略行动来逃过一劫。但他们没有想到对手也有杀手锏，他们在寻找解药的较量中丝毫不落下风。

“内森·詹姆斯号”逃离了关塔那摩湾后，开始往哥斯达黎加驶去。副轮机长钟在轮机室内听到了一些声音，就让另外两个助手拉起过滤器检查，没想到，着火了。舰桥顿时拉起警报，之后开始检查，发现海水吸入口被水草堵住了，导致故障。钟与Chandler舰长说明情况。这时，船上已经剩3000加仑淡水。许多人也病倒了，Chandler舰长让剩下的发电机发出的电分给CIC和斯科特博士的实验室。翌日，轮机发动了一小时就不再转动了，舰长、钟、二副和斯科特博士一起来到轮机室查看情况。他们开始商量对策。第三天，Chandler舰长发现起风了，就让舰员们把昨天准备的降落伞打到空中去，船才得以发动。舰内也有电了在舰桥内，格兰德森上尉用望远镜看到了海鸥，大家也看见了陆地。chandler舰长说着淡水。然后，全员就踏上陆地。

Rachel在疫苗的研制工作上即将取得重大突破，但她和Chandler、Slattery必须到尼加拉瓜的丛林中去一趟——去找一些猴子来进行疫苗测试。然而这趟丛林之旅却充满了危险，他们正面遭遇一位穷凶极恶的前毒贩：公牛，此人决心不惜一切代价维护自己对当地社区的奴役和统治。Chandler和他的手下人面临着巨大的道德困境：消灭这个暴君并解救无辜的百姓，还是带上他们需要的东西一走了之?结果他们选择了前者，最后让那片地区自由了。

虽然“内森·詹姆斯号”的船员安全返回船上,但尼加拉瓜的恐怖经历成为他们的梦魇.当Danny Green患上一种可能与病毒有关的神秘疾病之后,恐慌情绪在船上快速传播开来.Chandler已经对Rachel和她失败的病毒疫苗实验失去信心,但他不得不拼尽全力约束越来越失去控制的船员.如果他无法将船员们重新团结起来,他们的终极任务必将失败。

在经历了长久的航行后，“内森·詹姆斯号”的船员反复听到了一个呼救信号。经过确认后，发现是同一个女人。博士推测出这个女人可能携带有对病毒的免疫基因，于是“内森詹姆斯号”的船员出发去营救。同时，俄罗斯基洛夫级巡洋舰发现了“内森詹姆斯号”，于是他们决定去堵截前去营救的船员们。经过一番激战后，“内森·詹姆斯号”的舰长与另一名船员不幸落水。虽舰长明令不能寻找，但船员们依然派出了搜救队，无果。最后，终于有直升机将二人救起，但等待他们的，却是俄罗斯人······

Chandler和Tex陷入危险境地,Slattery必须临时担任“内森-詹姆斯号”的指挥官.Slattery面临两难抉择:一边是拯救世界的重要任务,另一边是营救身陷险境的舰长。他必须想出一个万全之策来救回自己人,同时确保船上最重要的财产（原型疫苗），不落入他人之手。

Rachel和Chandler决定招募六名志愿者参与抗病毒血清的人体试验,但是对参与者来说,当病毒与血清在他们的身体里发生激烈反应之时,那种滋味简直生不如死。与此同时在美国本土,Chandler的妻子和父亲竭尽全力确保一家人生存下去。

Chandler和他的船员们终于回到家园。他们发现一名前华盛顿权力阶层中的重要人物正试图恢复法律与秩序，但一个危险的军阀可能导致她的努力化为泡影。Chandler等人目前已经掌握了完成“化解病毒危机”任务的方式、方法和具体地点，Chandler决心要拯救危在旦夕的家人，但他很快意识到这个全新的世界正面临一些非常可怕的事情。

钱德勒舰长被派往亚洲去调查可能发生变异的恐怖病毒，“内森·詹姆斯号”副指挥官Slattery和他的船员们向东南亚地区提供治疗服务，但是发现随时都有可能会出现不可预测的威胁。

钱德勒舰长必须想一个带他的部下返回的方法，并开始调查一个危机的陌生的敌人。

钱德勒和船员们在亚洲的道奇城寻找到案，Slattery开始揭露令他不安的艰难处境的真相。

钱德勒必须面对他的新敌人，Slattery对所谓的病毒变异有了更进一步的了解。随着局势的恶化，总统先生的压力越来越大。

随着处境的恶化，钱德勒的任务变得复杂起来。同时，总统先生迎来各地区领导人的烦恼和担忧。

当钱德勒准备完成计划中最后一部分时，他的任务临近结束。而总统先生担忧起他的仕途命运。

“内森·詹姆斯号”必须躲避巨大的威胁。在圣路易斯市的一个意外发现将总统先生致于一个可怕的境地。

当钱德勒进一步研究可能发生的病毒变异时，一场悲剧在美国悄无声息的到来。

钱德勒找到一个可以解决威胁问题的线索。Kara在白宫做了一些深入的调查。

当白宫的命令下达时，钱德勒无比艰难地做着决定。

钱德勒与劲敌免不了来一场终极对决。Kara加入了一个可以帮她完成使命的团伙。

钱德勒回到了美国，他想弄明白到底发生了什么。

为国一战终于到了头，钱德勒接受的挑战可能永远改变他的生活。