Dans le futur, âgée maintenant de 18 ans, Lisa écrit sa demande d'admission pour l'université de Harvard. Elle se souvient de ses anciens anniversaires, gâchés par sa famille, et du moment où Homer a décidé d'arrêter de boire pour sauver son mariage.

Bart tombe dans une ancienne station de lancement de missiles. Alors qu'il est porté disparu, toute la ville part à sa recherche y compris les prisonniers. Lorsque Bart est déclaré mort, Tahiti Bob reste persuadé du contraire et tente à tout prix de le retrouver.

La famille Simpson se rend à une conférence sur la science. Bart se découvre une passion pour la chimie. Lisa tombe amoureuse de Brendan, un musicien plus âgé, ce qui rend jaloux Nelson. Ce dernier va alors tout faire pour prouver son amour à Lisa.

M. Burns, qui croit que la fin du monde est proche, convoque les grands esprits de la ville pour lui construire une arche de l'apocalypse. Afin de déterminer qui mérite une place dans l'arche, le professeur Frink propose de faire passer un test à tous les habitants de la ville.

Lors d'une vente aux enchères, le tableau de Miró, dont Homer est obsédé, est adjugé à la milliardaire Megan Matheson. Cependant, à la livraison elle retrouve la boîte vide. Le détective Manacek est envoyé pour résoudre l'enquête. Homer devient le suspect numéro un mais Marge fait tout pour l'innocenter.

La famille Simpson passe devant l'ancien immeuble où Marge et Homer habitaient avant d'être mariés. Ils rendent alors visite aux nouveaux propriétaires et se remémorent la joyeuse vie qu'ils menaient avant d'avoir Bart.

Marge emmène Homer et les enfants à la bibliothèque. Elle conseille à Lisa de lire son livre préféré quand elle était enfant. Avec le recul, elle trouve que le livre est fait de préjugés et en écrit une nouvelle version. Bart, quant à lui, découvre un livre qui lui permet de contrôler son père.

Bart fait une mauvaise blague aux habitants de Springlfield pour se venger du principal Skinner. Suite à cela, la ville entière est terrorisée par les clowns et Krusty finit par perdre son émission. Bart est envoyé en centre de rééducation tandis que Krusty se lance dans une toute nouvelle carrière.

Grand-Père Simpson fait une confession à Homer sur son lit de mort. Grand-Père Simpson se rétablit miraculeusement mais Homer prend conscience qu'il n'a rien pardonné à son père. Grand-Père Simpson est alors prêt à tout pour se réconcilier avec son fils.

Moe reçoit un curieux appel au bar et met tout le monde à la porte. Marge et Homer le suivent et découvrent qu'il se bat avec un vieil homme, qui n'est autre que son père… Marge et Homer vont donc tenter d'aider Moe à renouer des liens avec son père et sa famille.

M. Largo conseille à Lisa d'arrêter le saxophone. Pour fêter les 100 ans de tante Eunice, Marge emmène toute la famille en Floride. Homer provoque une émeute dans l'avion obligeant le pilote à atterrir à la Nouvelle-Orléans. Marge espère que ce voyage permettra à Lisa de retrouver confiance en elle.

Homer aide Ned à trouver un emploi à la centrale nucléaire mais se rend compte que son nouveau collègue ne va pas être de tout repos. Marge conseille à Ned de devenir professeur mais Bart lui porte un coup fatal. Homer et Bart décident finalement de l'aider à remonter la pente.

La famille Simpson se rend au Danemark pour permettre à Grand-Père Simpson de bénéficier des soins médicaux gratuits. Alors que toute la famille tombe sous le charme du pays, Homer ne rêve que de retourner à Springfield.

Bart fait une mauvaise blague à Lisa. Après avoir été frappé par la foudre, Bart tombe dans un coma profond. Une fois à l'hôpital, pour se venger, Lisa lui fait vivre un véritable cauchemar. Bart se retrouve alors entouré de fantômes qui lui demandent de les aider à se venger.

Pour essayer de gagner un million de dollars, Homer et Marge participent à l'émission préférée de cette dernière : ils testent leur mariage en partant sur une île tropicale…

Invasion des commutateurs de cosse : Les plantes d'une autre planète prennent le contrôle de Springfield, sans que les habitants s'en rendent compte...

MultipLisa-ty : Lisa dispose de multiples personnalités qui la poussent à kidnapper Bart, Milhouse et Nelson suite à une farce de leur part...

Geriatric Park : Dans le but de se faire de l'argent, M. Burns crée un parc avec les personnes âgées de Springfield qui ont été combinées avec de l'ADN non testé de dinosaure...

Les citoyens de Springfield se remémorent leurs actions divines, tandis que Dieu et Saint-Pierre se demandent quels individus méritent d'aller au Paradis...

Après avoir été renvoyé de la centrale nucléaire de Springfield, Homer est embauché dans une entreprise de location de voitures autonomes où il s'épanouit professionnellement. Cependant, il se rend compte qu'elle a des intentions cachées...

Après un défi, Bart termine à l'hôpital. Pour ne pas avouer la raison de son hospitalisation, il fait croire qu'il a rencontré Jésus…

Bart, Nelson et Milhouse appellent Moe afin de lui faire une de leurs traditionnelles blagues téléphoniques. Après un échec, ils tentent de passer le niveau supérieur en trouvant une épouse par correspondance pour Moe...

Marge devient vendeuse à domicile pour la marque Tubberware mais ne rencontre pas le succès escompté… jusqu'à ce qu'une mise en beauté par son coiffeur la fasse passer pour une drag-queen.

Lisa a été écartée de la tête du journal de l'école, alors elle rédige des critiques sur les émissions télévisées. Elle confie cette tâche à Homer qui va donner une mauvaise note au show de Krusty. Sa sévérité pousse ce dernier à l'attaquer…