Un team di ricerca della base segreta Icarus si ritrova sotto assedio ed è costretto ad evacuare per tornare sulla Terra, tuttavia, una manovra dell'ultimo minuto dello scienziato a last minute Nicholas Rush, porta il gruppo di sopravvissuti a bordo di un vecchio vascello degli Antichi, ormai in pessime condizioni, che si trova a milioni di anni luce dalla Terra.

Il gruppo che si trovava alla base Icarus è stato costretto ad evacuare e ora si trova a bordo di un'astronave degli Antichi a una distanza impossibile dalla Terra. il Dottor Rush afferma di aver ottenuto pieni poteri dal Generale O'Neill, ma la situazione a bordo della nave è sempre più disperata.

La riserva d'aria a bordo della Destiny è ormai agli sgoccioli e una squadra scende su un pianeta desertico per trovare un minerale che possa aiutare nel processo di trasformazione dell'anidride carbonica a ossigeno.

Nel poco tempo che rimane si creano alleanze e dispute, intanto Eli sta cercando di creare una sorta di messaggio nella bottiglia con l'aiuto di Kino, ma l'equipaggio della Destiny non sa che ci sono altre forze all'opera...

Nonostante il severo razionamento e le guardie di sicurezza, la riserva d'acqua continua a diminuire. Rush non riesce a trovare una spiegazione, ma se intendono sopravvivere devono trovare presto un modo per rifornirsi di acqua.

Mentre si trovano su un pianeta in missione, alcuni membri dell'equipaggio trovano una delle videocamere volanti della nave con del filmato che non è stato ancora girato.

Alcuni membri dell'equipaggio della Destiny usano le pietre degli Antichi per comunicare con i loro cari sulla Terra e rassicurarli sulle loro condizioni.

Uno dei superstiti della missione Icaro a bordo della Destiny viene accusato di aver commesso un crimine e l'equipaggio deve indagare per stabilire i fatti.