Kontynuacja ostatniego odcinka drugiej serii. Albert Hosteen przetłumaczył zapis z taśmy lecz wojsko, z nakazu Palacza odbiera Scully papiery. Okazuje się, że Mulder przeżył atak i leczy się u Indian. Scully zostaje zawieszona w wykonywaniu czynności. Przypadkowo odkrywa, że ma pod skórą wszczepiony implant. Tajemniczy mężczyzna ostrzega Scully przed planowanym zamachem na jej życie. Mulder odwiedza swoją matkę, pyta ją o przeszłość ojca i tajemnicze zdjęcie, na którym widnieje m.in. pierwszy informator Muldera. Krycek przez pomyłkę strzela do Melissy, siostry Scully. Dana podejrzewa, że to Skinner ma ją zabić, ale on twierdzi, że ma dla niej kasetę z danymi.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Mulder i Scully, wspólnie z Samotnymi Strzelcami, rozwiązują zagadkę kasety. Trafiają do rządowych archiwów, gdzie są przetrzymywane informacje nt. wielu ludzi, w tym agentów FBI. Skinner mówi Palaczowi, że ma zapis z kasety. Albert Hosteen i 20 członków jego plemienia nauczyło się go na pamięć. Melissa Scully umiera w szpitalu.

W Knoxville, grupa japońskich naukowców zostaje zabita w trakcie sekcji Obcego. Wkrótce potem, Mulder trafia do tajnego laboratorium, gdzie Amerykanie i Japończycy badają wrak UFO. Mulder widzi również, jak do pociągu ładują żywą, zamaskowaną istotę. Postanawia on dostać się do tego pociągu.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. W Zachodniej Wirginii dochodzi do masowego mordu na trędowatych. Mulder, który wskoczył do pociągu, znalazł tam japońskiego lekarza, uczestniczącego w zabiegach na Scully. Okazuje się, że w pociągu jest bomba.

Francuscy nurkowie odnajdują wrak samolotu z drugiej wojny światowej. Jeden z nich odkrywa, że w kadłubie samolotu nadal znajduje się żywy pilot, w jego oczach znajduje się dziwna czarna substancja, określana jako „Czarny Rak”. Po wyciągnięciu nurka na powierzchnię, teraz w jego oczach pojawiła się ta sama substancja. Wszyscy, prócz niego, zapadli na chorobę popromienną. Scully spotyka się ze starym przyjacielem ojca, który miał podobne przeżycia, podczas misji wykonywanej w trakcie drugiej wojny światowej. Francuski nurek wraca do swojego domu, i zaraża swoją partnerkę. Teraz to ona staje się nosicielem nieznanej substancji. Mulder prowadząc śledztwo wyrusza do Hongkongu, a jego tropem podąża zainfekowana kobieta. W Hongkongu Mulder spotyka Kryceka. Skinner zostaje ostrzeżony, aby dla swojego dobra porzucił sprawę morderstwa siostry Scully. Niedługo potem Skinner zostaje postrzelony. Mulderowi udaje się złapać Kryceka.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Mulder i Krycek wracają do Waszyngtonu po kasety z rządowymi dokumentami. Scully odwiedza rannego Skinnera w szpitalu. Okazuje się, że zamachowcem jest ten sam człowiek, który uczestniczył w zabiciu jej siostry. Mulder spotyka się z członkiem Syndykatu. Wychodzi na jaw, że oni także szukają Kryceka. Mulder dowiaduje się, że w czasie drugiej wojny światowej, zostało zestrzelone UFO, którego wrak leżał na dnie morza, przez dziesięciolecia. Palacz bez zgody Syndykatu, przenosi wrak UFO w inne miejsce. Krycek kontaktuje się z Palaczem, oddaje mu kasetę z danymi, w zamian otrzymuje informacje o lokalizacji statku. Mulder i Scully udają się do opuszczonej bazy wojskowej. Palacz przeszkadza agentom w złapaniu Kryceka. Czarny Rak manipulując ciałem Kryceka, wykorzystał go, aby powrócić do swojego statku.

W Maryland dochodzi do serii tajemniczych zabójstw. Okazuje się, że jeden z ich sprawców, we wszystkich swoich ofiarach, widział twarz bośniackiego zbrodniarza wojennego. Wszystko wskazuje na to, że te przywidzenia, to efekt oglądania telewizji.

Pewien mężczyzna w barze mówi przypadkowym gościom o swoich niepowodzeniach. Nagle, w akcie rozpaczy, zaczyna do nich strzelać. Świadek tego zdarzenia, Jeremiah Smith, cudownie uzdrawia postrzelonych. Tymczasem Palacz spotyka się z matką Muldera. Wkrótce potem pani Mulder doznaje rozległego udaru.