Fox Mulder e Dana Scully verranno rintracciati da Tad O’Malley, un teorico convinto di aver scoperto una significativa cospirazione governativa, il quale, richiesto aiuto ai due ex agenti dell’FBI, li metterà in contatto con Sveta. La donna, che è convinta di essere stata rapita dagli alieni, rivela a Mulder e Scully scioccanti informazioni che porteranno l’ex agente Mulder a doversi richiedere su tutto ciò che ha sempre creduto riguardo l’esistenza degli alieni e il ruolo che il governo ha nella loro copertura.

The season concludes with people all across the country falling gravely ill. A widespread panic develops and Scully looks within to find a cure. Meanwhile, Mulder confronts the man he believes to be behind it all, but another figure from Mulder and Scully's past may prove to be the key to their salvation.