在阿拉斯加进行冰核计划的科考队在接近成功时，忽然向外界发出一个奇怪的警告信号，自此杳无音讯。M、S与几个科学家到达那里，发现全队人员死于自相残杀。他们还在开采出的冰层样本中发现了随着陨石坠入地球的外太空虫子，这种虫子会使感染的人产生暴力倾向。M、S的小组中有人被感染了……

S的爸爸死了。 发生连环绑架案，一个自称灵媒的死刑犯向M和S提供线索，以求免于死刑。M和S在这件事上有了分歧，M坚信他是个骗子；而通过一系列事实，S开始相信他灵媒的能力，却又害怕面对。最后案子破了，那人还是进了毒气室。

S的前男友Jack也是FBI探员，在银行劫案中与劫匪同时中枪，经抢救活了下来。未料在Jack身体中复活的却是劫匪。劫匪利用Jack的身份四处寻找他的爱人同伙，还把S扣为了人质……

一个印第安人被枪杀，杀他的人坚持说射击的是具有攻击性的野兽，种种迹象也证实了他的说法。M发现X档案中有极其相似的案例，在与印第安老人谈话后，认为确有可能是人变身成了野兽。此时，S正身处险境而不自知……

在本季第三集中吃肝脏的TOOMS被法庭释放，但受一位医生监管，M和他两人决心报复对方,还差两个肝脏即可进入新一轮冬眠的TOOMS又干起了动物管理所的工作,屡次被M制止的他将监护他的医生的肝脏吃掉了.终于进入冬眠,M和S在老警员的帮助下找到了制裁TOOMS的证据,两人再次前往TOOMS的老巢,最后M冒着生命危险开动扶梯,将欲爬出地窖追杀M/S的TOOMS压得粉碎.突变异种终结......

一位在空气动力实验室做清洁工作的弱智有着非凡的数学能力,他在偶然的情况下发现了自己孪生哥哥因为自己的研究被同事窃取而被杀,于是在哥哥未死的大脑的感知下开始了他的报复行动,此时,他孪生哥哥的大脑正被保存在一个液态氮的容器里,弟弟最后完成了哥哥的遗愿,在打算报复最后一个同伙时被M和S阻止.

X档案被关闭,MULDER和SCULLY也被刻意分开,MULDER失去了探寻真相的工具!MULDER该如何继续? 一国会山议员支持MULDER前去寻找证据,MULDER只身前往波多黎各,搜集由射电望远镜接受到的外星人存在的信号,在控制市里发生了一系列事情. 期间,SCULLY摆脱跟踪,顺利找到MULDER,但是却被蓝寇军发现,二人只得舍弃证据,匆忙逃命.

弗兰克林小镇在公共场所接连发生命案,而袭击者都是有着良好记录的公民.这些人怎么了?经过MULDER调查,发现所有案件的联系就是犯罪现场的电子屏幕,为什么都会有电子屏幕呢?犯罪和屏幕会有何种关联?SCULLY对实施犯罪的人的尸检又会发现什么呢? 在暴力犯罪率急剧升高的背后,有着什么不为人知的秘密呢?

一连串的吸血案件，每个镜子都被砸坏，同时墙上会用被害人的血，写着圣经的句子「凡饮我血者，将获得永生」。每个地方都会有三个受害者。M随后找到了血库新进的晚班警卫约翰。审讯后约翰因为照到太阳光烧死了。根据他手上的印记，M前往一间酒吧，在那里认识了头号嫌疑犯克莉丝汀。但后来M得知，其实克莉丝汀也是受害者，很同情她，希望能保护克莉丝汀，但没人能保护了克莉丝汀，因为约翰又复活了……

火山研究队伍求救。M与史卡利在解救过程中发现那地方的研究设施被严重破坏，M在检查时，遭到路威格的攻击。此时研究室还有三名成员活着，崔科斯疯狂的追杀他们。M觉得这三个人的行为举止很奇怪。崔科斯杀了皮尔斯，他说不准任何人离开这里。后来田中病的非常严重，M与路威格用担架送他去医院，在半路上田中发作，一种不知名的生物，从他的喉咙爆发出来......

一名男子道尼费斯特，对女性的头发与指甲有着不寻常的恋物癖，他喜欢在殡仪馆里偷死人的头发或者是去盗墓。随后又陆续发现盗墓，M相信这名恋物狂的冲动在增加，当尸体不能满足他的时候，他就会开始寻找活人来杀，以取得尸体。一名妓女被杀，头发与指甲被拔，道尼开始下手杀活人。道尼在夜校，吓坏了一名女同学，被关进了警察局，当史卡利与M来审犯人的时候，道尼爱上了史卡利的红发......

连环杀人案中的被害人都是算命师，杀人手法非常残酷，也很固定。在警方找不到有效线索时，M和S对提供线索的一个老头儿Clyde产生了兴趣，发现他有通灵的能力，能够看到人死亡时的细节，遂找他协助破案……

多起离奇死亡案件的受害人都是单身女性，尸体上都沾满强酸消化液，尸体分解速度极快，且身体里的脂肪成分都不见了。这些案件都是一人所为，他专门在网络上寻找受害人，以她们的脂肪作为食物。

几个正在火车实验室里解剖外星人的日本医生被一群不明身份武装人员杀死，外星人被带走。M从私人手中买到的录像带里看到了解剖实验，追循出处时，发现制作录像带的人已被杀。现场逮到了一个日本人，从他手中掌握的情报，追查到了有关军方打捞到的UFO的线索……另一头，S遇见了一群也曾遭受UFO 劫持的妇女，她们使她回忆起来一些片断，告诉她会面临可怕的病症…… M见到活体外星人被带上火车，他不顾X先生的警告，紧追不舍……

一个男人自认是恶魔门徒，四处寻找和杀害身上会出现圣痕的人，但那些人都是冒牌货。小男孩Kevin身上出现了圣痕，也遭到了那个人的追杀。同时，有人受上帝召唤前来保护Kevin。那个人为Kevin牺牲后，S认为自己是下一个被选中保护Kevin的人。而M自始至终不相信天启这回事。