Scully se suočava s opasnošću za svoju karijeru u FBI-u, dok Mulder ostaje nestao, a Pušač pokušava pronaći ukradene dosjee. U međuvremenu, starješine Navajo plemena pronalaze Mulderovo tijelo i izvode drevni ritual kako bi mu vratili duh.

Mulder i Scully otkrivaju tajni arhiv medicinskih dosjea skriven u rudniku, koji otkriva da Mulderova sestra možda nije bila prva odabrana za otmicu. Skinner se suočava s Pušačem, pokušavajući osigurati njihovu sigurnost.

Istraga video snimke izvanzemaljske autopsije dovodi Muldera i Scully u središte zavjere, povezane s japanskim znanstvenicima iz Drugog svjetskog rata, koji su nastavili eksperimente u Americi.

Mulder je zarobljen u vagonu vlaka, u kojem se nalazi hibrid izvanzemaljca i čovjeka, dok Scully istražuje tajnu iza implantata u svom vratu.

Francuski brod izroni izvanzemaljsko biće, koje se pojavljuje kao crno ulje i može preuzeti tijela ljudi. Mulder odlazi u Hong Kong, gdje susreće Kryceka, koji prodaje tajne dokumente.

Mulder lovi Kryceka, nesvjestan da je preuzet od izvanzemaljskog bića, dok Scully istražuje ubojstvo svoje sestre.

Mulder i Scully istražuju seriju ubojstava, povezanih s uređajem koji mijenja televizijske signale, uzrokujući paranoidne halucinacije.

Mulder traži tajanstvenog čovjeka, koji posjeduje moć iscjeljenja, dok otkriva tajne svoje obitelji.