分离势力用一种新型毁灭性武器攻击了绝地大师普洛·孔和他的克隆人部队，导致他们在找到阿纳金和阿索卡前只能挣扎求生。

加·加·宾克斯是绝地武士？当英勇的冈根人和C-3PO从邪恶总督纽特·冈雷手中救出帕德梅·阿米达拉时，分离势力就是这么认为的。

在试图绑架杜库伯爵的过程中，安纳金和欧比旺发现这位西斯尊主已经被海盗俘虏了。

在谈判杜库伯爵的赎金时，安纳金和欧比旺被俘虏了。为了逃跑，绝地和西斯组成了不可思议的联盟，而加・加・宾克斯是他们唯一的希望。

由于兵力不够，梅斯·温杜必须说服提列克自由战士查姆辛杜拉帮助他从机器人的毁灭行动中拯救首都。

为了解救犯罪头目赫特人齐罗，赏金猎人占领了参议院大楼并劫持了人质，但他们完全不知道绝地武士安纳金天行者还在大楼里面。

绝地将军基-阿迪-芒迪、欧比旺·克诺比和阿纳金·天行者重返吉奥诺西斯——克隆人战争的爆发地点。他们的任务是摧毁下等人波格尔的一座受到射线护盾保护的机器人工厂，这或许能够给人数居于劣势的克隆人部队带来一线生机。

阿索卡在科洛桑地下世界执行任务时光剑被小偷偷走了，由于不好意思告诉阿纳金，她决定单独一人追查小偷。令她意想不到的是，她从一个叫做泰拉·西努贝的年老大师那里得到了帮助。

欧比旺和阿纳金护送莎廷女公爵和中立星系委员会乘坐豪华游艇宝冠号前往科洛桑，但他们中有一个叛徒偷偷把一个蜘蛛形的刺杀机器人带了上来。

帕德梅正致力于推动法案减少军费开支并停止制造克隆人，但她最信任的盟友之一遭到了毒杀，她和贝尔·奥加纳开始追查凶手。

共和国引爆了一枚威力强大的电场质子炸弹以解决马拉斯塔尔行星上的战斗，但它意外地唤醒了一头被认为已经灭绝了的斯洛怪兽。

斯洛怪兽被抓住了，它被送到科洛桑进行测试研究。帕尔帕廷议长想要揭开它刀枪不入的秘密，但却使得这头怪兽足够愤怒以逃脱人们的掌控。

帕德梅去拜访她从前的导师明娜·邦泰里，邦泰里之前选择了分离主义阵营，但急于寻求和平谈判。但银行业集团和一些腐败的议员密谋破坏这一举措。

议员阿米达拉和奥加纳反对投资制造五百万新的克隆士兵，但他们和其他志同道合的的上层人物遭到了一些试图阻止他们的凶残的赏金猎人们的追杀。

因为伪装成赏金猎人雷科·哈丁，欧比旺·克诺比和犯罪大佬莫拉洛·伊瓦尔、凯德·贝恩一同流亡，但他们的关系如履薄冰，同时阿纳金和阿索卡也在不停寻找他。

凯德·贝恩带领一队赏金猎人（包括伪装成赏金猎人的欧比旺·克诺比）密谋在纳布星球的光明节期间绑架最高议长。

摩尔收萨瓦奇为徒，随后他们一起着手组建一支军队。他们试图雇佣杭多·奥纳卡的海盗，但他们的努力遭到了绝地委员会成员欧比旺·克诺比和阿迪·加利亚的阻拦。