秦国三百铁骑追杀身怀帝国巨大机密的剑客盖聂和天明未果。为将其抓捕，相国李斯请盖聂的师弟 —— 流沙组织首领卫庄出山相助。与此同时，结束战斗的盖聂身受重伤，在亡命途中昏厥。天明为照顾受伤的盖聂意外点燃林中报警的烟火，引来了楚国项氏一族。就在项氏一族少主项少羽擒住天明的时候，众人遭到了一名力士的攻击。

聚散流沙四天王排名第四的韩国力士无双击退了项氏一族的护卫，和项少羽展开搏斗。可是项少羽始终不敌无双，被抓住。天明灵机一动，用装有火流星的烤山鸡解救了项少羽。就在无双再次发起攻击时，盖聂及时苏醒击杀了无双。项少羽、项梁、范增立即组织族人和盖聂、天明一同迁移，但还是被卫庄从留守士兵的口中打听到了盖聂一行人的逃亡路线。于是卫庄派出聚散流沙四天王排名第三的苍狼王继续追击。

苍狼王召唤狼群包围了盖聂一行人的马车，盖聂负重伤同天明、项少羽合作击退了苍狼王，却因失血过多再次倒下。此时，一位自称“墨家弟子高月”的女孩及时出现，带领大家去镜湖医庄请“医仙”端木蓉出手相助。尽管众人尽力劝说，但端木蓉却坚定的秉承“三不救”的原则拒绝治疗盖聂。危急时刻，渊虹出现改变了端木蓉的决定。盖聂和天明继续留在医庄，而项氏一族则前往墨家机关城。

天明在医庄通过自己的劳动获得食物，并且在和高月的聊天中得知她也是一个孤儿。盖聂虽然脱离生命危险，但是伤还没有痊愈。平静的生活过了不久，秦国的爪牙就已经伸到了太湖，盖聂被迫带着天明等人逃离医庄。谁知聚散流沙四天王排名第一的白凤凰的鸟羽符遍布医庄各处，甚至出现在马车下面，这使马车遭到白凤凰控制的鸟类的袭击，为了能够成功逃走，众人只能弃车保命。

高月对天明坦白自己是燕国公主的身世。可是高月中了聚散流沙四天王排名第二的赤练的火魅术，产生幻觉，误以为是盖聂杀死自己的父亲燕太子丹，于是携带鸟羽符来吸引白凤凰的谍翅鸟的跟踪，并伺机对盖聂下西施毒，希望能为父报仇。赤练控制了高月，并用蛇阵攻击盖聂一行人，逼端木蓉杀死盖聂。当丧失战斗力的盖聂束手无策的时候，班大师出现，并放出墨家机关兽，击散蛇阵。可是机关兽受公输家族影响，突然失控攻击高月，高月掉下了悬崖。

高月被天明和盖聂救下，并从火魅术中苏醒，发觉当年杀害自己父亲的人居然是卫庄。而盖聂和端木蓉也道出了当年燕国刺秦失败背后的隐情。原来刺秦失败后，燕王喜为了逃避责任就让燕太子丹背负了全部的罪，为了保护家人，高月的父亲只好壮烈赴死。

众人虽然逃脱了赤练的攻击，可是在飞行的途中，却遭到流沙四天王之首白凤凰的袭击。他召唤带有毒的鸟群对盖聂一行人展开攻击。班大师因受毒鸟袭击无法操作机关朱雀，只得指示高月操纵机关朱雀躲开鸟群攻击。没想到开启加速的机关朱雀还是不能避开鸟群的追击。关键时刻，班大师利用地势优势操纵机关朱雀，击退了鸟群。众人终于进入墨家机关城。

进入机关城，盖聂和天明结识了墨家神偷盗跖。就在天明惊叹机关城的神奇时，碰到了前来迎接他们的墨家铸剑师徐夫子，徐夫子告诉盖聂，渊虹是自己母亲所铸。

凭借惊人力量的项少羽在和墨家锻造部首领大铁锤的比试中获得胜利，却遭天明暗算。因为墨家做事秉承光明正大的原则，使大铁锤忍不住出手教训天明。尽管天明凭借自己的小聪明多次躲开了大铁锤的攻击，可终究还是被大铁锤逮住，就在天明无处可逃的时候，墨家头领雪女出现，说服大铁锤放了天明。而在一片融合的气氛中，盖聂却从暗处感觉到了来自墨家头领高渐离浓烈的杀气。

白凤将逆流沙组织杀手隐蝠带到机关城后离开。与此同时，秦国宫殿中，护国法师月神算出了危害帝国存亡的孩子就在机关城，并预言这个孩子未来会杀死盖聂，而且机关城中的各大门派会产生内斗。此时，机关城中，大铁锤在带领士兵巡逻，却发现一处血腥十足的地方，抬头一看，居然满树都是死去猴子的尸体。