Bývalý agent FBI Fox Mulder vypráví o podivných případech, kterými se kdysi zabýval. Zmizení své sestry přikládá mimozemskému únosu. Tato posedlost ho přivedla do FBI do oddělení Akta X, kde se zabýval řešením paranormálních jevů. Jeho kolegyní byla lékařka Dana Scullyová. V roce 2002 bylo oddělení Akta X zrušeno. Vracíme se do roku 1947 do Nového Mexika, kdy je mladý lékař svědkem zastřelení mimozemšťana jen kousek od mimozemské vesmírné lodi. Rok 2016. Čtrnáct let poté, co byla Akta X zrušena, je bývalá agentka Dana Scullyová kontaktována zástupcem ředitele FBI Walterem Skinnerem. Ten ji a Muldera požádá o setkání s moderátorem zpravodajství Tadem O’Malleyem. Všichni tři se sejdou ve Washingtonu D. C., Tad O’Malley věří v UFO a chce odhalit spiknutí mimozemšťanů a lidí. S polečně jedou za dívkou Svetou, které byla do těla několikrát implantována mimozemská DNA a pak jí byl vždy plod odebrán. Dívka umí číst myšlenky a tvrdí, že ji unášeli lidé. O’Malley ukáže Mulderovi repliku mimozemského stroje – letadlo na volnou energii. Mulder se setká s lékařem, který byl svědkem zastřelení mimozemšťana. Mulder je přesvědčený, že byl celé ty roky podváděn. To lidé tvoří mimozemskou rasu, aby pak mohli vyhubit lidstvo a převzít vládu nad celým světem. Ví, že se nejedná o mimozemské spiknutí, ale o spiknutí lidí. O’Malley je přesvědčen říct o této teorii v dalším zpravodajství. Další den však Sveta v televizi vše zapře a vydá se na útěk. Když ujíždí v autě, najde ji vesmírná loď a auto nechá vybuchnout. Tad O’Malley ukončí své zpravodajství a zmizí. Dana Scullyová udělá krevní testy Svetě i sobě – a obě dvě v sobě mají mimozemskou DNA. Dana chce proti tomu začít bojovat. Skinner si k sobě nechá Muldera a Scullyovou zavolat a sdělí jim, že složka Akta X se znovu otevírá.

Agent Mulder je nezvěstný. A imunitní systém většiny lidí zničil zvláštní virus. Scullyová se snaží najít protilátku a agent Miller pátrá po Mulderovi.