一个中年人向911报警说自己家发生大火 ，但911赶到后却并无任何火灾迹象，SKINNER向M陈述了案情,M和S展开调查,这时上级派遣Alex Krycek与M搭档,S在尸检中推断出死者是确信有火灾发生,并窒息而死,三人在大家的帮助之下找到了一群参与越战的军人,后得知这样的家伙被做了手术使得他们丧失睡眠,以提高他们的作战能力.但是他们展开了报复!

DUANE BARRY是一家精神疗养院的病人,他是FBI的前探员,并经常回忆自己在1985年遭UFO绑架实验,在精神受到极度刺激之下,他逃出了病院并绑架了一幢大楼里的人,M被指派去"协调",待事情解决后,DB却绑架了在这次任务中表现出众的S,在电话录音器里传来了S求救的声音......

史卡利被杜恩强行带走。M找到杜恩，但史卡利已经不见了，杜恩宣称外星人带走了她，穆德生气之余，打了杜恩拜瑞，就在他离开一下子，杜恩忽然死亡，M怀疑他是被毒死的。M找麦特森参议员帮忙，却遇到X，他告诉他一切都没有用的，官方会否定一切。史基纳为了帮助穆德，打算重开X档案～

M生病了，孤枪侠来找他，因为思考者不小心拷贝了一份破解了MJ档案的密码，但他只愿跟M说这件事。M前去见第一次出场的思考者，拿到了份档案。癌人来见M的父亲比尔，希望比他能阻止M。比尔想了很久，决定将所有的事都告诉M，但在他还没开口之前，就被ALEX杀死。史卡利来M家没找到人，却被暗枪打伤。她带M去见纳瓦荷老人亚伯霍斯丁，老人答应帮忙翻译文件，并让M去了一个奇怪的地方......

S和CSM都认为M已经死了，其实他没死，印第安老人为他进行了名为“the blessing way”的治愈仪式，救了他一命。M回来后开始着手调查他爸爸的关系网。S由于牵扯进了M的这件事中，被停职了。一次偶然的机会，她发现自己脖子后面被植入一块电子芯片，却没有任何关于它的记忆。影子政府派人杀S，却误杀了S的姐姐Melissa。S对SKINNER产生了信任危机。

M和S找到一个二战时期为美国政府工作过的纳粹科学家，根据他提供的线索找到了一个已经荒废的矿物开发公司。在那里，秘密地保存着几十年来全美所有接种过天花疫苗的人的医疗档案。M发现自己的档案被做过手脚，而S的档案在最近被更新过。M目击了巨大的UFO升空，S在隐约中看到了little gray man。SKINNER大叔作为谈判筹码的磁带被小克抢走了，跟此事有关的人陆续被灭口，小克也差点死掉，自此他和CSM卯上了。SKINNER大叔最后谈判成功，帮助M和S恢复了公职，此事遂告一段落。

打捞船从北大西洋中找到一艘二战时期的飞机，意外地把黑油从尘封已久的深海中带到了陆上。黑油有控制人类的能力，并能在不同宿主之间自由转移。M直觉地认为打捞船找到的东西与UFO有关，追查的过程中，开始注意到黑油的存在。他一路追到了香港，遇见了老对头小克。最后黑油转移到了小克身上。SKINNER因为违背上级指示继续帮S追查MELISSA一案被CSM的杀手枪伤

CSM的人仍在追踪小克，想夺回磁带（详见2×25、3×01、3×02这几集）。被黑油附身的小克摆脱M后，带着磁带主动找到了CSM，作为交换条件，要求回到政府藏匿打捞上来的UFO处。S抓到了杀MELISSA和打伤SKINNER的杀手，他说出了小克的动向，M和S由此追到了UFO存放地，可惜在离其只有一步之遥时被赶了出来。黑油回到了UFO中，小克被遗弃在1013号门之后……

小克欲与M合作揭发影子政府的阴谋，告诉M有人从俄罗斯带含有黑油的陨石进入美国。追根循源，M带小克到了发现陨石的通古斯，两人被俘。那里像集中营一样，MS在进行开发抗黑油的疫苗试验。小克背叛了M，M被抓去做黑油试验，感染了黑油。 另一方面，影子政府害怕M的调查暴露了他们的计划，召开听证会，要求S告知M的去向。S据理力争坚决反抗。

片头借一位老人之死交代了试验品死后体内黑油会从七窍中溢出的现象……俄国退休特工瓦西里-博斯克被告知“冷战还未结束”，奉命前往美国将陨石碎片夺回。他首先找到了研究者萨莉博士，将其残忍地掐死。另一方面，穆德在狱友和当地受实验迫害的一户平民的帮助下，痛打叛徒克里切克，总算逃出狼穴。而克里切克误入居民手中，被砍掉胳膊（大快人心哈哈哈）。影子zf得知博士之死，显得有点慌乱，史卡莉则因拒绝透露穆德去向锒铛入狱。随后穆德及时赶到，与史卡莉追查陨石下落。然而俄国特工处处领先，不仅将试验品一一杀死，还成功炸毁碎片与设备，算是与安上假手的克里切克圆满完成任务。穆史二人空手而归，最后只能将某些官员的腐-败报告递交上去……

俄罗斯某地被大火侵蚀，唯一目击了全程的少年被俄罗斯人克里切克控制，玛丽塔赶过去但是晚了一步，而少年被灌入了黑油……另一边，穆德已经完全不相信外星人的存在，甚至X病人卡珊卓现身说法也未能改变。而卡珊卓是调查局史邦德的母亲，史邦德拜托史卡莉不要去探访卡珊卓。而影子政府也为事态震惊，他们收到了克里切克的电话，后者以少年为要挟索要全部实验数据。正犹豫间，史卡兰山也发生了大火事件。与此同时，克里切克和玛丽塔搞在了一起，玛丽塔趁机把少年带出来，联系了穆德，穆德赶到时她已经失踪了……史卡莉听从了召唤，去了桥上，这是一个几百人的聚会，卡珊卓和少年都在。突然，大火燃了起来……

大火终于扑灭了，史卡莉还活着但是严重脱水，史邦德因为他的母亲不见了而大发雷霆，另一边影子政府也找到了被黑油侵袭的玛丽塔，带回治疗。他们从克里切克手里拿来了疫苗，同时感觉战争要爆发了……穆德带史卡莉去做了催眠治疗，史卡莉回忆起了卡珊卓被带上飞船的情景。然而穆德还是无法相信，史邦德也提醒史卡莉，她跟穆德在一起，潜意识里也相信了外星人。这时克里切克找到了穆德，他告诉穆德，这一切都是外星叛党做的，他们企图烧死试验品以此来阻止外星人入侵。有一个叛军被抓了起来，他们必须帮助叛军，否则地球就没救了。将信将疑的穆德带着史卡莉闯入了空军基地，随后又只身跟上装囚犯的卡车，撞见了处决叛军的外星人被叛军追杀……

一名俄国棋手在比赛时候被击毙，穆德通过录像带看出凶手的目标本是他的对手——神童吉布森。这孩子能“听”到别人的思维，因此影子政府十分重视也害怕他的能力，甚至专门从加拿大把癌人弄了回来。穆德的前女友回来参与调查，与穆德相谈甚欢，史卡莉大为恼火。而穆德对负责此案的史邦德探员三番五次的阻碍极为不满。史卡莉和前女友负责保护孩子的安全，前女友不幸中弹，孩子被癌人带走。最终，癌人把X档案付之一炬，并且告诉史邦德他是史邦德的父亲……

斯基纳到体育馆里去锻炼身体，突然眼前一片模糊倒地不起，随后又接到了一个合成音打来的电话，警告他只有最后24小时的性命。穆德和史卡莉都来帮他，斯基纳想起在总部时有个男人抓他的手问时间，经确定是欧吉尔博士，穆德和斯基纳去找欧吉尔，结果欧吉尔被人带走了。史卡莉化验斯基纳的血液，发现里面的C原子正在自我复制，堵塞血管。穆德找参议员询问斯基纳正在检查的819号法案，参议员明显有所隐瞒，随后穆德找到欧吉尔被关押之地，得知欧吉尔已经死了。斯基纳再次住进医院，病情恶化。他感慨X档案未能重启，感觉对不起穆德和史卡莉，此时窗外的克里切克（又是这个老伙计……）将频率开到最大，斯基纳一度失去心跳，但随后克里切克把仪器关闭了，斯基纳捡回一条命。此时穆德史卡莉已经有了初步的推论，他们认为这是一种纳米仪器，进入人身体后可操控它进行复制。他们想要调查下去却被斯基纳制止，事件最终不了了之。

军方的秘密基地里，众人正在欢庆实验成功，不速之客外星叛军突然降临。他们烧死了所有人，只留下了作为实验体的史邦德的母亲。史邦德急忙赶去，却不料她只愿意把真相告诉穆德。与此同时，外星叛军开始反攻，他们接连暗杀影子政府的要员，并化妆成死者的模样杀下一个人。史邦德的母亲告诉穆德，影子政府和外星人合作，要通过病毒将人类改造成外星人与人类的混合体，方便外星人进行殖民，而叛军则反对殖民计划。在一次影子政府会议上，有人提议加入叛军，克里切克指出这个穆德父亲提出的计划先前已经被否决，而他们反抗外星殖民秘密研究已经初见成效，这时不能放弃。癌人找到史邦德，恨铁不成钢的怒扇了他两巴掌（你比福克斯·穆德差多了），之后又交给了他一个任务，让他用伸缩针杀掉叛军，史邦德差点搞砸，幸好克里切克帮忙，总算完成了任务。癌人找戴安娜诉苦，戴安娜让他放心交由自己处理。穆德和史卡莉发现癌人是史邦德的父亲大吃一惊，而此时史邦德的母亲赶过来，让穆德杀掉自己，以阻止影子政府的计划。穆德毫不犹豫的举起了枪……

戴安娜果然好手段，她以医学隔离的名义抓走了史邦德的母亲。由于已经被停职，穆德史卡莉无计可施。此时穆德发现了憔悴不堪的玛丽塔，她告诉穆德，影子政府在她身上测试黑油疫苗。史卡莉和孤枪侠怀疑戴安娜的动机，穆德半信半疑，他到戴安娜房中查找，不巧碰上了癌人。癌人告诉他，影子政府之所以把妻子和孩子交给外星人做实验，是为了换取外星胚胎进行研究，他们所做的一切都是为了保证穆德这一代可以生存。穆德权衡再三，还是决定阻止影子政府。戴安娜回来后，穆德质问她，而戴安娜只是吻了他。史邦德背叛了父亲，把他们运送母亲的方法告诉了史卡莉。穆德和史卡莉赶去拦下了火车。癌人立即改用汽车将史邦德的母亲转移到他们和外星人交流的地方。此时，克里切克发现了死去的实验员和空空如也胚胎夹，大惊失色。另一边，大门再没有任何讯息的情况下打开，癌人见势不妙，跟戴安娜逃了，门外进来了大批叛军，将影子政府的人团团围住，一时间惨叫连连……事件结束了，史邦德终于承认X档案，他请求将X档案的管理权交还给穆德和史卡莉。他回到办公室，却看到了癌人，癌人受够了他的背叛，向他开枪……

一个教授在非洲西海岸发现了几块神奇的残片，能够自行飞起和旋转。他把残片拿来美国给桑德兹博士看，却不料招致死亡。穆德和史卡莉对残片进行调查，结果穆德一碰到残片的拓本就出现耳鸣的症状。他推测是系主任拜恩斯杀了他，并嫁祸给桑德兹，而桑德兹跑到新墨西哥避难了。穆德在跟踪拜恩斯的过程中昏倒在地，路过的克里切克把他带到了房里，安排戴安娜照顾并监视他，正巧史卡莉此时打电话过来，告诉他残片上的文字被翻译出来了，是圣经中的“创世纪”，穆德认为这证明了人类起源于外星人的观点是正确的。史卡莉跟着桑德兹也到了新墨西哥，正在这时斯基纳打电话给她说穆德的病情恶化了。史卡莉急忙赶回来，众人觑着几近癫狂状态的穆德束手无策，史卡莉指责斯基纳与戴安娜撒谎，她自行去了非洲，亲眼看到了神秘的东西……

病榻上的穆德被癌人带走，癌人向他表明自己是他的父亲，把他带入另一种生活，一场梦境。在梦里穆德娶妻（戴安娜）生子，时光飞逝。梦境之外，克里斯高告诉史卡莉癌人他们要的是穆德对外星病毒的免疫能力，戴安娜则匿名给史卡莉寄了一本书，书中描绘了第六次大灭绝的场景。史卡莉向斯基纳寻求帮助，斯基纳被人威胁，无奈拒绝。正在史卡莉四处碰壁，一筹莫展之际，新墨西哥州的埃尔伯出现在她面前，提醒她在自己的心中寻找。戴安娜看着昏迷中的穆德很是担心，癌人则认为穆德会走过这英雄涅盘之路，他亲自进入穆德梦境照顾他。戴安娜看着穆德迟迟不醒万分焦急，想起了史卡莉，于是把秘密实验室的卡寄给了她。史卡莉赶到，将在梦境中行将就木的穆德唤醒。穆德醒来，恍若隔世……

FBI高层又在想方设法关闭X档案，穆德据理力争无果，忍不住教训了前来“威胁”他的探员。他们应麦尔斯警官之邀到奥瑞冈州调查飞碟失事的事件。另一边，行将就木的癌人将克里切克从狱中救出，让他赶在穆德一行之前找到飞碟。一天夜里，史卡莉找穆德告诉他自己身体不适，穆德将她揽入怀中，劝她不要再跟自己趟这趟浑水。次日，该地区又有一个年轻妈妈被劫持，麦尔斯听了目击者的证词，怀疑上了自己的父亲，然而面对父亲他却下不了手。穆德史卡莉来迟了一步，麦尔斯已经被劫持走了……斯基纳把克里切克带到穆德面前，差点使穆德情绪失控，克里切克把癌人的计划和盘托出，于是穆德安顿好史卡莉，跟着斯基纳出发找飞碟。史卡莉翻阅文件，发现被劫持的人都有过脑电波异常的状况，意识到曾出现相似症状的穆德才有危险，顿时昏了过去。与此同时，斯基纳眼睁睁看着穆德消失在能量场中，而克里切克则从楼梯上把癌人推了下去。斯基纳返回总部，带回了穆德失踪的消息，史卡莉悲痛万分，同时惊奇的发现，自己竟然有了身孕……

穆德被安葬，克许局长认为一切已尘埃落定，他告诉道吉特准备将其调离X档案。然而此时，另一名被绑架者比利在海上获救，医生检查时惊奇地发现，生理上来说此人已经死亡，但事实是他还活着。斯基纳由此受到启发，推断穆德也还活着，带着完全不信的道吉特掘墓。他的一意孤行收到了效果，穆德果然是在同样的状况下存活。史卡莉闻讯赶到，抱着穆德还在呼吸的身体难忍泪水。克里切克找到了斯基纳，他手中握有治愈穆德的疫苗，交换条件是不让史卡莉产下孩子。斯基纳难以做出抉择，道吉特则冲出去追上克里切克，然而他没能阻止克里切克将疫苗破坏。与此同时，比利蜕去被破坏的表皮，难以置信的完整重生，史卡莉受到鼓舞，全力救治穆德。终于，穆德睁开了双眼……

史卡莉预产期要到了，她的母亲为她找了一个保姆莉兹，让史卡莉享受一下被人伺候的生活。本季15集中遭绑架后满血复活的比利再次出现，血腥残忍且力大无穷，他的目标是用外星胚胎做实验的医生。穆德和道吉特与他短兵相接，然而道吉特的手枪完全奈何不了他，穆德则被打得鼻青脸肿。史卡莉在家里抓到莉兹偷偷给自己的药掉包，原来莉兹也是该实验的成员，她辩称自己是在保护史卡莉，因为史卡莉腹中的婴儿是一个没有任何人类弱点的完美婴孩。穆德想到比利也一定回去寻找史卡莉，立刻赶去史卡莉家中抢先一步把她带走。但穆德的车被别在两车中间，动弹不得，看着比利步步逼近，两人心中阵阵绝望……

比利虽被压成肉饼，但他随后又原地复活了。穆德知道了此消息，与斯基纳、道吉特逼问克里切克，后者却只是一直打哈哈。道吉特的“朋友”找到了他，“朋友”说一切都是军方的阴谋，和外星人无关。穆德却认为那个“朋友”十分可疑，遂与道吉特一起调查他。史卡莉和莫妮卡到了极偏僻的一个小镇待产，遇到了一名当地警察。比利突然出现，袭击莫妮卡，被警察用猎枪击倒在地。穆德和道吉特发现克里切克与“朋友”混在一起，不久“朋友”进入FBI大楼，道吉特跟上，发现了更多的卧底。留下看着克里切克的穆德却反遭算计，幸好斯基纳及时赶到，克里切克试图蛊惑斯基纳，后者让他永远地闭上了嘴。史卡莉临产，警察与莫妮卡忙前忙后，莫妮卡却突然发现警察的脖子上也有外星芯片的印记，出其不意将其制服，然而随后大批外星人纷至沓来，令她目瞪口呆……

失踪已久的Mulder终于又出现了！这次他混进了一个绝密的兵工厂，试图破坏影子政府的计划，不料超级战士诺尔再次出现，与Mulder展开殊死搏斗！Mulder宝刀未老借势将诺尔摔倒在高压电线……也因此，Mulder落下了谋杀军队要员的罪名…… Skinner挺身而出作为Mulder的辩护人，X档案的灵魂人物开始作为证人一个一个出场；基本上，本集是把X档案的主线捋了一遍，很多之前模棱两可的事情本集都作了肯定的回答。