בעונה זו, מתמקדת העלילה בקשר בין הניצולים לאנשי הספינה העוגנת מול האי. הסיכוי להצלה נראה עכשיו קרוב מתמיד, אך הניצולים מתלבטים אם להאמין למסר האחרון של צ'רלי שהאנשים על הספינה אינם באמת מי שהם טוענים.

כשזרים מגיעים לאי, הניצולים מתחילים לפקפק בכוונותיהם של אלו שהיו אמורים להציל אותם, והם מתחילים לחפש אחר המטרה האמיתית של אותם "מצילים".

ייתכן שבן הערובה של לוק הוא המפתח ליציאה מהאי. לכן, יוצאים סעיד וקייט לחיפוש אחר קבוצתו של לוק, במטרה לבצע משא ומתן שתוצאתו עשויה להוביל לירידה מהאי.

הצורך של קייט להוציא מידע מבן הערובה, אשר רוצה משהו בתמורה, עלול לסכן את מעמדה בעיני לוק. במקביל, משפטה של קייט מתנהל בפלאש-פורוורדים שלה.

סעיד ודזמונד נתקלים בסופה בדרכם לאונייה, אשר גורמת לדזמונד לחוות תופעות לוואי בלתי שגרתיות: התודעה שלו משנת 1996 עוברת ל-2004 וחזרה מספר פעמים. הפרק נחשב לאחד מהפרקים הטובים ביותר של "אבודים".

ג'ולייט זוכה לביקור מפתיע ממישהו מעברה. היא מקבלת הוראות לעצור את שרלוט ופאראדיי מלעשות "מה שהם חייבים לעשות". במחנה האחרים, בן מציע ללוק הצעה מפתה.

ג'ולייט נאלצת לחשוף בפני ג'ין חדשות מדאיגות כשסאן מאיימת ללכת אל מחנהו של לוק. בינתיים. על אוניית ההצלה, סעיד ודזמונד מתחילים להכיר את הצוות ואת הקפטן, וכן לקבל מושג לגבי משימתם של אנשי הקהנה.

לאחר שסעיד פוגש במייקל, הסיפור אודות איך המרגל של בן הסתנן לאוניית המשא נחשף. במחנה של לוק, בן שולח את בתו, אלכס, למקום בטוח כך שתוכל לשרוד את המתקפה הקרבה.

בן נאלץ לקבל החלטה כואבת כשקימי וצוותו פותחים במתקפה על הצריפים. ג'ק מנסה לגלות את זהותה של גופה שנסחפה לחוף. הפלאש-פורוורד מראה את המניפולציה של בן על סעיד ומפגש עוין עם צ'ארלס ווידמור.

כשבריאותו של ג'ק מתדרדרת בצורה קריטית, קייט וג'ולייט חייבות לעבוד יחדיו כדי להצילו בזמן. משהו בעייתי מתרחש כאשר סוייר, קלייר, אהרון ומיילס מתקדמים במסעם מהמחנה של לוק בחזרה לחוף.

לוק, הארלי ובן הולכים דרך הג'ונגל בחיפוש אחר הבקתה של ג'ייקוב. החיים באוניית המסע נעשים למסוכנים. והפלאשבקים בפרק חושפים את הקשר בין גורלו של לוק והאי לאורך חייו.

בן, לוק והארלי הולכים לתחנת הסחלב, אבל קימי ואנשיו מכים בהם שם. ג'ק וקייט הולכים אחרי המסוק, ואחר כך מצטרף אליהם סוייר. סעיד חוזר לאי עם סירת הצלה, ואז הוא הולך אחריהם גם כן.

בן מנסה להימלט מקימי כדי שהוא ולוק יוכלו למלא את בקשתו של ג'ייקוב להעביר את האי. מייקל מנסה לנטרל את חומר הנפץ שעל הספינה, ושישיית אושיאניק מתקרבת להצלתם.

בן מזיז את האי וגורם לניצולים שנשארו על האי לקפוץ בזמן. בינתיים, שלוש שנים מאוחר יותר בלוס אנג'לס, בן מנסה לשכנע את שישיית אושיאניק לחזור לאי.

בעוד בן וג'ק מנסים לאסוף את שישיית אושיאניק, סעיד והארלי נמלטים מהחוק. בינתיים, הניצולים שנמצאים על האי ממשיכים לקפוץ בזמן ומוצאים את עצמם תחת התקפה.

דזמונד חוזר לאוקספורד על מנת לנסות למצוא את אמו של פאראדיי. בינתיים, האנשים שנשארו על האי נתקלים ב-"אחרים" 50 שנה בעבר, ולוק מגלה מי הם האנשים שתוקפים את הניצולים.

בלוס אנג'לס, קייט מגלה שמישהו יודע את שושלת היוחסין האמיתית של אהרון. בינתיים, הקפיצות הדרמטיות בזמן מעמידות את הניצולים שנשארו על האי בסכנה קיצונית.

לוק נושא בנטל עצירת הקפיצות הקיצוניות בזמן של האי. בינתיים, בן נתקל בקשיים בניסיון לאחד את שישיית אושיאניק ולהחזירם לאי, ומבטיח לסאן כי יוכיח שג'ין עדיין בחיים.

הדרך חזרה אל האי נחשפת בפני שישיית אושיאניק ואלואיז מסבירה כי חלון הזמן הנתון למעבר לאי מוגבל ביותר. הבעיות מתחילות כאשר לא כולם רוצים לחזור לאי.

ג'ון לוק שב לחיים ומוצא את עצמו על האי אחרי התרסקות המטוס השנייה. משימתו הרת-הגורל מחוץ לגבולות האי בתור ג'רמי בנת'ם נחשפת.

לאחר עזיבתו של לוק, סוייר הופך למנהיג של הניצולים שנשארו על האי. הם מוצאים את עצמם בשנות ה-70 ונאלצים להצטרף ליוזמת דהארמה.

ג'ק, קייט והארלי מוצאים את עצמם על האי בשנת 1977. הם נפגשים עם סוייר, אשר גם הוא מצטרף ליוזמת דהארמה. בינתיים, סאן, בן והנוסעים האחרים ששרדו את התרסקות המטוס, נמצאים על האי בהווה.

ביוזמת דהארמה מנסים לחשוף את זהותו של סעיד, בעוד סוייר נאבק כדי לשמור את סודו. בינתיים, סעיד משוכנע כי הבין את הסיבה להימצאותו על האי.

ג'ק מסרב לעזור לבן הצעיר לאחר שסעיד יורה בו, וקייט וסוייר מנסים להצילו בכל מחיר. בינתיים, נחשפים מעשיהם של קייט ואהרון טרם הטיסה.

בן, לוק וסאן חוזרים לאי. בן נחוש בדעתו ללכת למקדש על מנת לזמן את "המפלצת" ולכפר על מותה של בתו. בינתיים, הקשר בין צ'ארלס ווידמור לבן נחשף.

רוג'ר ליינוס חושד בקייט כי היא קשורה להיעלמותו המסתורית של בן. בינתיים, מיילס והארלי יוצאים למסע כדי להעביר גופה מעבר לאי, ומיילס חושף בפניה את זהותו של אביו.

דניאל פאראדיי הוגה תוכנית מסוכנת אשר תשנה באופן דרסטי את גורל הניצולים. בינתיים, הפלאשבקים חוקרים את הקשר של דניאל עם אמו, אלואיז הוקינג.

לאחר מותו של דניאל פאראדיי, ג'ק וסעיד מנסים להשלים את תוכניתו של דניאל לפוצץ פצצת מימן. בינתיים, בהווה, לוק לוקח על עצמו את מנהיגות "האחרים" וסוייר נמצא תחת חקירה.

סוייר, ג'ולייט וקייט מנסים לסכל את תוכניתם של ג'ק וסעיד. בינתיים, בן ו-"האחרים" מגיעים למקום הימצאו של ג'ייקוב ופוגשים את 316 הניצולים אשר חושפים את החבילה הסודית שבידיהם.

פרק אחרון לעונה. סוייר, ג'ולייט וקייט מנסים לסכל את תוכניתם של ג'ק וסעיד. בינתיים, בן ו-"האחרים" מגיעים למקום הימצאו של ג'ייקוב ופוגשים את 316 הניצולים אשר חושפים את החבילה הסודית שבידיהם.

פרק פתיחת העונה האחרונה, חלק א'. טיסה 815 נראית כאילו היא נחתה בהצלחה בלוס אנג'לס ושהיא לא התרסקה על האי, בעוד הניצולים נראים בו זמנית על האי, אחרי שג'ולייט פוצצה את הפצצה.

פרק פתיחת העונה האחרונה, חלק ב'. טיסה 815 נראית כאילו היא נחתה בהצלחה בלוס אנג'לס ושהיא לא התרסקה על האי, בעוד הניצולים נראים בו זמנית על האי, אחרי שג'ולייט פוצצה את הפצצה.

סעיד חוזר בדרך נס לחיים, אבל הבעיות שלו מתחילות רק עכשיו. סוייר נמלט וקייט וג'ין הולכות בעקבותיו. בלוס אנג'לס, קייט הנמלטת עוזרת לקלייר בזמן שהיא עומדת ללדת.

על האי, הייצור אשר השתלט על גופו של לוק פונה לסוייר ומבטיח לספר לו למה הוא נמצא על האי. בינתיים בלוס אנג'לס, לוק מאבד את עבודתו ונתקל בכמה פרצופים מוכרים.

ג'ייקוב שולח את הארלי למשימה ברחבי האי, אבל ג'ק חייב להתלוות אליו. בינתיים בלוס אנג'לס, היחסים הבעייתיים של ג'ק עם בנו נחשפים. ג'ין מגלה שקלייר חושבת שהאנשים מהמקדש חטפו את בנה.

קלייר מגיעה למקדש כדי להזהיר את אנשי המקדש שהייצור שהשתלט על לוק רוצה לדבר איתם, אך במקום זאת, דוגן שולח את סעיד להרוג אותו. בינתיים בלוס אנג'לס, סעיד מציל את אחיו אשר הסתבך עם מלווה בריבית.

אילנה מתכננת להרוג את בן אחרי שמיילס חושף כי בן הוא זה שהרג את ג'ייקוב. ריצ'רד וג'ייק משתפים את מה שהם יודעים ואת הניסיון שלהם עם ג'ייקוב וכורתים ברית ביניהם.

לוק שולח את סוייר למשימת ריגול באי השני, שם הוא פוגש את צ'רלס ווידמור ואת צוות הצוללת שלו. בלוס אנג'לס, סויר עובד כשוטר אובססיבי, אשר נחוש למצוא את הנוכל אשר הרס את משפחתו.

המסתורין מאחורי הגעתו של ריצ'רד אלפרט לאי, חיי הנצח שלו והברית שלו עם ג'ייקוב מתגלים, כמו גם פרטים נוספים על המטרה של האי ועל מערכת היחסים בין ג'ייקוב ומפלצת העשן.

החיפושים של סאן וג'ין אחד אחרי השני נקטעים כשהצוות של ווידמור חוטף את ג'ין, ולוק יוצא לאי השני כדי להחזיר אותו. בינתיים בלוס אנג'לס, העבודה של ג'ין בשביל אביה של סאן משתבשת כשכספו נלקח ממנו במכס.

צ'רלס ווידמור מביא את דזמונד בחזרה אל האי כדי שהוא יוכל לבצע ניסוי אלקטרומגנטי מסוכן, אשר ישלח אותו בחזרה למציאות האלטרנטיבית בלוס אנג'לס, מציאות בה הוא מעולם לא פגש את פני.

מייקל מופיע בפני הארלי ונותן לו משימה חדשה. סעיד לוכד את דזמונד ושולח אותו ללוק. בלוס אנג'לס, דזמונד קובע פגישה בין ליבי והארלי כדי לקדם את המשימה שלו.

בזמן שהקרב בין לוק ו-ווידמור מתחיל, סויר מפעיל את התכנית שלו כדי לשנות את הבריתות. בלוס אנג'לס, הגורל ממשיך להתערב ולהפגיש את הניצולים המקוריים אחד עם השני.

בעזרתו של ג'ק, לוק מצליח להציל את המועמדים מתוך המתחם של ווידמור, אבל התכניות שלהם לעזוב את האי נאלצות להשתנות. בלוס אנג'לס, ג'ק מנסה לשכנע את לוק לנסות ניתוח ניסיוני כדי לרפא את השיתוק שלו.

בפרק זה ייחשף סיפורו של ג'ייקוב, כיצד הוא ואחיו הגיעו אל האי, מערכת היחסים הלא פשוטה עם "אמא" שלהם, הריב שלהם ועל מה מגן ג'ייקוב על האי.

ג'ייקוב מופיע בפני הניצולים מהפיצוץ של הצוללת ומספר להם לשם מה הם נבחרו. בינתיים בן מאחד כוחות עם לוק בזמן שהם מתכוננים לעימות הסופי עם צ'רלס ווידמור.

משמעות טיבו של ציר הזמן החלופי נחשפת בפרק זה. באי, ג'ק והאיש בשחור מוציאים לפועל את תוכניתם, בעוד שהניצולים נדרשים לבחור את בחירתם האחרונה.