正當汽車人在慶賀他們取得大戰的時候，他們受到了神秘的邪惡力量的攻擊。究竟那些攻擊者是什麼人？他們有什麼企圖？

自從得知霸天虎不是近來連串攻擊時間的主謀後，汽車人決心要找出個究竟來。諮詢過母體電腦以後，補天士得出了一個驚人的結論：這很可能是所有變形金剛的末日。

在邪惡的五面怪幾乎要被汽車人毀掉的時候，他和霸天虎組成了一個黑暗聯盟。這回，汽車人被困在他們的兩個死敵之間了。

補天士發現了五面怪的真實性質，這是個驚人的發現。但是這已經太遲了，因為霸天虎正在攻擊地球和塞伯坦。

大戰在蔓延，羅嗦和轉輪必須完成一個艱鉅的任務，否則地球就會陷落。另一方面，汽車人必須阻止狂暴的霸天虎，否則塞伯坦就會落入到五面怪的手中。

開始時，這只是一場試驗，但後來卻演變成了一場殘酷的生存戰。通天曉、五面怪、沙蒂肯、營救車和狂飆五個一起被困在了一艘有故障的太空船上。他們正一步一步地走向死亡…然而，逃生艙只能容下一個人，這時，他們該怎麼辦呢？

大家都知道汽車人杯子喜歡講他的戰爭故事。但是，有一個故事是他不會講的---那就是關於怪物渾沌怪的故事。在杯子正當年輕力壯的時候，他在與渾沌怪的一站中落敗而逃。現在，幾個世紀過去了，他必須再次面對渾沌怪。

擎天柱從墳墓裏回來再次領導汽車人了----補天士再高興不過了。他將母體電腦交還給這位恩師。不幸的是，現在的擎天柱已經不是以前的那個了。他那遲鈍的身軀被五面怪重編了程序。他把汽車人引到了一個非常危險的處境。當這個可怕的陰謀被識破後，熱破要面對他生命中最讓他為難的戰鬥---一邊是他以前恩師的生死，一邊是塞伯坦和所有汽車人的命運，兩邊都那麼叫人為難。

自從在汽車人之城被打敗之後，鐵甲龍就一直藏身在邪惡的卡波恩共和國。這個國家一直都在受到邊界的保護，並有着一個富有同情心的統治者----阿布都法迪卡。在伏特諾思消失後，地球的權利就陷入了一片混亂中去。當塔瑪哈被綁架後，汽車人就開始懷疑鐵甲龍是鐵甲龍乾的了。後來，克姆林被找到，大家就更加肯定是鐵甲龍在搞鬼……但是他們如何證明得了這一切呢？

紅蜘蛛又回來了，這回他是上了瘟疫的身，後來他和聯合派的首領達成一項交易。聯合派答應狡猾的紅蜘蛛，只要他幫他們做三項工作，就把他的舊身軀給回他。紅蜘蛛很快就答應了，但很快他就知道了聯合派隱藏了的動機了。

狂飆和清除機在追逐毒氣彈的時候進入了塞伯坦的中心，在那裏他們碰上了一位不速之客----紅蜘蛛的鬼魂。紅蜘蛛控制了狂飆。為了報復，他打算與驚破天合作，重建他的勢力。

五面怪正在着手一項改變歷史的計劃。他們打開了一扇歲月之窗回到了塞伯坦的過去，並綁架了機器人 A - 3，而且把它帶到了現在。當時，機器人 A - 3 領導了一場反抗五面怪的叛變。五面怪想着如果沒了領袖就不會有叛亂，那樣時光的大潮裏面就只有五面怪的存在，於是他們又可以再次成為塞伯坦的統治者了。然而，汽車人發現了他們的計劃並對歲月之窗發動了攻擊，結果卻產生了混亂的效果。一些現代的汽車人被困在了過去，而叛變的領袖又被困在了現在。這個時間和空間相互交錯的架構正在面臨着崩潰的危險。

轉輪和丹尼爾為了給通天曉一個意外的生日晚會，不惜冒着被霸天虎抓住的危險而行動。

鋼鎖和丹尼爾被意外地送到了一個只有巫師和鼓吹鬥爭的人存在的地方。在那兒，根本就沒有人相信科學。通天曉、卡莉和錄音機趕去營救他們----但是他們能及時趕到嗎？

猶豫急救員把猛大帥的鈍齒輪弄丟了，於是他離開了機器衞兵之列。在霸天虎之城日漸強大的威脅下，無助的汽車人之城正面臨着毀滅的危險。現在就只剩下通天曉和受損的守護神兩個在保護着汽車人之城的安危了。

由於霸天虎造成的一場意外，汽車人和霸天虎緊急降落在一個星球上。在這裏，所有的居民都是用音樂來溝通的。然而，如果一些語言的調波混合在一起的話，所組成的旋律能使星球爆成質子。聲波錄到了這種音調的兩部分。於是，汽車人必須在通天曉的帶領下，阻止驚破天和他的霸天虎找到這種旋律的第三部分。

在一次與汽車人的鬥爭中，驚破天脾氣失控，並把他的憤怒發向霸天虎。汽車人輕易地取得了這場鬥爭的勝利。然而在霸天虎的內部卻出現了分歧----到底驚破天是否適合領導他們。為了阻止叛亂的發生，狂飆接受五面怪的建議，將驚破天帶到療養院。在那兒驚破天受創的電路可能得到治療，他的穩定性才有可能恢復。但是這個治療也有可能發生危險，因為“蛛網”有可能會“吃掉”驚破天的電子智能----但如果治療成功的話，驚破天就能經歷他人生中最輝煌的一刻。

五面怪發明了一種能夠使人類的噩夢變成現實的機器。這很可能會毀掉汽車人和霸天虎。突然，變形金剛們發現他們正處在一個奇怪的“噩夢星球”上。在這裏他們碰上了許多惡魔、怪物、扭曲了的變形金剛以及神話裏害人的角色。這時，補天士才發現這些都是出現在丹尼爾噩夢裏面的事物。現在汽車人必須馬上想辦法救丹尼爾，否則太遲了。

五面怪發現他們很久以前遺失在太空中的商業交易記錄現在落在了尊奇派（Junkion）的一個廢料山中。當然，尊奇派（Junkions）不會心甘情願地把東西交還給他們。於是五面怪使用奸計把東西拿了回來。他們干擾了尊奇派（Junkions）的廣播頻道，利用一個電視形象在電視頻道上胡言亂語，並領導了一場“清潔聖戰運動”。這個辦法很奏效。尊奇派（Junkions）馬上就開始清理他們的世界----無論是物質上的還是思想上的都要進行清潔運動。

由於五面怪的愚弄，驚破天和霸天虎把“能量吸血鬼”----居住者從塞伯坦的深處放走了。現在只能靠汽車人去阻止居住者把所有的變形金剛都變成還魂屍，他們最後還要把塞伯坦變成一個威力盡失的死寂的世界。

很久以前，汽車人逃離塞伯坦並建造了一個與最好時候的塞伯坦一模一樣的機械星球。現在，霸天虎發現了這個星球並侵佔了它，汽車人必須在這個星球變成霸天虎永久的堡壘之前毀掉它。

五面怪的日誌又出現了，這次是在一個叢林密佈的星球上的一個幾乎完全封閉的環境中，汽車人和霸天虎爭先恐後地要得到其中的關鍵元素，並要把其中所含的有用信息付諸使用。

補天士、通天曉、彈簧和阿爾茜的思想被一個歹徒困在了人工軀體裏面。這個歹徒是和霸天虎勾結在一起，並受霸天虎的指使而來的。汽車人們能找到並變回他們原來的機器形體，並且給予霸天虎的一擊嗎？

一場意外使機器恐龍鋼鎖變成了一個超級天才。現在他成了汽車人對付霸天虎最新計劃的唯一希望。天才鋼鎖究竟會想出怎樣的辦法來對付霸天虎呢？那些驚人的科技機器人又究竟是些什麼人呢？

“金錢是萬能的”是自由商德瑪納斯的座右銘。他不僅僅一次把科技機器人賣給五面怪，並想以此來證明他的座右銘……但是他這樣做證明得了嗎？

機器恐龍、森林派、和恐怖派在一場生死戰中遺棄了他們的夥伴----變形金剛。那神秘的“至尊太君”到底是誰？又有什麼東西能阻止拖泥派（Tornedron）清除銀河系呢?

霸天虎偷走了汽車人的母體電腦，補天士----現在又變成了得過且過的熱破了----並不想把它要回來。他會放棄他的汽車人夥伴嗎？還是負擔起命運賦予他的重任呢？

五千年前，五面怪把砸漠金鎖在了太空經緯線裏，並使它們和宇宙的其它部分孤立起來。現在那個太空經緯線被補天士、羅嗦、通天曉和感知器破壞了。於是，五面怪最懼怕的力量逃了出來。

科學家們發現一場外星瘟疫能使變形金剛在戰鬥中自我殘殺。這無疑會導致汽車人和霸天虎的共同滅亡。現在只有一個人可以救大家。那就是已經死去了的擎天柱。

瘟疫很快就傳遍了整個地球，許多機器人和人類都被感染上了。但是還有一小部分汽車人、霸天虎和五面怪暫時沒受感染。他們一起合作使已經死去了的汽車人領袖擎天柱復活。復活後的擎天柱馬上投入到與死神的搏鬥中去…他能及時成功嗎？