Veertien jaar later krijgt Mulder telefoon van Scully om een zaak te onderzoeken van een vrouw die beweert destijds bij elke zwangerschap te zijn ontvoerd door buitenaardse wezens en waarbij haar embryo's werden afgenomen. De zaak kwam aan het licht via Tad O'Malley, die een eigen internetvideokanaal heeft. Hij brengt Mulder ook bij een vliegtuig dat zichzelf onzichtbaar kan maken en buitenaardse technologie bevat. Mulder begrijpt eindelijk dat alle ontvoeringen niet door buitenaardsen werd gedaan, maar door deze groep van mensen. Wanneer alles openbaar dreigt gemaakt te worden, verdwijnen de vrouw en Tad. Het vliegtuig wordt vernietigd door het leger. De "Cigarette Smoking Man" ontvangt een telefoontje met melding dat "The X-files" zijn heropend.

Op enkele uren tijd heeft zowat de complete bevolking griepachtige symptonen en neemt het aantal overlijdens daardoor spectaculair toe. Mulder is spoorloos, maar agent Miller kan hem tot bij de "Cigarette Smoking Man" traceren. Scully krijgt bericht van Monica Reyes. Zij verzorgt de Cigarette Smoking Man. Volgens haar heeft hij een chemtrail verspreidt die het imuunsysteem van mensen uitschakelt. Slechts enkelen zullen overleven, waaronder de Cigarette Smoking Man, Monica en Scully. Reden is dat hun DNA (Desoxyribonucleïnezuur) ooit gemodifieerd werd met buitenaards DNA dat resistent is tegen de chemtrail. Scully ontwikkelt met behulp van haar DNA een medicijn en wil dit toedienen aan de ondertussen ziek geworden Mulder, die dankzij Miller uit het huis van de Cigarette Smoking Man werd meegenomen. Scully vreest dat er te weinig van het medicijn is om Mulder te redden en dat ze stamcellen nodig hebben. De enige persoon die deze stamcellen kan leveren, is hun zoon William waarvan niet geweten is waar deze zich bevindt. Dan verschijnt er boven hen een UFO (Unidentified flying object) die een blauwe straal op Scully richt. De aftiteling start daarop.