Mulder katoaa ja samalla huippusalaiset kansiot. Hengenvaarallinen ajojahti jatkuu.

Huippusalaisten tiedostojen ajojahti päättyy.

Salaperäisen olion ruumiinavausta esittelevä video ja sen myyjän sekä japanilaisdiplomaatin murha käynnistävät Mulderin ja Scullyn tutkimukset.

Johtolankojen seuraaminen vie Scullyn huippusalaiselle hallituksen leirille ja Mulderin tutunnäköistä vaunua kuljettavaan junaan.

Toisen maailmansodan aikaisen lentokoneen Tyynen valtameren syvyyksistä löytänyt ranskalaismiehistö kohtaa jotain täysin odottamatonta.

Mulder löytää uusia todisteita hallituksen peittely-yrityksistä, ja Scully jatkaa sisarensa murhaajan takaa-ajoa, samalla kun meren pohjasta noussut öljymäinen aine jatkaa siirtymistään uhrista toiseen.

Scully ja Mulder tutkivat tapauksia, joissa murhilla ja television katselulla tuntuu olevan suora yhteys.

Ampumavälikohtauksen jälkeen ihmetekoja suorittaneesta miehestä tulee Mulderin kiinnostuksen kohde myös perhesyistä.