סקאלי מתעסקת בתיקים סודיים על ניסויים בחייזרים והופכת למטרה.

תוכנית להכלאה בין בני אדם לחייזרים חושפת מידע על אחותו של מאלדר.

סרט וידאו של "ניתוח שלאחר המוות של חייזר" ורצח של דיפלומט יפני מביאים את מולדר לחפש אחרי יצור משונה ברכבת.

כאשר מולדר נלכד על גבי רכבת ממולכדת במתקן נפץ, סקאלי מחפשת אחר האמת מאחורי מעורבות הממשלה בניסויים סודיים.

הסוכנים רודפים אחר ישות רדיואקטיבית ששוחררה מספינה טרופה ממלחמת העולם השנייה.

מאלדר רודף אחרי ישות חייזרית חסרת צורה שנמצאת בגוף של קריסק.

הסוכנים חושפים קנוניה שקשורה בשליטה מוחית באמצעות אותות טלוויזיה.

ישות עם יכולות ריפוי נותנת לסוכנים רמזים על "הפרויקט".