Mulder vuelve a la vida tras ser rescatado por unos indios y gracias a un ritual navajo. Se aclara, en parte, la implicación del padre de Mulder en el experimento de genética extraterrestre, mientras que asesinan a la hermana de Scully por una importantísima cinta con información cifrada.

Mulder y Scully averiguan un complot, después de la II Guerra Mundial, de unos científicos -algunos nazis- para realizar un inmenso programa de control genético aprovechando una campaña de vacunación contra la viruela.

Mulder recibe unas imágenes en las que un equipo de médicos japoneses operan a un extraterrestre. Mientras él investiga si es cierto, Scully recupera algunos recuerdos del tiempo en el que fue abducida.

Scully recuerda que el vagón de tren pudo ser el lugar en el que la retuvieron durante su abducción... pero sospecha que, en realidad, todo forma parte de experimentos gubernamentales. Sin embargo, Mulder aparecerá con nuevas revelaciones...

El barco Piper Maru encuentra, durante una exploración en el Océano Atlántico, un avión hundido... con alguien vivo dentro. La cinta con datos secretos que perdieron Mulder y Scully parece ser la clave.

Mientras Mulder sigue buscando al alienígena localizado -y luego perdido- en el Piper Maru, Skinner sufre el ataque de un asesino -aunque sobrevivirá-.

De repente, varias personas se convierten en homicidas maniacos, con la única conexión de que eran teleadictos. Scully sospecha que precisamente ahí, en la televisión, está la causa de sus males.

Un misterioso individuo, llamado Jeremiah Smith, cura a los heridos de un tiroteo sólo con las manos. Al final, tendrá la solución para salvar la vida de Mulder, afectada por un ataque al corazón.