Enquanto a agente Scully enfrenta uma possível demissão por parte do FBI, prepara-se uma caçada para encontrar o agente Mulder, que está desaparecido. Scully, a pesar de tudo, tenta descobrir sua localização, convencida de que ainda está vivo.

Mulder retorna enquanto a caçada ainda está em andamento. Guiados por uma velha fotografia de seu pai e um grupo de científicos, os agentes descobrem mais do que podem imaginar em um antigo depósito de West Virginia. A verdade pode ser mortal.

Mulder compra um vídeo de uma 'autopsia alienígena' e apreende um diplomático japonês que possui documentos sobre vagões utilizados como laboratórios rodantes. Scully conhece várias mulheres que revelam informação sobre seu desaparecimento.

Mulder fica preso a bordo de um trem equipado com um dispositivo explosivo após encontrar o vagão que contém o equipamento científico. Scully procura a verdade por trás da relação entre o governo e experimentos secretos.

Os agentes investigam o caso da tripulação de uma nave francesa, em que todos os homens, exceto um, sofrem queimaduras por radiação. Mulder está interessado porque a nave funcionava no que ele acredita ser o local do acidente de um OVNI.

Enquanto o subdiretor Skinner está no hospital, Mulder descobre mais pistas sobre os segredos do governo envolvendo uma entidade alienígena e uma aeronave afundada da segunda guerra mundial. Scully persegue o homem que assassinou sua irmã.

Os agentes investigam uma série de assassinatos relacionados com um dispositivo que pode alterar sinais de televisão e infundir paranoia no receptor. Isto é confirmado quando Scully encontra Mulder fazendo piadas e rindo com o Canceroso.

Os agentes investigam um tiroteio em um restaurante de comidas rápidas envolvendo um homem que pode curar com suas mãos e também mudar sua aparência a qualquer momento. Enquanto investiga, Mulder descobre que sua mãe teve um infarte.