Scully viene ricoverata in ospedale dopo un attacco causato da una visione del futuro che coinvolge William, il figlio avuto qualche anno prima insieme a Mulder. Mulder si propone di investigare, incrociando inavvertitamente percorsi con ex membri del Consorzio, il signor Y e Erika Price, la cui missione è colonizzare l'universo. Walter Skinner viene avvicinato da Monica Reyes e dall'uomo che fuma, che gli offre protezione contro il virus alieno in suo possesso, ma Skinner sembra interessato solo ad aiutare Mulder e Scully. L'uomo che fuma rivela di aver generato William abbinando il suo DNA a quello alieno, e ingravidando Scully.

Due ragazzine si feriscono a morte credendo di combattere contro un mostro; interrogate da Mulder e Scully raccontano di essere arrivate a quel punto, dopo aver fatto uno strano sogno: lo stesso che sta facendo ricorrentemente Dana. Le 2 ragazze non hanno niente in comune, se non il fidanzato, Jackson Van de Kamp. Arrivati a casa del ragazzo per interrogarlo, Dana e Fox, lo trovano suicida dopo che, sembrerebbe, aver sparato ai genitori. Dana teme che il ragazzo sia la fonte dello strano sogno e, dopo aver eseguito il test del DNA, scopre che si tratta di William, il figlio che aveva dato in adozione 15 anni prima. Andando a dargli l'estremo saluto, scopre che il corpo è sparito. In realtà il ragazzo è capace di proiettare visioni che distolgono la realtà. Questo è braccato da degli agenti della National security (si scopre che questi agenti hanno ucciso i genitori del ragazzo, mentre questo si è finto morto). Il ragazzo riesce a fuggire, rimettendosi in contatto telepatico con la madre, che quindi, deve continuare a cercarlo.

L'episodio si apre ripercorrendo la storia di Jackson Van De Kamp aka William, il figlio di Scully, nato da un esperimento portato avanti dall'uomo che fuma: questo, oltre a tutta una serie di super poteri, possiede la capacità di salvare l'umanità dalla pandemia aliena, di cui Scully ha avuto avvisaglie in sogno. Kersh intima a Skinner di radiare Mulder e Scully, a causa di alcune dichiarazioni rilasciate a Tad O'Malley circa l'epidemia. I 2, in realtà, sono alla ricerca del figlio: sviato da Monica, Mulder arriva ad una base militare in cui è tenuta una navicella aliena. A capo della base vi è Mr. Y, che viene ucciso da Mulder. Rintracciato nuovamente William, Mulder assiste anche all'esplosione dei corpi di Erika Price e dei suoi uomini da parte di William. Skinner e Scully raggiungono Mulder in una fabbrica dove sta inseguendo William che, per non essere raggiunto, si trasforma in Mulder. Skinner uccide Reyes, ma è investito dall'Uomo che fuma rimanendo, apparentemente, anche lui ucciso. L'Uomo che fuma spara a Mulder (William in realtà) che cade in acqua, ma il vero Mulder sopraggiunge e spara a l'Uomo che fuma, uccidendolo. Distrutto per il fatto di aver perso suo figlio, Scully dichiara a Mulder di essere nuovamente incinta, questa volta veramente di Mulder. Nella scena finale si vede William che riappare vivo dalle acque.