En hätsk jakt efter Agent Mulder inleds och regeringen arbetar snabbt för att återfå de försvunna datafilerna. Scully finner sig obeslutsam inför nästa steg i sökandet efter Mulder då hon verkar vara den enda som tror att Mulder fortfarande lever och hon söker stöd hos sin familj, medan Mulder kämpar för sin egen överlevnad.

Mulder återvänder till Skinner trots att han förföljs av tvivelaktiga personer och inte borde visa sig på platser de kan tänkas förvänta att han dyker upp på. Agenterna söker efter svar gällande ett gammalt fotografi föreställande Mulders far och en grupp av andra okända män. Deras sökande leder dem till en övergiven byggnad där en obehaglig sanning väntar.

En videokassett från ett postorderföretag som visar en obduktion av en alien eskalerar till en mycket mer komplicerad utredning när distributören av videon mördas av en Japansk diplomat. Mulders sökande leder honom till ett UFO som störtat, och piloten fortfarande ryktas leva. Under tiden undersöker Scully ett nätverk med kvinnor som likt Scully blivit bortförda vilka påstår att de känner henne.

Mulder är fast i en tågvagn tillsammans med en tickande bomb, en mördare som påstår att han är NSA-agent och någonstans i folkmassan finns en utomjordisk fånge gömd. Scully leds till en smittskyddsforskaranläggning i Perkey, West Virginia, som hon har hört har använt sig av vanliga personer som testobjekt.

Ett franskt fartyg på bärgningsuppdrag efter ett vrak från andra världskriget angör hamnen i USA, men hela dess besättning lider av egendomliga och svåra strålningsskador - alla utom en man. Gamla hemligheter kommer upp till ytan allteftersom Mulder söker efter sanningen till mystiken… och dess utomjordiska ursprung.

Sökandet efter ett sedan länge försvunnet digitalt band blir kortlivat sedan Mulder lyckas spåra en skuggspelande statstjänsteman. Under tiden som Scully ser efter en hospitaliserad Skinner, får Mulder vetskap om vad agent Krycek har haft i görningen. and de försöker spåra upp ett bärgat UFO innan det är för sent.

En man som har dödat fem personer påstår att alla hans offer var samma krigsförbrytare som han sett på TV. Utredningen som företas av Mulder och Scully visar att den är något ovanligt med tv-signalerna i området, och Mulder måste upptäcka sanningen innan Scully blir nästa mördare.

När offren från en skottlossning på en snabbmatsrestaurang mirakulöst återuppstår, och helbrägdagöraren försvinner utan ett spår kallas FBI-agenterna Mulder och Scully dit. Samtidigt som det sker blir Mulders mamma dålig och en gammal källa konfronterar honom med foton som angår ett för länge sedan förtryckt minne.