L'attività cerebrale di Mulder sta subendo un'accelerazione inspiegabile ed i medici sono impotenti. Lo studio di Scully sullo scafo dell'UFO fa emergere una verità: si tratta di una mappa genetica. Skinner contatta Michael Kritschgau, il quale inietta a Mulder una sostanza.

Scully aggredisce verbalmente Skinner e costui dichiara di essersi compromesso. Il Fumatore rapisce Mulder, con l'aiuto di Fowley. Kritschgau è convinto che la malattia di Fox sia il risultato della precedente esposizione al virus del cancro nero. Krycek aggredisce Skinner.

Mulder e Scully indagano sulla scomparsa di una bambina. La madre ha vergato su un foglio una strana richiesta che termina con un riferimento a Babbo Natale. Mulder decide di occuparsi del caso, poiché gli ricorda quello della sorella.

Mulder e Scully vengono avvicinati da un sensitivo che afferma di essere sicuro che Samantha e Amber siano vive. I due agenti scoprono che Samantha fu rapita dal Fumatore che la tenne prigioniera in una base militare. Alla fine Fox ha una visione inerente alcuni bambini, tra cui la sorella morta.

Dopo che un bambino di 11 anni è miracolosamente guarito dal cancro, Scully viene contattata dal Fumatore che la convince a seguirlo in un viaggio alla fine del quale l'uomo entrerà in possesso di una cura per tutte le malattie umane.

Mulder e Scully tornano a Bellefleur, che fu teatro della loro prima indagine, dove si stanno verificando nuove e misteriose sparizioni. Billy Miles è convinto che tutto sia collegato agli eventi di 7 anni prima. Krycek e Covarrubias uccidono il Fumatore, mentre Mulder viene rapito da un'astronave.