Mulder a disparu avec la disquette contenant les dossiers secrets du ministère de la Défense. Scully part à sa recherche et pense même à démissionner du FBI, lorsqu'elle découvre qu'on lui a implanté une puce électronique dans le cou. Mulder est en fait retrouvé dans le désert du Nouveau Mexique et secouru par un groupe d'Indiens Navajo qui pratiquent sur lui un long rituel de guérison et lui font reprendre conscience...

Mulder recherche l'assassin de son père avec Scully et Skinner, qui détient désormais la disquette tant recherchée. Ils rencontrent Victor Klemper, un ancien collègue de son père qui leur révèle l'existence de l'opération Presse Papier : les Etats-Unis protégeaient des criminels de guerre en échange de leurs connaissances scientifiques. Guidés vers une mine contenant des milliers de dossiers et d'échantillons, ils en apprennent un peu plus sur ce fameux projet secret...

Scully apprend que les implants collectent des informations et reproduisent artificiellement les processus mentaux. Elle découvre le Centre de Recherche sur les maladies, une ancienne léproserie, où sont fabriquées les puces. Pendant ce temps, à bord du train pour le Canada, Mulder tente de découvrir qui est derrière toutes ces expériences. Mais il doit affronter 'le rouquin' et se retrouve piégé dans un wagon. Sans code d'ouverture, il ne peut sortir sans faire exploser une bombe...

Tandis que Scully poursuit ses recherches sur l'implant métallique qu'elle portait en elle, Mulder se retrouve pris au piège dans le train censé contenir le cadavre d'un extra-terrestre. Le problème, c'est qu'il n'est pas tout seul : un assassin a été chargé d'éliminer le savant japonais qui a en charge le corps en question...

Un bateau de sauvetage français recherche la carcasse d'un avion de la Seconde Guerre mondiale tombé dans le Pacifique. Gauthier, un plongeur envoyé en éclaireur, y découvre le pilote encore vivant, une membrane noire lui recouvrant les yeux. Croyant être victime d'hallucinations, il remonte à la surface... Mulder part pour Hong Kong afin de retrouver le commanditaire des recherches de l'épave et y rencontre Alex Krycek...

Mulder poursuit Krycek pour récupérer la disquette contenant les dossiers secrets du ministère de la Défense, volée à Skinner. Lors de rencontres avec ses indicateurs, il commence à en apprendre plus sur la présence possible d'un extraterrestre au fond de l'océan, qui utiliserait le diesel pour passer d'un corps à un autre. Quant à Scully, elle est sur le point de découvrir l'assassin de sa sœur grâce au témoignage de Skinner...

Mulder est contacté par un nouvel informateur inconnu qui le met sur la piste de plusieurs meurtres dont les auteurs sont victimes d'hallucinations. Dans l'appartement de l'un d'entre eux, interné en hôpital psychiatrique, les agents trouvent des cassettes vidéo sur lesquelles les informations télévisées ont été enregistrées. Alors que Scully est elle-même victime d'hallucinations après les avoir visionnées, Mulder pense que des sortes de messages subliminaux pourraient être à l'origine des meurtres...

Dans un fast-food, un homme étrange guérit miraculeusement, par imposition des mains, les blessures des victimes. Lorsque la police arrive sur les lieux, il a disparu et aucun ne peut décrire l'incident de façon cohérente. Analysant plan sur plan la vidéo de la fusillade, Mulder et Scully voient l'homme étrange prendre l'apparence d'une autre personne. Mulder décide de le retrouver pour qu'il guérisse sa mère, hospitalisée dans un état critique, à la suite d'une altercation avec l'homme à la cigarette...