알버트 호스틴은 멀더를 살리기 위해 치유세례를 볘풉니다.

멀더와 스컬리는 50년 이상 지속되어온 인간 목록화 작업의 음모를 알게 됩니다.

외계인 해부 비디오를 얻은 멀더는 사건을 수사하면서 정부의 음모를 파헤치게 됩니다.

문제의 실험이 있던 기차를 찾아나서는데, 멀더와 스컬리는 전혀 다른 결론에 도달합니다.

프랑스의 해난 구조선 '파이퍼 마루'가 2차 대전 당시에 빠진 미군기를 발견합니다. 그런데 그 배가 방사선에 오염되는 이상한 사건이 일어납니다.

멀더는 2차 대전중에 있던 비행기에 무엇이 있었는지 추론합니다.

평범한 시민들이 이유없이 살인을 저지르는 사건이 일어납니다.

한 총격 사건을 조사하던 멀더는 현장에 있던 사람이 정부의 음모에 개입한 사람이라는 것을 알게 됩니다.