Scully, die immer noch unter dem Trauma ihrer Entführung steht, ist überzeugt, dass Mulder noch lebt. Tatsächlich wird der schwer verletzte FBI-Agent von Navajo-Indianern gefunden. Eine weniger erfreuliche Entdeckung muss Scully selbst machen: Sie will mit Hilfe eines Psychotherapeuten die durch die Entführung verursachten Blockaden wieder lösen. Dabei stellt sich jedoch heraus, dass ihr während ihrer Entführung ein winziger Chip in ihren Nacken implantiert wurde…

Wieder vereint, kommen Mulder und Scully einem von den USA gedeckten Naziwissenschaftler auf die Spur, der vor 50 Jahren zusammen mit Mulders Vater an einem streng geheimen Projekt gearbeitet hat. Bei der Durchsicht alter Geheimakten kommt Mulder ein furchtbarer Verdacht, der ein neues Licht auf das Verschwinden seiner Schwester werfen könnte. Er fürchtet, dass seine Schwester damals mit Zustimmung ihres eigenen Vaters von Außerirdischen entführt worden ist…

Mulder bestellt sich für ein paar Dollar das offensichtlich gefälschte Video der angeblichen Autopsie an einem Außerirdischen. Doch das Videoband erweist sich als äußerst brisantes Material, denn als Mulder den Hersteller des Videos aufsucht, findet er diesen tot auf. Am Tatort hält sich ein Verdächtiger auf, den er festnimmt. Es handelt sich um einen japanischen Diplomaten, der kurze Zeit darauf selbst umgebracht wird. Und nun ist Mulder der Hauptverdächtige…

Mulder dringt in einen Eisenbahnwagon ein, in dem angeblich Versuche an Außerirdischen vorgenommen werden. Scully, die inzwischen auf eigene Faust recherchiert hat, muss herausfinden, dass die Wahrheit wieder einmal viel furchtbarer ist als Mulders UFO-Fantasien. Nicht an Außerirdischen, sondern an Menschen wurden Versuche gemacht, und zwar an den Überlebenden einer ehemaligen Lepra-Kolonie. Scully bleibt kaum noch Zeit, um ihren Partner aus der rollenden Zeitbombe zu retten…

Nach der fehlgeschlagenen Bergung eines abgestürzten Jagdflugzeuges aus dem Zweiten Weltkrieg im Pazifik wird die gesamte Besatzung der „Piper Maru“ mit Strahlungsverbrennungen ins Krankenhaus eingeliefert – bis auf den unverletzten Taucher des Schiffes. Als Mulder ihn befragen will, findet er den Mann in seinem Appartement in einer seltsamen Öllache liegen – ohne jede Erinnerung. Mulder hat wieder einmal seine eigene Theorie über den Auftrag der Besatzung…

Mulder und Scully verstricken sich immer tiefer in die Affäre um das französische Bergungsschiff „Piper Maru“ und das mysteriöse Wrack auf dem Meeresgrund. Schon längst glaubt Mulder nicht mehr an den vermeintlichen Auftrag der Besatzung, ein abgestürztes Jagdflugzeug aus dem Zweiten Weltkrieg bergen zu sollen. Eine geheimnisvolle Organisation schreckt vor keinem Mittel zurück, um zu vertuschen, was da in Wahrheit vor fast 50 Jahren auf der Erde gestrandet ist…

Zwei scheinbar unmotivierte Morde führen Mulder und Scully in die amerikanische Provinz. Die selbst völlig fassungslosen Täter behaupten, in ihren Opfern ganz andere Personen gesehen zu haben. Mulder findet heraus, dass der Fernseher im Haus eines der Verdächtigen manipuliert wurde und möglicherweise unterschwellige Botschaften ausgestrahlt hat. Scully hat sich unterdessen einige Videos aus dem Besitz der Täter angesehen und verdächtigt plötzlich Mulder, übergelaufen zu sein…

Nach einer Schießerei heilt ein mysteriöser Mann alle Verletzten durch Handauflegen. Das ruft Mulder und Scully auf den Plan, aber auch Mr. X und eine geheimnisvolle Gestalt, die als „der Raucher“ bekannt ist. Die Agenten tappen zunächst im Dunkeln. Plötzlich wird Mulders Mutter mit einem Schlaganfall ins Krankenhaus eingeliefert. Sie und „der Raucher“ haben eine geheimnisvolle Beziehung, und Mulder erkennt, dass sie ihm wichtige Informationen vorenthält…