דיוויד דוכובני וג'יליאן אנדרסון חוזרים לתפקידם האייקוני כסוכני האף-בי-איי פוקס מאלדר ודיינה סקאלי ויוצאים לחפש אחר ויליאם, בנם המיוחד שנמסר לאימוץ. אך נדמה כי הם אינם היחידים.

שתי נערות טוענות שתקפה אותן מפלצת. מאלדר וסקאלי מגיעים לבדוק את המקרה ומגלים כי החקירה שלהם עלולה להוביל חזרה אל הבן האבוד שלהם, ויליאם.

בפרק האחרון לעונה, סקאלי ומאלדר ממהרים למצוא את ויליאם שנמצא במנוסה, בעוד איש הסיגריות ממשיך קדימה עם התוכנית האולטימטיבית שלו.