芭比带领朱尼尔组成武装力量追查吉姆的下落，结果他们却扑了个空。克里斯汀用水晶检测出伊娃怀有身孕，芭比得知后非常激动。芭比用对讲机约茱莉亚见面假装和谈，茱莉亚差点被骗，她还是冷静将芭比捉住。吉姆试图利用电击治疗芭比，结果芭比还是顽固不化，他最终打伤茱莉亚逃跑。怀孕的伊娃突然变得力大无比竟将吉姆打伤，克里斯汀积极为伊娃备孕，而茱莉亚最终用真诚感化了芭比。朱尼尔烧掉吉姆的房子发誓与父亲决裂，他和克里斯汀越走越近，吉姆远远观察怀疑克里斯汀另有阴谋。磨坊镇居民的临时住所突然起火，克里斯汀变身领袖组织居民搬进市政厅居住。一股军队势力突然进入穹顶，他们挟持吉姆索要黑蛋，吉姆为自保答应帮忙寻找。洛瑞和亨特变得非常亲密，乔倍感气愤并怀疑克里斯汀的身份。茱莉亚将搜集到的克里斯汀的秘密告知芭比，芭比竟置之不理并以拳脚相威胁。伴随着穹顶的收缩，梅勒妮的身体状况也越来越差。亨特向芭比坦白身份差点招来一顿揍，芭比提议和亨特演戏来逼外界军方交出黑蛋。芭比查出梅勒妮竟是父亲芭芭拉的私生女，他借此劝说父亲能交出黑蛋挽救梅勒妮的生命。在吉姆的再三要求下，波林画出了预言的图画。众人按照波林图画所示集齐开启黑蛋的八只手，然而梅勒妮突然陷入地下，莱尔见状发疯竟然刺死波林，吉姆暴怒将莱尔杀死。芭比和茱莉亚带齐攀爬的工具去探寻山姆的下落，芭比下降中突然遭遇神秘力量拉扯，他怕牵连到茱莉亚自断绳索掉下深渊。当芭比醒来的时候却发现自己身处穹顶之外，还没等到他晃过神来却遇到仇家。原来山姆也出了穹顶，他找到姐姐波林并见到了已经痴呆的莱尔。芭比设法找到父亲，他想借父亲的力量接近穹顶。乔利用飞行机器人探测悬崖下的情况，黑蛋突然发光并在空中画出了顶点镇。安琪夜晚跟踪神秘女孩至学校却遭遇不幸，朱尼尔巡查发现安琪遇害，他以为是父亲所为。帝王蝶在磨坊镇迅速繁殖，丽贝卡建议吉姆采取灭杀措施，芭比自告奋勇开启飞机播撒农药，因机翼太过靠近穹顶，芭比差点和飞机一起坠毁。犯罪现场的证据将凶手指向神秘女孩，乔拿枪欲射杀女孩为姐姐报仇，幸好茱莉亚及时劝阻。在安琪的葬礼上吉姆将好转的状况归功于自己，居民对吉姆的信任更是与日俱增。

吉姆和乔等人被围困，他们打算殊死一搏，军方幕后领导马丁突然带兵出现，他们出手救出吉姆。马丁讲述实验人员早期研究黑蛋遭到亲密关系病毒感染，而朱尼尔就是穹顶内第一批受感染的人群，吉姆与其达成协议共同救援。乔发现卸掉穹顶的方法，他却被逼研究解决穹顶钙化的问题。芭比装作感染者回到亲密组织继续打探消息，他惊奇的发现伊娃已到达临近生产的地步，原来克里斯汀用多名年轻女性供伊娃吸食精气。茱莉亚只好和吉姆共同行动查找内因，吉姆炸毁军队的船舶让茱莉亚秘密潜入实验室，他们从实验人员口中得知黑蛋会释放一种感染源，受感染人员会听从领袖指挥甚至选择自杀，而现在克里斯汀就是那个领袖。伊娃对克里斯汀的做法大为不满，结果她被克里斯汀蚕蛹的液体洗脑，她的任务就是孕育新一代女王。受感染的亨特欲对洛瑞不利结果摔断了腿，乔和洛瑞准备逃离却被朱尼尔拦住去路。乔和山姆进入梅勒妮消失洞口，他们一路探寻竟然发现了一条隧道。波林难忍痛苦恳求丽贝卡成全自己，吉姆回来见波林已死愤怒之下杀死了丽贝卡。穹顶内闪电和暴雨骤起，芭比召集全镇居民准备向隧道转移。吉姆已变的疯狂，茱莉亚险些命丧枪下，朱尼尔最终用枪将吉姆拦在隧道之外。跟随帝王蝶的指引，芭比带领居民来到了隧道的尽头，突然出现的梅勒妮表示要带大伙回家。吉姆趁芭比不在当上了警长，茱莉亚却一直不相信跳下悬崖能离开穹顶。芭比劝说父亲动用军方力量向茱莉亚内发了一封邮件，结果亨特突然找到芭比暗示穹顶存在阴谋。在亨特的帮助下，芭比发现了父亲的秘密，他向茱莉亚再发了一封邮件相约在穹顶边缘相见。莱尔在山姆的治疗下恢复了意识，波林劝说山姆共同解决穹顶的问题。芭比蒙混过关终于到达了穹顶边缘，他用笔告诉茱莉亚穹顶外很危险。穹顶内突然下起雨来，正当人们准备储存雨水时才发现雨水已变成了类似血水的东西并同时具有了腐蚀性。理发师莱尔坚信这是神对他们的惩罚，他拦截下吉姆的车并绑走了丽贝卡。乔和洛瑞在学校偶然发现笔记本有了无线信号，朱尼尔更是收到了母亲的电邮。芭比在朱尼尔的帮助下成功救出丽贝卡，丽贝卡利用化学原理使血雨停止，她和吉姆商议准备选择性的减少镇上人口以控制资源，然而这个提议却遭到茱莉亚的坚决反对。

马丁告诉茱莉亚研究室正在研发治疗病毒的药剂，芭比让乔放缓研究击碎穹顶的进程，他担心亲密关系病毒会蔓延至穹顶之外的世界。反叛军活捉了朱尼尔，吉姆同意用自己儿子做实验活体。芭比牵挂伊娃腹中胎儿，他提出逃离却被伊娃拒绝。朱尼尔服药后表现的十分正常，结果他趁吉姆放松懈怠挣脱逃离，治疗实验以失败告终。伊娃顺利产下女王，女王迅速吸走伊娃的精气，完成使命的伊娃被克里斯汀灭口。切斯特磨坊镇一行人跟随梅兰妮进入虚幻，都被传送到了穹顶边缘，穹顶消失了。他们各自过上了各自的生活，时间在穹顶消失一年后，切斯特磨坊镇的人举办了一个逝者纪念会，本发现一切事情梗不对劲，将要告诉切斯特磨坊镇居民，却被控制虚幻的梅兰妮掐死。芭比被黑衣人强行带离穹顶边缘，黑衣人要求芭比交出能量源黑蛋，芭芭拉假意探视亦劝说儿子交出黑蛋。芭芭拉控制网络向茱莉亚发了一封视频邮件，他称可以用黑蛋换取芭比的自由。吉姆发现黑蛋暗藏玄机，他与外界沟通愿意交出黑蛋来用来换取自己和朱尼尔的安全。茱莉亚打算交出黑蛋却遭到梅勒妮的强烈反对，她坚信穹顶是为了保护他们。芭比和波林等人汇合，受到波林明信片的提醒，芭比找到了通往穹顶的入口。神秘女孩竟和1988年的梅勒妮一模一样，芭比和乔一同帮她寻找记忆。丽贝卡从病猪身上提取流感病毒，原来她想用病毒配合吉姆的诛杀计划。朱尼尔从莱尔的口中得知母亲波林生还的秘密，然而波林很早就预测出穹顶内所发生的事情。梅勒妮来到发现小穹顶之处竟让她找回记忆，原来当年她与山姆、莱尔、波林发现了陨石，她为了保护陨石中黑蛋意外惨死。茱莉亚及时阻止吉姆释放病毒，她将吉姆和丽贝卡关了起来

道恩找到克里斯汀并将其杀死，她要带领亲密组织打破穹顶。朱尼尔与山姆因争夺领导权而产生分歧，他一气之下杀死了山姆。道恩提示四只手其中的人能用水晶矩阵打破穹顶，乔情急之下舍身代替洛瑞入阵。穹顶被击碎，芭比追击道恩至穹顶边缘的裂缝处，他舍弃亲情踩断踏板，道恩掉入无尽深渊，吉姆无法招架朱尼尔的进攻无奈将其杀死。穹顶消失后政府全面封锁了消息，然而道恩仍然存活在这个世界上。(大结局)地震竟带来了降温，穹顶内地面覆满了白霜，丽贝卡立即召唤居民聚集起来取暖。路面结冰导致芭比翻车，茱莉亚被钢筋刺穿腿部，低温更是将他们困在车里。吉姆在河边发现了莱尔，莱尔嘴里却一直说自己深陷火焰当中。亨特的举动让乔产生怀疑，乔趁机翻看亨特的物品竟发现他与外界有联系。亨特与外界军方接头被乔发现，但亨特却是为了保住黑蛋，突然间，穹顶竟向内收缩起来。朱尼尔和山姆下到隧道中探视，芭比也闻讯赶到，结果芭比和山姆被爆炸的巨石围困起来。穹顶内因上次的红雨事件导致表层土壤四处飞扬，吉姆带领居民用风车洒水并想趁此机会夺回权力。朱尼尔以为莱尔要杀掉四只手的主人，他急忙联系到乔，梅勒妮提议重新找回黑蛋。芭比偶然间发现山姆的伤口，山姆交代是自己杀死了安琪，并扬言要杀死四只手的主人才能解除危机，山姆无处可逃竟跳下深渊。天空突然变得明亮，居民纷纷晕倒，朱尼尔放弃行刑。穹顶的边缘变成超强磁铁，琳达为解救芭比惨被汽车挤压致死。茱莉亚在扔掉黑蛋的位置发现一名落水女子，她和山姆一起将她救醒。丽贝卡提议在穹顶中心制造人工磁场，但新的一波脉冲致使更多的人晕倒。吉姆恍惚间看到杜迪和琳达的灵魂，他听从琳达劝说欲上吊自杀，茱莉亚及时相救，霎时间穹顶的磁场消失。然而那名被山姆救起的女子，却似鬼魂一般在镇上游荡。