ในขณะที่สกัลลี่กำลังสุ่มเสี่ยงจะโดนปลดจากเอฟบีไอ การตามหาตัวเจ้าหน้าที่มัลเดอร์ที่หายตัวไปก็เริ่มต้นขึ้น

ในขณะที่ทีมจู่โจมของรัฐบาลกำลังใกล้เข้ามาถึงตัวเจ้าหน้าที่ทั้งสอง มัลเดอร์ก็ออกค้นหาเบาะแสความเชื่อมโยงระหว่างพ่อของเขากับโครงการลับ

วิดีโอชันสูตรศพมนุษย์ต่างดาวและการฆาตกรรมทูตชาวญี่ปุ่นเป็นแรงผลักดันให้มัลเดอร์ตามหาสัตว์ประหลาดตัวหนึ่งบนรถไฟ ส่วนสกัลลี่ได้เจอกับคนกลุ่มหนึ่งที่เปิดเผยข้อมูลเกี่ยวกับการหายตัวไปของเธอ

เมื่อมัลเดอร์ติดอยู่บนรถไฟที่มีระเบิดติดตั้งอยู่ สกัลลี่จึงออกค้นหาความจริงว่ารัฐบาลเกี่ยวข้องกับการทดลองลับอย่างไร

ทีมเจ้าหน้าที่สืบสวนเรื่องน่าฉงนเกี่ยวกับเครื่องบินสมัยสงครามโลกครั้งที่สองลำหนึ่งที่จมลงใต้ทะเล

มัลเดอร์ค้นพบเบาะแสเพิ่มเติมเกี่ยวกับการที่รัฐบาลปกปิดข้อมูลเรื่องมนุษย์ต่างดาวและเครื่องบินสมัยสงครามโลกครั้งที่สองซึ่งจมอยู่ใต้ทะเล สกัลลี่ตามล่าผู้ชายที่ฆ่าพี่สาวของเธอ

ทีมเจ้าหน้าที่สืบสวนการฆาตกรรมหลายคดีที่เกี่ยวข้องกับอุปกรณ์ปรับแต่งสัญญาณโทรทัศน์

เมื่อแม่ของมัลเดอร์ล้มป่วยจากโรคหลอดเลือดสมอง เขาจึงออกตามหามนุษย์ต่างดาวที่มีพลังการเยียวยาราวกับปาฏิหาริย์