Elèves en terminale au lycée central de Tanegashima, Kaito Yashio et Akiho Senomiya sont les deux derniers membres du club de robotique de leur établissement. Depuis sa création, ce club construit une version grandeur nature de Gunvarrel, le célèbre robot géant d’un anime. Akiho cherche à mener à terme ce projet avant de quitter le lycée, mais elle se heurte à des difficultés budgétaires…

À bord de Super Gunstruction 1, Kaito débarque à la base de lancement et se retrouve confronté à Misaki et son Sumeragi. Pendant ce temps, l’équipe de Nae s’infiltre dans la salle de contrôle de la JAXA et va tenter de stopper la mise à feu de la fusée.