M生病了，孤枪侠来找他，因为思考者不小心拷贝了一份破解了MJ档案的密码，但他只愿跟M说这件事。M前去见第一次出场的思考者，拿到了份档案。癌人来见M的父亲比尔，希望比他能阻止M。比尔想了很久，决定将所有的事都告诉M，但在他还没开口之前，就被ALEX杀死。史卡利来M家没找到人，却被暗枪打伤。她带M去见纳瓦荷老人亚伯霍斯丁，老人答应帮忙翻译文件，并让M去了一个奇怪的地方......

S和CSM都认为M已经死了，其实他没死，印第安老人为他进行了名为“the blessing way”的治愈仪式，救了他一命。M回来后开始着手调查他爸爸的关系网。S由于牵扯进了M的这件事中，被停职了。一次偶然的机会，她发现自己脖子后面被植入一块电子芯片，却没有任何关于它的记忆。影子政府派人杀S，却误杀了S的姐姐Melissa。S对SKINNER产生了信任危机。