Scully finds her career with the FBI in jeopardy as Mulder is still missing and the Cigarette Smoking Man is pursuing the stolen files. The Navajo elders find Mulder's body in a cave and perform an ancient ceremony to call the spirit back to the empty vessel.

A.D. Skinner and Scully are at a standoff when Mulder bursts in and discovers that Skinner has the digital tape. Reunited, Mulder and Scully travel to a secret vault inside a mine and find an elaborate filing system of medical records which reveals that Mulder's sister may not have been the first choice for abduction. Meanwhile, Skinner deals with the Cigarette-Smoking Man for their safety.

Fox e Dana indagano su un video che ritrae l'autopsia di un alieno. Ma l'autore del video è stato ucciso. Scully fa la conoscenza di un gruppo di donne, vittime di rapimenti alieni, che dichiarano di conoscerla. Mulder rintraccia un vagone ferroviario, lo stesso forse dell'autopsia.

Scully trova un centro dove Ishimori avrebbe condotto i suoi esperimenti, ma è già stata fatta pulizia: sono stati freddati degli strani individui deformi. Ishimori è inseguito da Mulder e da un killer, il quale rivela che nel vagone ferroviario c'è una bomba pronta ad esplodere.

Un mercantile francese localizza un relitto della Seconda Guerra Mondiale. All'interno del velivolo è intrappolato un uomo ancora vivo, vittima di una contaminazione ad opera di un misterioso olio nero. Mulder indaga fino a Hong Kong dove ritrova Krycek ed il misterioso nastro.

Mulder è convinto che nel relitto ci fosse un alieno capace di spostarsi da un corpo all'altro per mezzo dell'olio nero. Un uomo del Sindacato Ombra racconta ad un incredulo Mulder la storia di un UFO caduto durante la guerra. Ma il Fumatore impedisce agli agenti di trovare il velivolo.

Mulder indaga sul caso di un uomo che ha ucciso per ben 5 volte credendo di trovarsi di fronte sempre la stessa persona. Scully pensa ad una eccessiva esposizione televisiva, mentre Mulder segue la pista della manomissione dei cavi dell'energia elettrica.

Alcuni testimoni di uno scontro a fuoco affermano di aver assistito alla guarigione miracolosa di alcuni feriti per mano di un individuo. La madre di Mulder ha un malore dopo un violento alterco col Fumatore. Il guaritore di nome Jeremiah Smith è inseguito dal cacciatore di taglie alieno.