一位名叫 Milly 的学生因年幼而受到校霸 Sissi 的羞辱和排挤，她寻求泰迪熊的安慰。Milly 认为只有她的泰迪熊才能给她安慰和支持。X.A.N.A.，进入了现实世界，并附身在小熊身上...

Odd 决定和他的朋友们组建一支乐队。但 Jeremie 不会演奏，于是他们想雇一个鼓手。最后，他们找到了最好的鼓手Nicholas。正当大家为是否让Nicholas加入乐队而争论不休时，XANA 正计划让一个电塔超载，通过产生巨大电流，炸毁一座核电站...

Ulrich 和 Jeremie 正在校园的墙上涂鸦，而 Kiwi 吵醒了 Jim，结果惹上了麻烦，不得不在校园里过假期。与此同时，Xana 又发动了攻击，这次她洒出了两种有毒化学品，产生了有害烟雾。Yumi、Aelita 和 Odd 将如何拯救世界...

Sissi找到了一些对 Ulrich 来说非常特别和珍贵的东西，那就是他的日记！不幸的是，日记中包含了一些关于 X.A.N.A.和 Lyoko 的信息。Sissi决定以此要挟 Ulrich。后来，Odd、Ulrich、Sissi 和其他一些学生要去游泳池，他们乘坐的巴士是 X.A.N.A. 的下一个目标。他想把巴士撞进一家化工厂。队员们必须前往 Lyoko，帮助 Aelita 到达圆塔，拯救学生和城市的其他居民。

两个女孩在谈论 Ulrich，然后 Sissi 去打断了她们，并告诉女孩们 Ulrich 隐藏了对她的感情。后来，Odd 和 Ulrich 对 Sissi 做了一个恶作剧，给了她一个关于"真爱"的消息。就在恶作剧进行的同时，小镇上的人们因为一种奇怪的病毒而陷入困境，现在两列火车正在相撞，其中一列火车上的剧毒化学物质会杀死小镇上的人...

Jeremie 正在研究实体化程序，Jeremie 想将 Aelita 物质化，但还需要做准备工作。当晚，Xana 控制了两辆推土机，开始摧毁工厂。Odd 和 Yumi 进入 Lyoko，在那里她掉进了虚空。为了拯救 Yumi 的生命，Jeremie 不得不在实体化她或 Aelita 之间做出选择。

在一次行动后，Yumi的行为变得异常,Jeremie 意识到 真正的Yumi 被 Xana 控制了...

当一位导演来镇上拍摄电影时，Xana 为了消灭 Ulrich 和其他人，附身到一个塑料外星人模型上...

X.A.N.A.控制了人造卫星,企图利用威力极强的激光炮来攻击小队们...

Jeremie 与 Aelita 失去了联系。同一天，一个名叫 Taelia 的新同学来到了学校，她和 Aelita 长得很像。Jeremie 确信 Taelia 是 Aelita 的虚拟化，但其他人却不太确定。与此同时，Xana拥有了Yumi为一个项目带来的古代武士盔甲，并要杀死Jeremie和其他人。Jeremie 带着 Taelia 前往实验室，希望她能克服 "失忆症"，记起自己是 Aelita。但当 Jeremie 发现自己错了吗？

Jeremie得知他必须参加一个测试。如果他通过了，就会被转到一所新学校，到时将没有人能阻止 XANA。说到这里，Xana 控制了一群老鼠。这群老鼠袭击了学校，让学校几乎寸步难行。Ulrich、Yumi 和 Odd 把 Jim、Sissi 和其他人带到屋顶，然后前往实验室。Ulrich 和 Odd 被虚拟化，而 Yumi 控制着超级计算机。Jeremie 暂时离开了，小队还有机会吗？

一天晚上，Ulrich 在门缝里发现了一封神秘的信......一封署名 Yumi 的情书！Ulrich 纠结于自己的感情和如何告诉 Yumi 他对她的感觉。与此同时，Xana 感染了一窝蜜蜂...

Jeremie 仍在尝试将 Aelita 母细胞化。他把小队成员叫到工厂，向他们展示他的最新开发成果。不幸的是，他没有意识到自己按多了一个按钮，因此搞砸了 Aelita 的程序，出现了一大堆错误。就在 Jeremie 试图从字面上解决这些 bug 时，Xana 发动了攻击，放出冲击波，使 Odd、两名小记者和 Kiwi 处于危险之中。Jeremie 是否愿意为了救朋友而让 Aelita 被删除呢？

今天是 Jeremie 和小队成员与 Aelita 相遇的纪念日。小队成员开始计划给她一个惊喜，却不知道 Sissi 在暗中观察。当 Jeremie 和 Odd 试图打开工厂电梯时，电梯却无法运行。他们去控制室查看出了什么问题，Xana 利用控制室里的机器攻击了他们...

在科学课上看到笑气之后，Lyoko 小队不得不再次看到它--为 Xana 工作。在为 Sissy 参与学校编排的《罗密欧与朱丽叶》时，Ulrich 和 Yumi 被笑气制服了，Jeremie 和 Odd 在工厂里也有点吃不消。当然，这也导致了数据传输错误，让 Odd 连走路都成问题，更不用说击退 Xana 的成群怪物了。Aelita 单飞，团队中有三人情况危急，小队们真的会笑着死去吗？

匆匆踢完一场球后，Yumi 回家过夜，但 Odd 和 Ulrich 进饭堂吃晚饭时，Jeremie决定去看看 Aelita，结果 Yumi 跟着他去了。在其他人大快朵颐留下的甜点时，Odd和 Ulrich 陷入了Xana的陷阱。饭堂不仅通了电，屋顶还随时可能坍塌。Yumi 能否成为我们的英雄，把 Aelita 带到圆塔呢？

当 Ulrich 了解到纳米医生（NanoDoctors）--一种被设计用来治疗疾病的小型机器人--时，他拿着一些凝胶。Odd恶作剧地把凝胶推到 Ulrich 的脸上，几分钟后，Ulrich 突然晕倒并失去了记忆。奇怪的是，失忆症传遍了整个学校，Jeremie 和Odd认为是 Xana 在作怪...

Odd 下载的一首新摇滚歌曲让他陷入昏迷，同样的歌曲在学校里流传。Xana的新节拍就是原因，他可以在任何地方播放。医院里的病例爆满，Odd 的心脏每跳动一下都会变得更加虚弱。但是，当工厂里开始播放这首曲子时，小队成员们是否能明白音乐的作用不仅仅是抚慰心灵？Aelita能否拯救他们？

Jeremie 正在推进他的物质化程序。他虚拟了自己，但系统中没有足够的内存来完成传输，Jeremie 被夹在了两个世界之间。要完成传送回现实所需的内存超过了工厂所拥有的内存，如果Lyoko小队不抓紧时间，Jeremie 就会被当作旧文件删除，Yumi 能否挑起大梁？

Herb 和 Jeremie 都参加了机器人比赛，Herb 的机器人是 "Iron Sissy"，而 Jeremie 的机器人是 "Kiwi 2"。Herb耍诈，从"Iron Sissy"上发射齿轮摧毁了 "Kiwi 2"。与此同时，Xana 的计划是利用制造机器人。Ulrich 和 Yumi 在 Herb 的帮助下，拖延了 Xana 机器人的速度。Jeremie 发现 Xana 在工厂里制造了机器人，并破坏了通往 Lyoko 的电脑...

Ulrich参加学校的足球比赛,他的爸妈也来看他... Xana发动袭击,把整间学校的重力减低,而Yumi和Odd正陷入苦战, Aelita冒险一试....

Ulrich 厌倦了多次被重启，也厌倦了等待知道 Yumi 是否对他有感觉。他以为这些是他唯一的烦恼，Xana 的最新攻击相当致命。他断开了扫描仪的连接，如果他或任何成员失去所有生命值，扫描仪不会让他们返回现实世界。他们可能会死在 Lyoko...

Odd认识了一位女朋友Samantha,为了她Odd承认自己偷窃... Xana发动袭击,将整个城市的建筑物不断下沉,并浸没,此时Odd的女朋友还被困...

Odd、Ulrich 和 Yumi 困在了一个和学校一模一样的虚拟世界里。在 Aelita 的帮助下，Jeremy 到达了虚拟世界，并试图让朋友们相信他才是真正的 Jeremy...

就在 Jeremie 为 Aelita 完善他的物质化程序时，Yumi、Ulrich 和 Odd 正在为她的到来做准备。但就在他们即将成功之际，Jim 的偏执却加剧了 Xana 所引发的糟糕局面...

Aelita 被实体化了，但不幸的是，Xana 在 Aelita 体内植入了病毒，所以如果 Xana 被消灭，Aelita 也会死。一帮人正在和 Aelita 讨论，寻找抗病毒的方法...

Jeremie努力寻找新的、更好的方法来对抗 Xana。为此，他为小队开发了新的交通工具。同时他还开发了一种新的圆塔扫描程序，可以即时检测到已激活的圆塔，让 Aelita 得以在现实生活。在适应新生活的同时，全班同学到附近的森林进行了一次科学考察。Ulrich 想和 Yumi 搭档，但她已经和一个叫 William 的人搭档了...

当 Aelita 适应她在地球上的新生活时，Jeremie 和其他人调查了隐秘小屋的主人 Franz Hopper，以及他与超级计算机 Lyoko 和 Xana 的联系。他们发现Franz Hopper其实是学校的前任老师。被 Sissi 捉弄后，Aelita 退却到 Lyoko，但却迷路了。Jeremie 在 Lyoko 以前未被发现的第五个区域找到了她...

发现迦太基地区后，大家决定前往探索。Yumi 在深夜持续前往 Lyoko 引起父母注意后，被迫选择退出。在迦太基地区，Ulrich 和 Odd 被实体化了，但却没有出现在现实世界中，于是 Yumi 溜出家门去 Lyoko，从钵水母纲手中救出 Aelita，而 Jeremie 则寻找找回 Odd 和 Ulrich 的方法...

Xana控制了时光倒流程序,并不断使用时光倒流程序,众人都摸不着头脑, 不管怎样决定先锁定圆塔, 同时Xana终于能够控制人类,第一个控制的就是Sissi ...

当 Aelita 的梦境和幻觉变得让人无法忽视时，一行人前往隐秘小屋探寻梦境和幻觉的来源。在那里，Aelita 发现了一个玩偶，她莫名其妙地认出这个玩偶就是 Pück 先生。这个玩偶身上藏着一把火车站储物柜的钥匙，里面装着Franz Hopper的加密日记。发现这本日记后，Xana 采取了行动，附身在 Jeremie 身上，以确保他们永远无法读取这本日记。当他们解除了塔的功能，当Jeremie 醒过来时，Yumi 向 Jeremie 解释了为什么 Xana 可以附身在他身上，而不是 Ulrich、Aelita、Odd 或 Yumi。

今天是情人节，空气中弥漫着爱的气息。Ulrich 忘记了，于是为 Yumi 写了一首诗。然而，当 William 送花给 Yumi 时，Ulrich 吃醋了，他把诗读给 Sissi 听，希望引起 Yumi 的嫉妒。两人最终吵了起来，不知道对方是否真的喜欢自己。另外，一个被 Xana 附身的人在 Aelita 家门口留下了一条项链...

学校在体育馆举办音乐会时，William 不小心掉了一块 DJ 比赛用的混音板。Odd 提议修好它，并试图让 Jeremie 帮忙。Jeremie 忙不过来，Aelita 便主动帮忙。她很容易就修好了设备，并发现自己在这方面很有天赋。学校也要举行期末考试了，Odd 发现自己丝毫没有准备好。与此同时，Xana 附身在 Jim 身上，把 Aelita 带到工厂，准备把她交给钵水母纲...

在一次前往迦太基地区的任务中，钵水母纲 袭击了 Yumi，偷走了她的人类 DNA，将她困在了 Lyoko。更糟糕的是，今天是她的班级拍照日，如果缺席，她将被停学。经过一番讨论，Ulrich 想出了让 Sissi 代替 Yumi 的主意。奇怪的是，Sissi 居然同意了，而且不要求任何回报。在此期间，Jeremie 想出了一个让 Yumi 回来的办法...

当 Ulrich 得知 Yumi 可能因为父亲失业而不得不回日本时，他无法接受失去她的事实。不过，在收音机里听到彩票号码后，他有了一个主意。他利用时间倒转的机会赢得了一张中奖号码的彩票，并把它送给了Yumi家。其他人发现后，把他逐出了小队。更糟的是，Xana 启动了一座塔，附身在Nicolas身上。除此之外，他还创造了一支军队来守卫它。

在破译了Franz Hopper的部分日记后，Jeremie 产生了一个想法，那就是制造一个能对抗 Xana的怪物。他将各种技术相结合，制造出了麦尔，这是一个可以无休止复制自己的球体，可以吞噬任何被它包裹的怪物。虽然一开始效果还不错，但当它感应到与 Xana 有关的 Aelita 病毒时，一切都出了问题。在 Odd 为救她而攻击它之后，麦尔失控了...

超级计算机的铀电池能源开始用尽，Xana 被迫附身于罪犯身上，以获取铀电池。超级计算机的定期关机不仅威胁着 Xana，还威胁着 Aelita，每次关机她的心脏都会停止跳动...

Ulrich 和威廉为了 Yumi 争吵起来。Xana 启动了一座塔，并将红蟹实体化，他袭击了 Yumi 的家，并摧毁了两台扫描仪。Ulrich 被拘留，Yumi 为家人辩护，Odd 在工厂引开了红蟹，Aelita 不得不在没有任何支援的情况下前往圆塔。

当 Xana 附身在Kiwi身上时，小狗变成了一种致命病毒的载体，被它感染的人都会变成僵尸。更糟的是，Aelita 和 Jeremie 被困在食堂里，无法前往工厂。除此之外，Odd 自己也变成了僵尸。Jeremie和 Aelita 逃了出来，但 Ulrich 和其他学生与剩下的人展开了搏斗。

Xana 挟持了校长并绑架了 Odd 和 Yumi，他向 Jeremie 下达了最后通牒：将 Aelita 交给钵水母纲或牺牲 Odd 和 Yumi。然而，Jeremie 和 Aelita 去向 Sissi 求助，Sissi 同意暂时加入拯救父亲和铲除 Xana 的队伍...

众人最近发觉Jeremie做事手法异常,并常用时光倒流程序,时光倒流后发现Jeremie晕倒, 众人在计算机中找到他的日记...

普通的实体化程序出现故障和小问题后，Odd 和 Yumi 互换了身体。更糟糕的是，由于被实体化，他们的原子在一段时间后开始分裂，甚至在 Lyoko 上也是如此。一帮人必须在 Odd 和 Yumi 解体并永远消失之前去 Lyoko 解决这个问题，但当 Xana 试图阻止他们时，这并不容易...

Xana 制造了一种名为 "多态幽灵 "的鬼魂，它可以随意改变自己的形状或形态，而且不需要附在宿主身上。在这一集的结尾，Aelita 亲吻了 Jeremie，想看看他会有什么反应...

在迦太基地区探索后，Jeremie 相信自己掌握了治愈 Aelita 病毒的必要数据。在两人研究的同时，Odd、Ulrich 和 Yumi 去参加攀岩比赛。Odd 与 Hervé 比赛，后者不是 Odd 的对手。尽管 Ulrich 很不情愿，William还是劝他参加比赛。比赛中，Ulrich 头晕目眩，摔倒在地。Yumi 发现他一定是得了眩晕症。Ulrich 尴尬地跑开了。与此同时，Jeremie 开发好了反病毒程序并把它交给了 Aelita。尽管在使用过程中出现了一些问题，但它似乎起了作用。然而，好景不长。反病毒程序中的一个错误导致她变成了隐形人。除此之外，她还无法进入圆塔，使她无法阻止 Xana 的攻击...

著名电视新闻报导员访问学校,Odd开心不已,Xana控制了天气,令天气变得严寒, Yumi被大树压住,面临冻死的危机,Odd冒着严寒独自前往工厂...

Aelita 的幻觉再次成为问题，但与之前的幻觉不同。这一次，她看到了她和Franz Hopper被政府特工追捕的幻觉。这些幻觉甚至在她清醒的时候也会出现，导致她在泳池边失去意识。她想知道幻觉的来源，于是前往小屋了解更多有关幻觉的信息...

在学校体检期间，Xana 夺舍了校医 Yolande，并让她绑架了 Aelita。其他人没有办法从比她强大得多的护士手中救出 Aelita。在别无选择的情况下，Jeremie 决定做一个实验，让一个人拥有和 Xana 一样的能力。为此，他必须像 Xana 一样激活一座塔...

Sissi 读到了一个名叫 Leon Corbe 的死者的故事。她设法说服 Ulrich 参加。降神会期间，Xana 的一个鬼魂以四臂怪物的形式出现。众人赶去工厂,但发现超级扫瞄器被破坏了, 他们等人决定分头行事分别到第五空间找数据修复扫瞄器及找出激活圆塔...

Jeremie 发现了五座被激活的塔，于是召集大家去处理它们。然而，当他们到达工厂时，却发现一名男子正在接口处解除塔的功能，好像解除塔的功能是一件很简单的事情。面对询问，此人声称自己正是Franz Hopper。然而，他的到来似乎有些不对劲。Franz Hopper说扫描仪会导致细胞变性，并将这一原因和日记被毁一事归咎于 Jeremie。除了 Aelita，其他人都对他很生气，Jeremie 给父亲打了电话，要求从学校退学，转到一所天才学生学校--但挂断电话后，他在思考自己的困境时，意识到Franz Hopper的解释本身就有问题...

在一部由 Odd 拍摄、Sissi 主演的短片中，Sissi 似乎被鬼魂附身。然而，她并没有像预想的那样行动。相反，她开始用一些奇怪的语言说话，一边说一边盯着 Jeremie。结果她被送进了医务室。后来，她走进 Jeremie 的房间，在一张纸上写下了一些代码。Jeremie 翻译了密码，发现了一条信息，上面写着希望得到帮助...

临近年末，Jeremie 的研究陷入了死胡同。在小组从迦太基地区收集到一些数据后，他计划利用一座塔来破译Franz Hopper的日记。在执行任务之前，Odd 收到了一个神秘女孩的信息。当他去见她时，却遭到 Xana 的一个鬼魂的袭击，并被关进了小屋的一口井里。鬼魂随后变成 Odd 的样子，代替他去了 Lyoko。Xana 激活鬼魂的塔随即失效，这让 Jeremie 感到困惑。他把这件事抛在脑后，开始了破译日记的计划。刚开始不久，鬼魂就反咬一口...

Jeremie开启到Franz Hopper的日记,发觉原来Xana一直偷Aelita的记忆是为了得到Lyoko的钥匙, 取得钥匙Xana便可以离开超级计算机,控制全世界，钵水母纲吸尽了Aelita的记忆...

Xana已经几个月没攻击现实世界了,但Jeremie不敢松懈, 任杰在第五空间发现一条通道通往心脏区,众人看见Lyoko的心脏,并有怪物向心脏发动攻击

在一次与高年级班级其他同学的郊游中，Yumi 发现自己正与 Xana 附身的学生、老师和校车司机对峙。与此同时，Xana 计划通过另一种方式除掉 Lyoko：逐个摧毁每个区。为此，他利用钵水母纲附身在 Aelita 身上，并将 Code:Xana 输入圆塔，删除了森林区。

Xana 通过占有食物来攻击学校 。与此同时，他还通过升起数字海来夺取山地区，但 Odd 和 Aelita 前往 第五空间阻止了他。Xana 也同时对 Lyoko 的核心发动了攻击。

Xana 侵入了一家武器制造厂的计算机网络，并留下了指向 Jeremie 的文件线索，政府特工来到学校寻找他。随后，特工来到工厂。当他们最终追踪到 Jeremie 到工厂时，Xana 夺舍了他们...

回复记忆的Aelita想回当初他爸Franz Hopper送她往Lyoko的情形,Franz Hopper因为虚拟化程序发生问题而在Lyoko内以光的形态出现,但现在谁也不知道Franz Hopper在哪, Aelita跟Jeremie吵架,她擅自跟Odd到第五空间想找出Franz Hopper,同时Xana激活圆塔...

学校的一个小学生Johnny因喜欢 Yumi,Ulrich 让他一直跟着她。Xana控制了一大群乌鸦,袭击 Yumi并重伤, 虽然Aelita 锁定圆塔,但Jeremie 早已被乌鸦袭击, Aelita 再次被钵水母纲捉住并被Xana所控制,虽然Ulrich 奋勇阻止她进入圆塔, 但最后沙漠区也难逃被删除的命运...

在该系列的前传中，Jeremie在一个废弃的工厂里发现了一台超级计算机。他在其中发现了一个人工智能，并决定将其命名为 "Maya"。随着超级计算机的启动，奇怪的事件开始困扰Jeremie。

Jeremie意识到超级计算机带来的危险，他听从了新朋友的建议，决定关闭超级计算机，但在此之前，大家决定帮助Jeremie，直到Aelita进入现实世界。

被 Yumi 拒绝后，William 将找出她隐藏的秘密作为自己的使命。不久，他设法跟踪 Ulrich 和 Odd 到了工厂，并了解到 Lyoko 和 Xana 的情况。与此同时，在冰原区，钵水母纲附身在Aelita身上，进入了Code:Xana的圆塔...

在离开第五空间之前，Odd 和 Ulrich 被一对螳螂发出的诡异红色光束击中。在一次学校演出中，他们俩最终开始在现实世界中做出奇怪的举动。他们开始把周围的环境、人视为敌人，并像还在 Lyoko 一样战斗。他们被打上了精神病的烙印，住进了医院，而 Jeremie 则试图找出发生了什么事。与此同时，Xana 利用他们的缺陷对 Lyoko 的核心发动了攻击...

当 Xana 破坏了超级计算机后，Lyoko 开始出现奇怪的错误。随着超级计算机的能量迅速耗尽，Jeremie 需要在它完全失去控制之前将其修复。然而，他似乎忘记了男生宿舍检查的事，于是 Jim 迫使他留下。与此同时，Xana 用藤蔓绊倒了除了 Aelita 以外的其他人。由于攻击不断消耗超级计算机的能量，Aelita 故意消灭了 "冰原区"，只留下 "山地区"。

在一次将 Ulrich 直接实体化到第五空间的试验中，他的精神和身体分离了，导致 Ulrich 的身体被困在 Lyoko，而他的精神则被困在地球上。更糟糕的是，Xana 拥有了 Ulrich 的身体，并用它来攻击核心。与此同时，Susan对 Ulrich 的糟糕成绩感到失望，试图把他送进补习班...

当 Odd 抱怨他在 Lyoko 没有像朋友们一样酷的能力时，Jeremie 为他设计了一种传送能力。它成功了，但却在他传送出的山区位置留下了自己的复制品。在尝试了两次之后，Jeremie 将 Odd 虚拟化以找出问题所在，结果意外地创造出了三个复制人...

随着 Xana 的攻击越来越难以应付，小组考虑再增加一名成员，让事情变得简单些。William仍然是首要人选，但尤米仍然不信任他。在 Jeremie 想办法直接前往第五空间的同时，Xana 复制了他，让他代替 Jeremie 的位置。与此同时，Yumi 旷课太多，如果再旷课就会被开除。Odd 和 Yumi 最终被 Jeremie 的克隆体窃听，导致他们无法从钵水母纲手中救出 Aelita。钵水母纲附身在Aelita身上，让她将Code:Xana输入原塔，消灭了 山地区，切断了通往第五空间的通道...

William加入组织后，发生了一系列事情，只剩下他和 Aelita 来保卫 Lyoko 的核心。在William第一次前往 Lyoko 执行任务时，Xana 利用钵水母纲附身在他身上。尽管他们尽了最大努力，但还是无法阻止被附身的 William 破坏核心。后来，在隐居地里，当大家为自己的困境闷闷不乐时，Jeremie 收到了一条直接来自互联网的密码信息，发送者不是别人，正是在 Lyoko 被毁后以某种方式幸存下来的Franz Hopper...

Jeremie利用Franz Hopper发来的讯息重建了第五空间,但Lyoko还全是数据海，正当大家编造William为何不能来学校时，William竟然自己回来了...

Jeremie 开始为他的朋友们设计新设备，并重建 Lyoko。为了给自己争取时间，他激活了一座塔，并用它创造了一个自己的克隆体，代替自己上课。与此同时，William 的缺席引起了校长和他父亲的注意...

学校新建了一间娱乐室，William的克隆人被安排负责管理。与此同时，Jeremie开发了一个程序，让真正的 William离开Lyoko。然而，程序发生了故障，塔上出现了错误，X.A.N.A.趁 Aelita 无法关闭程序时接管了塔...

新的虚拟潜水 "潜艇"（Jeremie 称其为 "潜水艇"）已基本完工，最后一步是需要在第二天下午 4 点前运行的二级程序。然而，当 Aelita 和 Jeremy 熬夜设置程序时，他们被抓了个正着，并被留校察看。

与此同时，William 趁机攻击了不完整的飞船，迫使 Yumi 在 Jeremy 不在的情况下运行超级计算机...

一帮人设法说服 Jeremie 让他们测试 Skid。在测试过程中，导航系统出了故障，导致大伙儿被困在数字海洋中。Jeremie 跑回自己的房间去拿备份程序，却忘了今天是消防安全日，结果撞上了几位老师，最后不得不爬上屋顶才回到自己的房间。与此同时，Skid 无意中发现了另一个 Lyoko...

Jeremie决定教 Odd、Ulrich 和 Yumi 如何使用超级计算机，以防他和 Aelita 无法使用，因为他们是 X.A.N.A.最喜欢的目标。在上课期间，Jeremie 被 X.A.N.A. 的一个多态克隆人袭击，其他人只能在没有帮助的情况下操作超级计算机。Aelita 正在参加 Subdigitals 的最终试镜，与另外两名候选人竞争，因此无法与她取得联系。更糟糕的是，克隆人在处理完Jeremie的事情后就向她靠近了...

一行人来到 X.A.N.A. 位于数字海的一个复制区。与此同时，Aelita 和 Odd 因 Odd 想睡懒觉而大打出手。他们的争吵无意中将Nicolas和 Herve带进了工厂,Jeremie 被迫分散他们的注意力，而大家则探索完全由森林扇区组成的 Lyoko 副本。在 Lyoko 副本上，William 赶来摧毁 Skid，摧毁 Skid 将切断小组与超级计算机的联系...

为了更好地对抗 X.A.N.A.，他们求助于Jim进行训练。然而，当 X.A.N.A.控制一头野猪来攻击他们时，事情就变得糟糕起来，迫使他们利用训练来躲避野猪的攻击。此外，X.A.N.A. 还派 William 和怪物去攻击 Lyoko 的核心...

当一颗彗星经过地球附近时，X.A.N.A.用一颗装有激光的军用卫星将其分成几块，同时将大部分彗星直接瞄准工厂。当时，Aelita、Odd 和 Ulrich 正在探索数字海洋，X.A.N.A.用防火墙困住了他们，使他们无法阻止攻击...

Jeremie、Aelita、Ulrich 和 Odd 与科学课上的其他同学一起去附近湖中的一个小岛实地考察水生植物。不在班上的 Yumi 留下来参加两场重要的考试。Jeremie 担心 X.A.N.A.会在这个不合时宜的时刻发动攻击，但 X.A.N.A.制造的电击污泥会攻击任何靠近海岸的人。Yumi 被迫独自前往 Lyoko。她与 William 进行了战斗...

Hiroki 偷了 Yumi 的日记，被 Ulrich 发现。与此同时，为了将威廉从 X.A.N.A. 的魔掌中解救出来，Jeremie 创建了一个程序来寻找数字海中的William。当他把程序上传到 Skid 上时，声纳却被窃听了，迫使他们返回 Lyoko...

Jeremie完善了他的远程传送程序，可以将他的朋友们送到现实世界中Xana的超级计算机所在地，并摧毁它。他首先在 Aelita 和 Odd 身上使用了这个程序，把他们送到了装有超级计算机的丛林实验室。在探索过程中，他们发现 Xana 正在一队被附身的科学家的帮助下制造控制论蜘蛛。然而，在他们阻止他之前，William 成功切断了他们与现实世界的联系...

在亚马逊摧毁 X.A.N.A.的超级计算机失败后，众人开始完成任务。与此同时，Odd 吹牛的毛病又犯了，他和Ulrich打了一个赌，24 小时内不吹牛。然而，环境的巧合让他不断成为焦点...

Odd 想把 Kiwi 带到 Lyoko，结果却把他吸收了。结果，Odd 开始慢慢具有狗的特征，比如嗅觉增强和用脚抓自己。在 Jeremie 努力将两人分开的时候，X.A.N.A. 附身在一个摩托车团伙身上袭击 Yumi。当 Ulrich 和 Aelita 来到 Lyoko 时，他们遇到了 William 和三只狼蛛。Jeremie 设法分开了 Odd 和 Kiwi，而 Aelita 则解除了塔的功能...

Jim的侄子Chris是 Subdigitals 乐队的鼓手，他拜访了学校，为乐队的下一场音乐会寻找开幕式表演者。每个人都跃跃欲试，结果 Aelita 就是Chris要找的人。然而，Chris被Xana克隆成多形态体，他绑架了 Aelita 并把她送到了 Lyoko...

Jeremie 开发了一个程序，让克隆威廉变得更聪明，但学习曲线仍然存在问题，因为它试图用叉子将玻璃杯抛向空中。与此同时，Jeremie 计划前往下一个 Replika（沙漠区的副本）执行任务。旅途中，威廉从扫描仪中出现，试图摧毁超级计算机...

现在是学校的假期，每个人都回家。Aelita 却无家可回。当她守望着 Lyoko 的时候，她收到了Franz Hopper发来的信息。虽然很高兴见到父亲，但 Aelita 很快就知道这一切都是 X.A.N.A. 的诡计--她的父亲只是幻象。William 在那里等着她，想把她扔进数字海...

Odd打碎了一面镜子，随之而来的厄运让他四处碰壁，甚至在Lyoko上也是如此。他的虚拟化身中的一个错误传染给了Yumi和Aelita，导致沙漠Replika出现恼人的停顿和随机的虚拟化。与此同时，在 Replika的超级计算机所在地，X.A.N.A.在现实世界中实体化了怪物来阻止Ulrich和Yumi...

Jeremie在一次比赛中赢得了乘坐武装战斗机飞行的机会，尽管参加比赛的是Odd。然而，就在起飞前，X.A.N.A.控制了这架飞机，并派它去摧毁工厂...

Sissi来自冰岛的笔友Brynja Heringsdötir来到学校后，所有男生都为她倾倒，令Sissi羡慕不已。Brynja对Odd产生了兴趣，最后他带她参观了超级计算机。在那里，她不顾Odd的恳求乱动电脑，在Jeremie正在安装的程序中制造了一个故障，导致每次虚拟化都发生在错误的扇区，无法实现实体化。当William在Lyoko抓到独自一人的Aelita时，问题就变得更加严重了...

Kiwi的无意识破坏让大家无法忍受，于是大家强迫Odd把他留在工厂里。当Odd把他送走时，Xana附身到Jeremie的Kiwi2机器人身上，把它变成了一支可以自我复制的攻击犬大军...

因为宿舍突击检查，Odd不得不说服Yumi把奇异果留在自己家。与此同时，Jeremie找到了下一个Replika，即第五区的副本。它的超级计算机位于一个围绕地球运行的新建空间站上。Odd和Yumi正努力使它失效，Aelita和Ulrich则努力解除Replika对第五区的防御...

Jeremie的表哥Patrick来访。Jeremie并不太高兴，因为Patrick比他酷多了。Jeremie发现了另一个Replika，Jeremie 和他的朋友们计划去摧毁它，留下Sissi单独和Patrick在一起。她说服Patrick让Herve翻找Jeremie的电脑文件。赫维发现了Aelita伪造的文件和运行 Skid 的程序，他努力破译这些文件，却无意中耗尽了 Skid 的能量...

Aelita与Subdigitals乐队的首场音乐会即将到来，但Aelita怯场的毛病却有可能让她一败涂地。与此同时，Odd不得不多找一张票，以便能带一个女伴。音乐会终于开始了，Xana为了绑架 Aelita，附身在Sophia身上发动了袭击。他还附身在Milly和Tamiya身上，以获得额外的帮助。Ulrich 与两名小记者搏斗，其他人则努力关闭圆塔...

Aelita在林中小屋发现了一张自己与 Franz Hopper的合影，背景是一个数学公式。Jeremie发现这个程序可以作为Lyoko的重置功能，虽然不太可能，但还是有用。与此同时，Odd 为了给摄影课上的一个女孩留下好印象，无意中把公式照片发给了Sissi...

Odd正在介绍他制作的一部电影，但他很不开心，因为他的父母要来。据他说，他做任何事父母都不满意，因为他没有得到正常青少年的待遇。然而，当他终于迫于压力时，XANA发动了攻击，利用学校的手机天线向每个接电话的人传播病毒，使他们成为恶毒、愤怒的精神控制奴隶 ，首先是Odd的父母...

Yumi的一张尴尬照片被刊登在校园报纸上，她向Odd求助。然而，他却让Ulrich背黑锅，导致他和Yumi关系紧张。抛开这些不谈,Jeremie安排了一次前往下一个Replika的任务，这是一个冰原区Replika。它的超级计算机位于西伯利亚，Xana正在那里部署，目的不明。Odd 和 Yumi 被派往现实世界摧毁它，却遭遇了William。在试图关闭这座塔时，Aelita 意识到它生成的数据可以用来解放William...

为了打败被他们大大低估的Xana，Jeremie计划设计另一个多代理系统来对付他。不过，该系统仍在开发中。在更紧迫的问题上，Jeremie已经想出了把William从Xana手中解放出来的办法，但需要直接从冰原区Replika超级计算机上运行他的程序。与此同时，威廉的父母前来探望儿子，他的克隆体的奇怪行为让他们非常担心...

随着Skid的消失和Xana的Replikas数量达到无法控制的程度，Jeremie继续研究他的多代理系统。与此同时，Aelita做了噩梦，梦见自己的父亲被 XANA 杀死。就在Jeremie工作时，Franz Hopper联系了他，并安排了一次在Lyoko的会面。William想要帮忙，但除了 Aelita，其他人都有些戒心，不敢再相信他。William被留在实验室与Jeremie一起。见面后，Franz Hopper传输了完成Jeremie的多代理系统所需的数据。然而，Xana并不甘心就这样放弃，他启动了一座塔，再次附身在 William 身上...

任务完成后，大家回顾了所有关于Lyoko的美好回忆。与此同时，Sissi在Ulrich身上安装了一个追踪装置，以便发现他们的秘密。当要关闭超级计算机时，除了Yumi，其他人都不愿意去做：Aelita仍然抱着希望，希望她的父亲能以某种方式获救，Jeremie不想夺走让他们成为朋友的东西，而Odd和Ulrich都喜欢当英雄。当他们为对Lyoko的依恋而沉思时，Sissi进入了计算机实验室，Jeremie打开的日记揭示了他们冒险的全过程。当Sissi试图向父亲解释这一切时，父亲认为她已经失去了理智，并把她送进了医务室。回到过去就能解决这个问题。Ulrich阻止了Sissi在再次尝试时安装追踪器，五人组邀请她成为朋友。再次来到超级计算机前，大家一致决定关闭它，暂时结束他们的冒险之旅。