一个名叫樋口温子的陌生女孩出现在龙之介家中，并让他称呼她为“奴库奴库”。她悲惨的过去让她失去了记忆……但更重要的是，龙之介对她一见钟情！与此同时，龙之介的母亲阿基子接到三岛工业的任务，要找回失踪的机器人。

龙之介的父母去度假了，留下他和奴库奴库独自在家。这对龙之介来说简直是梦想成真——直到他们邻居那个爱管闲事的小女儿农插手进来。然而，更大的麻烦接踵而至，三岛工业派出了一个原型机器人来追捕奴库奴库！

奴库奴库和龙之介一起在城市中散步，互相展示各自最喜欢的地方。但当奴库奴库对陌生男人过于信任时，气氛变得紧张起来。接着，三岛工业的天才发明家大泉派出他的致命花女机器人，试图将奴库奴库变成废铁……

阿基子被任命为逃亡机器人捕捉项目的负责人！她指派了两名下属，京子和亚里沙，她们立刻开始制造麻烦。当她们驾驶战斗机进行疯狂的飞行并随意发射导弹时，奴库奴库决定挺身而出，阻止她们的暴行！

龙之介的学校朋友们看到他和奴库奴库在一起，他试图骗他们说她是他的女朋友。但结果却意外地让奴库奴库和好友津布奇约会。龙之介偷偷跟踪他们，但他们不知道三岛工业的新计划是捕捉奴库奴库……

一只非常特别的猫从三岛实验室逃脱，阿基子被命令去寻找它！与此同时，奴库奴库在外面发现了几只小猫，并把它们带回了夏目家。她和龙之介努力照顾这些小猫。接着，阿基子的下属们再次失控，奴库奴库不得不出面阻止他们！

奴库奴库在公园里发现了一个受伤的女孩，并把她带回了夏目家。女孩自称“优子”……然后他们发现她是一个超能力者！三岛工业的打手闯入家中试图带走她。她和龙之介一起逃跑，但逃跑真的是对她最好的选择吗？

深夜，一只巨大的昆虫型机器人从三岛工业的控制中逃脱，开始肆意破坏周围的一切！三岛工业试图制服它，而龙之介正骑着摩托车和朋友在附近，浑然不觉危险即将来临。奴库奴库及时赶到，救了他！

电视上铺天盖地地报道：德国公司茨威格即将来到日本，与三岛工业最强大的机器人“三国布洛斯”对决。但奴库奴库不知为何感到不安。茨威格的机器人劫持了主持人，而“三国布洛斯”拒绝冒险伤害她……幸运的是，奴库奴库就在观众席上！

奴库奴库失去的记忆正在慢慢恢复，与此同时，三岛工业的年轻总裁抵达招财市，计划接管那里的公司分部。但前任总裁设下了一个陷阱，确保事情不会顺利进行。当奴库奴库卷入这场复仇阴谋时，会发生什么？

奴库奴库的创造者樋口博士曾被认为已经死亡——直到他突然出现在她面前！他想带奴库奴库离开，过上平静的生活。与此同时，阿基子试图阻止年轻总裁调查樋口博士的秘密地下实验室，但他有一个秘密武器……

当招财市陷入混乱时，樋口博士带着奴库奴库逃离，决心保护她的安全。但在最后一刻，她拒绝离开。她前往三岛工业总部，阻止年轻总裁的暴行，并与三岛工业最致命的创造物——第二代机器人展开激战！