Mulder离开了Scully和William，无影无踪。Scully发现William可以隔空移物！几个环保部门官员相继离奇死亡，他们的死都与一个神秘女人有关，这个女人神出鬼没刀抢不入还能在水下呼吸，并且跟踪着Scully；这个女人是谁？William身上发生了什么事？好戏才刚刚开始~！

承接上一集，神秘女人身份曝光！她的名字叫Shannon,是狗探在海军陆战队时候的战友，被改造成了超级战士，那几个环保部门的人是她杀的，但她声称那是因为要阻止超级战士的最新一步计划：通过饮用水将可以改变基因的物质传送到每一个家庭，从而制造超级战士！与此同时，在公海上进行着超级战士研发工作的试验船接到通知要马上终止一切研究，并毁灭证据！而Monica又发现Shannon的真实身份：受雇于司法部，专门完成血腥任务，她认为Shannon对他们撒了谎，但试验船倒是可能揭开William身世之谜的一个关键！三人过关斩将，从入试验船，就在即将找到真相的一刻……船爆炸了，三人幸运的得以逃脱，但真相又一次对他们关上了大门……

Scully被一对夫妇找到，他们声称自己的孩子和William有同样的能力，并且掌握了有关超级士兵计划的信息；然而，他们只会和Mulder交谈，相信他是唯一一个能够建立联系和揭露真相的人。Scully被迫陷入尴尬的境地，她不得不决定是否应该让Mulder的生命处于更危险的境地，尽管她非常想见穆德。

有人不远千里加害威廉，幸亏超级老妈Scully护驾，一枪将此人击毙，此人在生死边缘也不愿意透露沙威廉的原因。此地不宜久留，Scully选择了最信任的孤抢侠把威廉带到安全的地方，可正在这时，一个女人跟上了他们，而她的目标就是威廉！孤抢侠失算，威廉还是被女人虏走了，狗探还被她开车撞晕……究竟是凶多吉少还是吉人天相？！

承接上一集，小威廉被一女人虏走后，FBI动用了所有可能的人力去找，但Scully不再相信FBI了，她决心自己把儿子找回来，她让孤抢侠做了假口供，绕开FBI,一段惊险的寻儿之路开始了！虏走威廉的是一群UFO组织成员，他们迷恋飞碟，同时也是虔诚的宗教徒，他们相信威廉就是上帝的使者,当Scully向他们要儿子的时候，他们开出的交换条件居然是“Mulder的首级”！Scully究竟该如何是好？

一个神秘的男人熟练的进入X档案办公室，并拿走了一些档案；狗探宝刀未老将此人抓获，经DNA测试，此人极有可能是Mulder！Scully怎么能轻易的面对这个人？！他浑身严重烧伤，面部被严重毁容，并且拒绝回答自己的身份。为了不让此人被更多人知道，Scully让他住到了自己家中，而某一个晚上，男人拿着一根针管一步步走向威廉……

失踪已久的Mulder终于又出现了！这次他混进了一个绝密的兵工厂，试图破坏影子政府的计划，不料超级战士诺尔再次出现，与Mulder展开殊死搏斗！Mulder宝刀未老借势将诺尔摔倒在高压电线……也因此，Mulder落下了谋杀军队要员的罪名…… Skinner挺身而出作为Mulder的辩护人，X档案的灵魂人物开始作为证人一个一个出场；基本上，本集是把X档案的主线捋了一遍，很多之前模棱两可的事情本集都作了肯定的回答。

军事法庭还是判了Mulder死刑，以打毒针方式执行……在这千钧一发的时候克许良心发现，和Skinner众人合力将Mulder救出监狱并叫他和Scully往加拿大方向逃，千万不要回头!Mulder并没有往北走，他走了反方向，去了一个印第安部落遗址，他要找一位先知，然后从他口中得出阴谋中的阴谋究竟是什么，一个他和Scully为此出生入死9年所调查的阴谋！