Bir Kızılderili mistik, Mulder'ı iyileştirmeye çalışırken, Scully uzaylı deneyleri hakkındaki gizli dosyaları takip eder ve farkında olmadan bir katilin hedefi olur.

Hükûmetin uzaylı-insan melezi yaratma planını ortaya çıkarmaya çalışırken, Mulder kız kardeşinin kaçırılması hakkında şaşırtıcı yeni bilgiler toplar.

Uzaylı otopsisi olduğu iddia edilen bir video kasetini incelerken, ajanlar hükûmetin dünya dışı kuruluşlarla temasının somut bir kanıtı gibi görünen şeyleri ortaya çıkarır.

Mulder kendini bir hükümet suikastçısı, bir saatli bomba ve ölümcül bir virüsle hızlanan bir trende mahsur kalmış bulur.

Ajanlar eski düşmanları Alex Krycek ile yüzleşirken, batık bir İkinci Dünya Savaşı enkazından kurtulan radyoaktif bir varlık peşinde koşarlar.

Mulder Krycek’in bedenindeki şekilsiz yabancı varlığı takip ederken, Scully kız kardeşinin cinayeti hakkında yeni ayrıntılar öğrenir.

Bir dizi küçük kasaba cinayetini araştırırken, Mulder ve Scully televizyon sinyalleri aracılığıyla zihin kontrolünü içeren bir komployu ortaya çıkarırlar.

Mucizevi şifa gücüne sahip doğaüstü bir varlık, ajanlara sadece “proje” olarak bilinen gizemli bir uzaylı komplosuna ipucu verir.