2022 年开发出次世代主机“NERvGear”，人类终于将虚拟实境完全实现。使用“NERvGear”创造的真正的 VR MMORPG 游戏“Sword Art Online(SAO)”受到世界瞩目。当 SAO 正式上线时，包含桐人在内的玩家正尽情地享受假想世界，SAO 的开发者茅场晶彦却向所有玩家宣布：“这款游戏已经恢复到了原来的版本，在攻略第 100 层头目前前无法登出，玩家在游戏内的死亡也等同于现实肉体的死亡” ……

死亡游戏被迫开始后已经过了一个月。2022 年 12 月，至少有两千名左右玩家死亡。桐人运用在封测时期的经验单独挑战迷宫，却不得不面临各种致命般的苦战。总层数 100 层的艾恩葛朗特，连第一层都还无法突破的桐人等人中间，出现了一位号称发现第一层 BOSS 房间的男人 —— 提亚贝鲁。他召集玩家们召开了 BOSS 攻略会议。参加会议的桐人也认识了亚丝娜并和她组队。但是，提亚贝鲁为了抢夺 BOSS 的“最后一击”而身亡。队伍中名为牙王的男人，指责桐人为何见死不救。拿到 BOSS “最后一击”而获得稀有装备的桐人，不得不面临攻略组成员各种各样的非议 ……

桐人解救了被怪物攻击的工会“月夜的黑猫团”。现实世界也互相为朋友的黑猫团温暖氛围深深吸引着桐人，他隐瞒自己是封弊者的事实，成为黑猫团的一员。由于桐人的帮助，弱小工会的黑猫团急速成长，几乎可以追上在最前线战斗的攻略组。但在某一晚，工会中唯一的女孩小幸突然消失。比大家早一步找到小幸的桐人，得知她害怕死亡 ……

和队伍伙伴吵架并擅自离开的驯兽师少女西莉卡，在森林迷路，并遭到怪物袭击。偶然经过的桐人虽然救了西莉卡一命，但是一直陪伴西莉卡的使魔毕娜却死亡了。桐人告诉因失去重要的同伴、泪眼汪汪的西莉卡如何复活使魔，并愿意不求回报帮助她。疑惑着为何要帮助自己的西莉卡询问桐人原因，得到的回答却令人意外。后来二人组队，欲拿到可以复活使魔的道具“灵魂之花”。但是，拿到“灵魂之花”后，出现了一些情况 ……

2024 年 4 月，亚丝娜以 SAO 最强工会“血盟骑士团”副团长身分，站在最前线，并进行第 59 层攻略。此时，发生了“圈内”杀人事件。目击者的悲鸣驱使桐人和亚丝娜前往现场调查，发现此事件并非 PK 决斗造成的。担心出现未知 PK 技能的亚丝娜决定和桐人一起调查事件。

正当桐人和亚丝娜探究系统不可能出现的圈内杀人事件时，新的被害者遭杀害事件活生生的在两人面前发生。凯因兹等被害者共通点皆为已解散的工会“金苹果”的成员。前“金苹果”成员舒密特认为，这是以前的工会已死亡的会长葛莉塞达的幽灵所进行的复仇。这个世界真的存在幽灵吗？还是 ……

铁匠莉兹贝特所经营的武器店来了一位不在乎预算，只希望能造出最强之剑的客人。为了作为打造新剑的参考，拿出稀有魔剑的客人正是桐人。对自己的手腕非常有自信的莉兹贝特拿出自己当下制造出的最强之剑，让桐人测试剑的耐久力却不慎被折断。被桐人无心的话语激怒的莉兹回嘴，若是能得到稀有金属的话，就一定能锻造出让桐人满意的剑。于是，二人向第 55 层出发了 ……

2024 年 10 月，在最前线攻略完第 74 层后返家的桐人，恰巧入手了 S 级稀有食材“杂烩兔肉块”。但是，没有料理技能的桐人无法料理稀有食材。毫无办法地只好去艾基尔的店里打算卖出时，桐人在店里见到亚丝娜。桐人请求料理技能完善的亚丝娜调理食材，而亚丝娜以要求分享一半食材为交换条件，将桐人带回自己房间一同共进晚餐。

和亚丝娜组队的桐人突破第 74 层迷宫，发现了 BOSS 的房间。为了得到攻略情报，两人瞥见强大的 BOSS 后随即撤退，并在安全区域内见到 SAO 中人数众多的工会“军队”，为了回应率领军队的男人柯巴兹的要求，桐人提供 BOSS 房间的情报给他。同时警告他们不要贸然挑战 BOSS，但柯巴兹并未将桐人的警告听进耳里 ……

亚丝娜打算暂时远离血盟骑士团，桐人赌上亚丝娜和自己的自由，决定和艾恩葛朗特中号称最强的男人，血盟骑士团团长西兹克利夫决斗。亲身体会过团长的强悍的亚丝娜向桐人提出忠告，桐人则笑着表示不会这么简单就战败。在广大观众注视之下，使用特殊技能“神圣剑”的希兹克莉夫和使用“二刀流”的桐人一对一决斗揭开序幕 ……

由于克拉帝尔的事件，让桐人和亚丝娜的羁绊更加深刻，两人决定结婚。亚丝娜暂时退出血盟骑士团，和桐人一同在第 22 层的湖畔旁的木屋中生活。他们远离战斗的喧嚣，过着写意舒适的生活。有一天，因为幽灵传闻而前往森林探查的两人，在阴暗的森林中找到一位少女。虽然他们暂时收留眼前倒下的谜之少女，但少女似乎失去了记忆 ……

为了寻找结衣的监护人，桐人和亚丝娜前往“起始之镇”，并且得知军队管理者辛卡被丢置在迷宫深处，决定一同救出辛卡。桐人和亚丝娜便与委托者，由莉耶儿以及吵闹着要跟随而来的结衣，四人潜入第一层的地下迷宫。他们在安全区域发现了正在避难的辛卡，却未能预料到在前方有着强大的敌人等着。了解自己无法对付敌人的桐人，要求亚丝娜和结衣等人先行逃走。但结衣，却在这时恢复了记忆 ……

在湖畔钓鱼的桐人被年长的玩家西田关注。与将钓鱼作为兴趣的西田意气相投的桐人，决定帮忙钓起湖之主人。经常在最前线战斗的桐人和亚丝娜因此认识了西田，感受到许多的普通玩家正在努力的适应 SAO 世界。深为顶尖玩家的两人深感自己背负的责任时，桐人收到一封留言 ……

2024 年 11 月，第 75 层的 BOSS 攻略战比想象中还要惨烈。在转移水晶无法使用的空间中，经历百战的玩家们一个个丧命。虽然众人费尽千辛万苦击破 BOSS，攻略组的大家却因为过重的牺牲而面有难色。而希兹克利夫正静静地看着失落的玩家们。这时，桐人忽然发现了什么，他把阐释者向希兹克利夫刺去，之后 ……

历经与希兹克利夫的死斗，桐人，也就是桐谷和人回到了现实世界。同时却有自死亡游戏残存下来，包含亚丝娜在内的生还者并未恢复意识，深深的沉睡着。自此 2 个月后，前往结城明日奈的病房探望她的和人，遇到了明日奈的父亲彰三，以及彰三的部下须乡伸之。和人得知昏睡状态的明日奈将在一周后与须乡结婚 ……

前往艾基尔的店面的和人，满脑子都是艾基尔拿出的 VR MMORPG 游戏“Alfheim Online”中拍到的影像截图。影像中拍到的女性神似亚丝娜。而 ALO 游戏的开发公司更是须乡所属的游戏公司，和人确定亚丝娜被困在游戏中。和人马上登入 ALO 进入游戏，没想到 SAO 的记录不知为何覆盖到 ALO 的角色上了，并且结衣也复活了 ……

风精灵莉法遭到正在狩猎玩家的火精灵小队攻击，但很凑巧地被守护精灵的桐人所救。带着化为导航精灵的结衣的桐人虽然攻击技巧高明，却对 ALO 世界一无所知。莉法为了感谢桐人的救助，决定带着桐人前往风精灵首都司伊鲁班，同时教授桐人一些 ALO 的基本知识。

莉法决定陪着桐人一同前往位于阿尔普海姆中心的“世界树”。但是，决定离开斯伊鲁班，展开旅行的莉法先前的组队同伴西格鲁特阻挡在前。西格鲁特不停地贬低桐人，痛恨被束缚的莉法盛怒之下便宣称要和桐人组队。一方面，被囚禁在世界树顶端的亚斯娜，无法得知桐人的生死与否，拼命忍耐着自己的不安与恐惧 ……

以世界树为目标的桐人等人进入了巨大洞窟“鲁古鲁回廊”时，莉法收到一封从友人雷根寄来的留言。留言内容急促地警告莉法将有事发生，在此同时，火精灵的部队也开始接近桐人等人。被敌人追赶，不得不与之战斗的桐人请求莉法帮忙恢复 HP，单身影支深入敌阵。但是，敌人以万全姿态准备好对付桐人的策略，魔法攻击与防备完善的前锋阻挡着桐人。在危急时刻，桐人的一个魔法使形势发生了逆转 ……

为了攻略最终任务，风精灵与猫妖私下召开领主会议，却因为内部有人通风报信，使他们遭到火精灵大军袭击。在绝望危机下，桐人赶在双方开战前一刻自称水精灵/守护精灵同盟大使，要求火精灵停战。面对桐人如此天大的谎言，火精灵的指挥官尤金将军提出某个交换条件 ……

终于抵达世界树根部最大的都市“央都 阿鲁恩”地桐人等人。但是，由于系统定期维护的关系，桐人和莉法决定隔天再继续上线攻略。一方面，现实世界中，和人的妹妹－直叶正烦恼着自己对哥哥淡淡的思念。为了正视自己的心情，直叶决定请求哥哥带她一起去见病房中的明日奈。

结衣感觉到亚丝娜的 ID 资料，告知桐人亚丝娜的位置就在世界树的正上方时，桐人头也不回的打算展翅飞上顶端，却因为系统设立的障壁阻碍，使他连最下方的树枝都无法到达。此外，亚丝娜发现桐人等人的存在，她怀抱希望地将某个道具空投而下。决定夺回亚丝娜的桐人也决定挑战往世界树顶端唯一的道路 —— 难攻不落的最终任务。

发现莉法真实身份为直叶的和人大为震惊，同时也知道直叶不为人知的思念，了解自己无意识的行为深深伤害了妹妹后不知所措。即使如此，和人依然告诉直叶自己将会在“央都 阿鲁恩”等着她，并再度登入 ALO。直叶和和人都对于自己伤害了对方而愧疚不已，直叶虽然再次登入 ALO，却失去和桐人见面的勇气 ……

借由风精灵和猫妖的协助，桐人终于突破了世界树的守卫。无法打开的大门被桐人以亚丝娜丢下来的系统管理登陆码打开，桐人和结衣一同抵达世界树的顶端，终于与亚丝娜再次相会。桐人虽然想马上和亚丝娜回到现实世界，结衣却发现亚丝娜被复杂的代码拘束着，登出需要借由系统控制台才能成功。但是为时已晚，须乡，也就是奥伯龙，已经发现了桐人等人 ……

使用希兹克利夫的账号和奥伯龙分出胜负之后，桐人发誓将在现实世界与亚丝娜再会，并带着茅场晶彦给予的“THE SEED”登出了 ALO。一回到现实世界便马上赶去明日奈的医院的和人，却撞见了在医院门口等着他的须乡。因为憎恨与剧痛而面目歪斜的须乡为了复仇，将刀握在手中袭击桐人。第一次在现实世界面临死亡危机地和人，无能为力的缩起身体 ……

在卢利特村长大的少年——桐人，和青梅竹马尤吉欧一同背负着砍倒巨大的黑树——基家斯西达的天职。今天也为了砍倒巨树而正挥动着斧头，青梅竹马的爱丽丝送来了亲手制作的馅饼。午餐时分，3人决定远行前往童话中“尽头山脉”的洞窟。面对对于是否违反作为世界的规则的禁忌目录感到不安的尤吉欧，桐人与爱丽丝异口同声说没问题，迎来了出发的日子。

陷入命悬一线危机的桐人睁开眼睛，那里是在如同幻想类游戏一般的神秘世界之内。他记忆模糊之中尝试登出，却无法返回现实世界。桐人束手无策，漫无目的地走着，不久来到一棵巨大的树下。在那里他和一名少年相遇了。那位少年的名字，叫尤吉欧。桐人想要了解关于这个世界的话题，但尤吉欧不知道登出的方法。然后，尤吉欧开始讲起关于过去自己的青梅竹马的少女爱丽丝的事情。

桐人决定出发前往“Under World”人界的中心——央都。为此必须要有尤吉欧的帮助，桐人为了将他从天职中解放出来而下决心砍倒基家斯西达。桐人与尤吉欧交替挥动着斧子，这时，尤吉欧交给桐人曾经在北方洞窟发现的蓝蔷薇之剑。桐人思考着，如果是这把剑的话，或许就能砍倒基家斯西达了……另一边，爱丽丝的妹妹——赛鲁卡，担心着在爱丽丝被公理教会带走后就失去了笑容的尤吉欧，将这件心事吐露给了桐人。

桐人和尤吉欧认为赛鲁卡是只身前往“尽头山脉”无误，就紧随其后追了过去。可是他们在洞窟之中遭遇了被认为是从“黑暗领域”来的哥布林，并与之战斗。桐人持剑与一众哥布林交锋，而尤吉欧则因第一次见到的“黑暗存在”而身体僵直，呆立在那里。桐人果敢战斗。但哥布林的反击产生了他在虚拟世界无法想象的剧痛，桐人因恐惧而无法起身。绝境中的桐人，在被哥布林的刀刃接二连三砍下的这时……

桐人在“Under World”里以央都为目标前进。另一边，现实世界中的桐谷和人依然处于神志不清的状态。根据菊冈的提议，桐人被转院到设备齐全的医院，而明日奈与直叶去探视和人的时候，却被告知在康复之前谢绝见面。认为事出蹊跷的明日奈等人，推测和人会不会是在他打工的地方，从事“Soul Translator”的研究的“RATH”那里。明日奈等人分头开始了对RATH的调查，然而和人仍下落不明……

潜入“LATH”的研究设施“Ocean Turtle”的明日奈，严厉追问菊冈关于和人的安危问题。菊冈死了心，坦白了和人在“Ocean Turtle”里的“Soul Translator”中进行治疗的事。明日奈姑且放下了心来，可与明日奈一同潜入的凛子，对菊冈提出了为什么会邀请自己到“Ocean Turtle”的疑问。之后，在菊冈讲述的“Soul Translator”的开发中，有着无法想象的宏大目的。

桐人与尤吉欧自“卢利特村”出发后经历了2年的岁月。终于抵达央都圣托利亚的两人，达成了“北圣托利亚帝立修剑学院”的入学的目的。作为修剑士磨炼本领，为了成为整合骑士，并寻找爱丽丝的行踪，每天度过着修炼的时光。桐人作为学院次席索尔狄丽娜的“侍从”服侍着她，但她在反复练习的过程中，看穿了被桐人雪藏起来的真正的强大。被索尔狄丽娜拜托的桐人，和她约定展现自己所拥有的一切。

桐人和学院的首席沃罗·利凡玎用真剑进行较量。在观众们好奇的目光之中，受索尔狄丽娜的鼓励，桐人和沃罗的比试开始了。沃罗刚刚开始就摆出了秘技的姿势……发现这一点的桐人，用竖斩四连击垂直方阵斩进行对抗。虽然两人的力量是相当的，但沃罗背负的利凡玎家的祖先的战士们的“想象力”形成了强烈的剑压，凌驾于桐人之上。

尤吉欧与桐人一起成为了“上级修剑士”，然而为了让自己变强，不知道要把怎样的“心意”注入剑中，他每天都在苦恼。就在此时，尤吉欧被平时没怎么给人留下好印象的学院首席莱欧斯和次席温贝尔缠上了，他接受了温贝尔为了确认两人的强弱而提出的同其交手的提议。两人剑锋交错。最初尤吉欧占有优势，可在温贝尔剑中包含的“巨大的自尊心”之力面前，渐渐被压制了下去……

桐人和尤吉欧的“侍从”罗妮耶和蒂洁回来得很晚。为了寻找2人桐人跳出窗户。与他不同，尤吉欧来到了芙蕾妮卡那里，了解到她自己被温贝尔羞辱的行为，以及去向温贝尔他们抗议这种行为的罗妮耶和蒂洁还没有回来这件事。被不祥的预感驱使的尤吉欧，急忙前往温贝尔的房间，在那里最糟糕的事态现正要开始。

在因违反“禁忌目录”而成为罪人的桐人和尤吉欧面前出现的，是整合骑士之一爱丽丝·辛赛西斯·萨蒂。她毫无疑问是曾被处罚的青梅竹马的少女——爱丽丝·滋贝鲁库。然而，她没有与桐人和尤吉欧一同生活时的记忆，简直判若两人。桐人和尤吉欧感到困惑，而两人作为重罪之人被送入了“圣托拉尔·卡赛多拉尔”的地下牢房。另一边，在现实世界的“Ocean Turtle”，在看护着接受治疗的和人的明日奈面前出现了一台奇妙的机器人。

桐人和尤吉欧成功从地下牢房越狱，却被依爱丽丝的命令埋伏着的艾尔多利耶·辛赛西斯·萨蒂万挡住了去路。三人转为战斗状态。桐人和尤吉欧为了前进，进行了由桐人防御艾尔多利耶使用的鞭子，由尤吉欧冲上前攻击的作战。可是，艾尔多利耶的冰之鞭像蛇一样蠕动，然后分裂开袭击过来。桐人和尤吉欧对强敌陷入苦战。但是，突然间尤吉欧发现艾尔多利耶的脸似曾相识。

桐人和尤吉欧被在“圣托拉尔·卡赛多拉尔”的大图书室隐居的少女卡迪纳尔搭救。她的真实身份是掌管维持虚拟世界“Under World”秩序的自律型程序。从阿多米尼斯多雷特的过去开始，卡迪纳尔对桐人讲起了“公理教会”和“禁忌目录”的由来。桐人难掩惊讶，但他也听到了更进一步的事实——“Under World”正逼近可怕的危机。

被卡迪纳尔委托以世界的命运，桐人和尤吉欧以“圣托拉尔·卡赛多拉尔”的最高层为目标前进。途中，两人从放在武器保管库的庞大武器之中顺利找到了被夺走的爱剑，但在那里，整合骑士迪索尔巴德·辛赛西斯·赛门的弓箭突然射来。两人好不容易躲开了从他使用的神器“炽焰弓”里放出的无数支箭，但本该用尽弓箭的迪索尔巴德的弓发生了某种变化。

桐人和尤吉欧继续攀登“圣托拉尔·卡赛多拉尔”时，遇见了自称是丽涅尔、菲洁尔的两位少女。为什么是小孩？突然间，桐人和尤吉欧被隐藏了整合骑士身份的丽涅尔和菲洁尔以毒剑进行了麻痹攻击。无法动弹的桐人和尤吉欧被带到了某处，整合骑士副骑士长法那提欧·辛赛西斯·图在那里等待着。

桐人在满身创伤之中，终于发动了“武装完全支配术”，与整合骑士法那提欧的战斗迎来了终结。再次以“圣托拉尔·卡赛多拉尔”的最高层为目标的桐人和尤吉欧，抵达奇妙的升降机前。在“升降员”少女的带领下到达并步入80层“云上庭园”的两人，面前出现的是尤吉欧追求的少女，拥有神器“金桂之剑”的整合骑士爱丽丝·辛赛西斯·萨蒂。

在“云上庭园”桐人的剑和爱丽丝的剑的“武装完全支配术”相互碰撞，造成本无法破坏的“圣托拉尔·卡赛多拉尔”的墙壁破碎，桐人和爱丽丝被抛出。紧接着，桐人将剑刺入外墙的缝隙，救起了坠落的爱丽丝。可是作为敌人的两人，即使在走投无路的情况下也相互碰撞着彼此的信念。不久，桐人对爱丽丝提议休战直至返回塔的内部。

尤吉欧终于抵达“圣托拉尔·卡赛多拉尔”的90层。那里是热气腾腾的大浴场。感到困惑的尤吉欧，同在热水中缓解长途奔波疲劳的整合骑士贝尔库利·辛赛西斯·万邂逅了。尤吉欧被既沉着又有深不可测震撼力的贝尔库利压倒，却依然独自战斗。另一边，桐人与爱丽丝继续攀登着“圣托拉尔·卡赛多拉尔”的墙壁。

桐人偶然在对话中说出了赛鲁卡这个名字。听到这个名字的爱丽丝完全变了个样子。见到这一幕的桐人，告诉了她整合骑士的真相。可是，无法接受桐人所说的话的爱丽丝激烈地动摇。与此同时，在与贝尔库利的战斗中失去意识的尤吉欧被元老长丘德尔金用手带到了最顶层。在那里等待着尤吉欧的是……

桐人和打破了右眼封印的爱丽丝一起来到了第90层的大浴场。在那里的，是被丘德尔金石化了的贝尔库利。爱丽丝因师父的悲惨而流泪，但恢复意识的贝尔库利在朦胧中仍竭尽全力向两人告知了尤吉欧的去向。听到这些的桐人背起留在那里的蓝蔷薇之剑，向丘德尔金追去。随后在他们前往的元老院，桐人目睹了令人惊愕的东西。

拦在桐人和爱丽丝面前的，是接受了“整合秘仪”成为整合骑士的尤吉欧。桐人有所动摇，但受到爱丽丝的呵斥，桐人决定无论如何也要和他全力战斗。两人轮流使出艾恩葛朗特流的剑技，桐人和尤吉欧的交锋逐渐激化。战斗中，桐人拼命向尤吉欧诉说着……

“圣托拉尔·卡赛多拉尔”的最上层。桐人与尤吉欧和爱丽丝终于到达阿多米尼丝多雷特旁边。然而，通过神圣术变身为巨大小丑的丘德尔金向三人猛扑而来。爱丽丝用“金桂之剑”防御丘德尔金喷出的火焰，其间桐人和尤吉欧合作向他砍去。阿多米尼斯多雷特一边观察那边的情况，一边开始向桐人等人问了起来。

为了与有数百年因缘的对手——阿多米尼斯多雷特一决胜负而在“圣托拉尔·卡赛多拉尔”最上层出现的卡迪纳尔。身为掌管秩序维持的程序的她，怀着最终抹消阿多米尼斯多雷特的夙愿而开始行动，可本被打倒的剑魔像起身拦住去路。随后听见阿多米尼斯多雷特所说的话的卡迪纳尔，因发现了隐藏在剑魔像中的真相而激动起来。

将卡迪纳尔、尤吉欧以及爱丽丝的感情寄宿在自己心中，桐人再次站了起来。为了打倒作为“人界”最强存在的阿多米尼斯多雷特，桐人用强烈的心意想象着，变成了曾攻略了《SAO》的顶级玩家“黑衣剑士”的样子。怀揣着在这个世界遇见的所有人的心意，手持两把剑的桐人与阿多米尼斯多雷特展开一对一的较量。

自同阿多米尼斯多雷特的激斗起已经过了半年。爱丽丝带着失去右臂、变成废人的桐人在故乡卢利特村村外安静生活着。望着同他一起守护的世界，爱丽丝回忆起至今为止的经历。这时，在她的面前，同为整合骑士，且是她弟子的艾尔多利耶·辛赛西斯·萨蒂万出现了。

黑暗领域的军队袭击了卢利特村。乘着飞龙“雨缘”，爱丽丝赶往村中。依“禁忌目录”不能违背卫士长命令、无法从哥布林手中逃离的村民们还在那里。迷失了战斗目的的爱丽丝，为了自己的家人，为了桐人和尤吉欧想要守护的人们，再次身穿整合骑士的铠甲，挥舞起“金桂之剑”！

袭击“Ocean Turtle”的神秘组织——那是接受美国国家安全局机密任务的特殊工作部队。率领部队的队长加百列，过去曾与桐人和诗乃交战过……以抢夺用“灵魂翻译技术”创造的人工灵魂“A.L.I.C.E”——爱丽丝为目标的加百列，为了寻找“Underworld”内的爱丽丝，尝试了某个秘计。

率领暗黑帝国的暗黑骑士团的骑士团长夏斯塔，以阿多米尼斯多雷特死去为契机，向人界提出和平的意愿。可是这一尝试因皇帝贝库达回归暗黑界而被打碎。加百列使用贝库达的账号登录了“Underworld”。他为了找出“A.L.I.C.E”，指示暗黑帝国的军队进行与人界的全面战争。

分隔人界与黑暗领域的“东之大门”。就在其附近，暗黑帝国的军队逼近。为了人们决定战斗的爱丽丝，带着桐人和人界军会合。可是和压倒性的暗黑帝国军队的兵力相比，在人界军中能够战斗的整合骑士，只有十三人。绝对的劣势中，爱丽丝在犹豫是否将同废人一样的桐人带到前线……

“最终压力测试”开始，“东之大门”终于崩塌了。在成为了暗黑神贝库达的加百列面前，组成大规模军队的暗黑军团，向人界进军。少数精锐的人界军，分头迎击。尽管是绝望的战力差距，人界军的整合骑士们还是以一骑当千的可怕力量将敌人打倒。但暗黑军团以其压倒性的兵数慢慢将人界军击散。

整合骑士莱恩利·辛赛西斯·特文蒂赛门被命令守备补给部队。因初次战斗十分害怕而逃了出来。结果，暗黑军团的哥布林们入侵到了桐人所在的补给部队的帐篷。

由于整合骑士爱丽丝放出了强大的术式，暗黑军团受到了大损伤，起死回生的策略成功了。在人界军处于胜利的沸腾时，爱丽丝遭遇敌方败退的残兵，得知皇帝贝库达的目的是寻找“光之巫女”。另一边，察觉到“光之巫女”存在的皇帝贝库达，即加百列，展开了不顾己方军队牺牲的无情的作战。

捕捉到“光之巫女”爱丽丝身影的加百列为了抓住她，下达了全军突击的命令。负责暗黑军团一角的精锐——拳斗士先于本队出发，追赶着爱丽丝等人的游击队。爱丽丝和贝尔库利思考着迎击因心意而拥有坚固肉体的拳斗士军的作战。此时毛遂自荐的，是迄今一直保持沉默的整合骑士谢塔·辛赛西斯·忒尔夫。

Asuna已使用超级女神Stacia（超级女神）的超级用户帐户登录了黑社会。下降后，多亏罗尼（Ronie）和铁斯（Tiese），她与Kirito团聚。但是很快爱丽丝到来，导致局势不稳定！

亚丝娜通过“地形操作”制造出了无底的峡谷。为了抵达人界军所在的对岸，暗黑骑士与拳斗士将草绳当作桥梁前进。发现此良机的贝尔库利率领游击队出击。另一边，在现实世界的RATH内部，从加百列率领的工作队成员之一克里特那里，得知奇妙的新大型虚拟现实多人在线角色扮演游戏要进行限时β测试……

由于加百列的策略，现实世界的美国玩家被给予了暗黑骑士的账号。他们陆续登录“Underworld”，不分人界军和暗黑军团将“人工摇光”杀害。亚丝娜注意到杀戮集团他们是从现实世界登录的玩家，拼命想要阻止他们。另外，在对岸目睹这一切的伊斯卡恩，对漠不关心同伴之死的皇帝感到愤怒……

诗乃通过超级账号“太阳神索鲁斯”登录了。她在千钧一发之际救下了被美国玩家军包围的亚丝娜等人。使用索鲁斯账号固有的能力“无限制飞行”，追踪被贝库达掳走的爱丽丝。另一边，用超级账号“地神提拉利亚”登录的莉法也来到了“Underworld”。

“人界”军和亚丝娜面对蜂拥而至的美国玩家军团，人数少却仍在勇猛战斗。但是，无法颠覆绝望的战斗力差，“人界”军的士兵们纷纷倒下。满身疮痍的亚丝娜也处于随时倒下也不奇怪的状况。亚丝娜为了打破状况，做好了决死的觉悟的时候，见到了率领着来自《ALO》的援军登录的莉兹贝特的身影。

贝尔库利追踪带着爱丽丝离开的贝库达。在漫长的死斗之后，贝尔库利使出秘技——里斩，终于打倒了贝库达。但是，身负重伤的贝尔库利，在爱丽丝的怀中气绝。爱丽丝虽然为他的死而心痛，但还是决定前往“尽头祭坛”。

“RATH”中的叛徒，是研究员柳井。曾在须乡伸之手下工作的他潜入了“RATH”，向美国国家安全局传递情报。柳井对试着复活桐人的比嘉亮出了枪，想要阻止他觉醒桐人的操作。另一边，在“Underworld”中，诗乃与再次登录的贝库达——加百列对峙……

《ALO》增援军的攻势也气力不继，终于亚丝娜她们败给了瓦沙克和中国人·韩国人玩家军团。发现了处于废人状态的桐人的瓦沙克，踢倒了轮椅进行了挑衅，但是桐人的意识没有恢复。对这种情况非常愤怒的克莱因被瓦沙克抓住，被敌方玩家压制住了。瓦沙克一边嘲笑着克莱因，一边想要挥下“杀友菜刀”。这时，意想不到的人物出现了。

过去桐人的仇敌——Eiji拼尽全力的战斗也没有起到效果，最终败给了瓦沙克。在“Underworld”遥远的南部，虽然诗乃令加百列身受重伤，但她已经精疲力竭。在“Underworld”中央地区殊死战斗的莉法，在被美国玩家军团全灭后倒下。而亚丝娜在绝望的状况下，望着躺在地上的桐人……所有人都把最后的希望寄托在他身上。但是，“黑衣剑士”现在仍在梦中彷徨。

逃出“艾恩葛朗特”的噩梦，桐人终于恢复了意识。右手握着“夜空之剑”，左手折断的“蓝蔷薇之剑”的桐人，与拿着吸收了死者资源并巨大化的“杀友菜刀”的瓦沙克对峙。放大了憎恶之心的瓦沙克的攻击，缓缓逼近桐人。当“杀友菜刀”即将把桐人的身体切断的时候，闪着金光的手握在了“夜空之剑”上。

亚丝娜和爱丽丝一起，前往用于弹出摇光的控制台“World End Altar”——“尽头祭坛”。如果在极限加速阶段开始前不打倒加百列回到现实世界的话，桐人在之后的200年间都会在“Underworld”度过。桐人抑制着焦躁的心情，与变成奇怪姿态的加百列交锋。

极限加速阶段终于开始了。爱丽丝成功从“Underworld”中退出。然而，桐人虽然打倒了加百列，却没能赶上登出，被留在了“Underworld”。在绝望的桐人面前，凭自己的意志选择留在这里的亚丝娜出现了。在现实世界中，比嘉和菊冈为了解除紧急加速阶段，打算前往电缆管道下层关闭STL……

由于美国国家安全局的暗中操纵，“RATH袭击事件”宣告结束。就任新成立的海洋资源探索研究机构的代表的凛子，将爱丽丝作为真正的人工通用智能向世人公开。爱丽丝回答了集合而来的记者们的提问。随后，诗乃和莉法在Dicey Cafe看到了那段视频，可是那里并没有桐人和亚丝娜的身影……

凛子联系和人说爱丽丝失踪了。焦急的和人想去六本木支部，刚要出门，玄关的内线电话就响了。慌慌张张打开门，门口是一个拿着大纸箱的快递员。瓦楞纸的票据上写着“海洋资源勘探研究机构”和明朝体，收件人栏上用不自然的笔迹写着和人的住址和姓名。