袭击“Ocean Turtle”的神秘组织——那是接受美国国家安全局机密任务的特殊工作部队。率领部队的队长加百列，过去曾与桐人和诗乃交战过……以抢夺用“灵魂翻译技术”创造的人工灵魂“A.L.I.C.E”——爱丽丝为目标的加百列，为了寻找“Underworld”内的爱丽丝，尝试了某个秘计。

贝尔库利追踪带着爱丽丝离开的贝库达。在漫长的死斗之后，贝尔库利使出秘技——里斩，终于打倒了贝库达。但是，身负重伤的贝尔库利，在爱丽丝的怀中气绝。爱丽丝虽然为他的死而心痛，但还是决定前往“尽头祭坛”。

逃出“艾恩葛朗特”的噩梦，桐人终于恢复了意识。右手握着“夜空之剑”，左手折断的“蓝蔷薇之剑”的桐人，与拿着吸收了死者资源并巨大化的“杀友菜刀”的瓦沙克对峙。放大了憎恶之心的瓦沙克的攻击，缓缓逼近桐人。当“杀友菜刀”即将把桐人的身体切断的时候，闪着金光的手握在了“夜空之剑”上。

极限加速阶段终于开始了。爱丽丝成功从“Underworld”中退出。然而，桐人虽然打倒了加百列，却没能赶上登出，被留在了“Underworld”。在绝望的桐人面前，凭自己的意志选择留在这里的亚丝娜出现了。在现实世界中，比嘉和菊冈为了解除紧急加速阶段，打算前往电缆管道下层关闭STL……