Наемные убийцы Синдиката преследуют Скалли с целью забрать у нее кассету с секретными файлами. В это время старый индеец-навахо возвращает жизнь спасенному им Малдеру с помощью индейского ритуала "Благословенный путь".

Расшифрованные данные с кассеты выводят Малдера и Скалли на след засекреченной операции "Скрепка", в ходе которой в США после Второй мировой войны были вывезены нацистские врачи-убийцы, проводившие бесчеловечные научные эксперименты над людьми. Агентам ФБР предстоит узнать ужасные цели, которую преследовало американское правительство, задумав эту операцию.

В руки к Малдеру попадает видеозапись, на которой запечатлено вскрытие инопланетянина неизвестными людьми в белых халатах. Малдер и Скалли выясняют, что эти люди - японские ученые, которые во время Второй мировой войны ставили эксперименты на военнопленных. Помимо агентов ФБР за японцами охотятся люди из Синдиката.

Агент Малдер преследует японского ученого из специального отряда 731, сопровождающего засекреченный груз в пломбированном вагоне. В это время Скалли открывает ужасную правду об опытах над людьми, которые ставили японцы в заброшенном лепрозории в Западной Виргинии.

В порт Сан-Диего приходит французское поисковое судно "Пайпер Мару", экипаж которого жестоко пострадал от невиданной лучевой болезни, после находки старого военного истребителя на дне Тихого океана. В поисках того, что стало причиной облучения моряков, Малдер летит в Гонконг, в то время, как Скалли ищет ответы у старого знакомого своего отца.

Малдер сопровождает арестованного им в Гонконге Алекса Крайчека обратно в США, не подозревая, что за зараженным "черным маслом" Крайчеком охотятся убийцы Синдиката. В то же время Скалли пытается найти того, кто стрелял в заместителя директора ФБР Уолтера Скиннера.

В городке Брэддок Хайтс, штат Мэриленд, происходит ряд убийств, совершенных обычными людьми в остром приступе паранойи, сопровождающимся иллюзорными изображениями реальности. Агент Малдер выясняет, что сознание людей контролируется с помощью какого-то прибора, устанавливаемого в сети кабельного телевидения.

После перестрелки в кафе города Арлингтон, штат Виргиния, человек по имени Джереми Смит одним прикосновением руки исцеляет смертельно раненых людей, после чего исчезает с места происшествия. Агент Малдер, чья мать пострадала от инсульта, ведет поиски Смита. Однако, охоту за таинственным чудотворцем ведут также люди Курильщика и Инопланетный Охотник.