X档案被关闭,MULDER和SCULLY也被刻意分开,MULDER失去了探寻真相的工具!MULDER该如何继续? 一国会山议员支持MULDER前去寻找证据,MULDER只身前往波多黎各,搜集由射电望远镜接受到的外星人存在的信号,在控制市里发生了一系列事情. 期间,SCULLY摆脱跟踪,顺利找到MULDER,但是却被蓝寇军发现,二人只得舍弃证据,匆忙逃命.

DUANE BARRY是一家精神疗养院的病人,他是FBI的前探员,并经常回忆自己在1985年遭UFO绑架实验,在精神受到极度刺激之下,他逃出了病院并绑架了一幢大楼里的人,M被指派去"协调",待事情解决后,DB却绑架了在这次任务中表现出众的S,在电话录音器里传来了S求救的声音......

史卡利被杜恩强行带走。M找到杜恩，但史卡利已经不见了，杜恩宣称外星人带走了她，穆德生气之余，打了杜恩拜瑞，就在他离开一下子，杜恩忽然死亡，M怀疑他是被毒死的。M找麦特森参议员帮忙，却遇到X，他告诉他一切都没有用的，官方会否定一切。史基纳为了帮助穆德，打算重开X档案～

史卡利进了医院，没有人知道她打那里来，她昏迷不醒。医生建议史卡利太太，根据遗嘱拿掉所有的仪器，让她自然死亡。M一心只想报仇，他求助X，但X没有理他。孤枪侠把史卡利的病历交给一名网络骇客思考者研究，资料显示史卡利的免疫系统遭到破坏。有人从医院偷了史卡利的血液样本，M一路追到地下室，X拦住他，叫他不要再追查下去，不然会害死所有人。此时史卡利的仪器被拔掉了，一切都得靠她自己

生产牛只的葛林镇，忽然有高中生被绑架，后来回来他们不记得任何事情，只感到害怕。背后都被写上了「他是一个」的字句。当地警长认为是当地的教会组织「红色博物馆」在其中做怪。M与史卡利拜访其中一名受害者盖瑞。他感到有动物的灵魂进入，其它都不记得，史卡利四处查看，觉到有人在注视他们......

M被送进急诊室生命垂危，史卡利赶来要求医生不要替他做一般冻疮治疗，冰冷是他唯一活下去的希望。回溯事情的发生，两星期前在北极，一架类似飞碟的的飞行器坠落海中，一些妇产科医师死亡，这些资料被不知名人士以电子邮件送给M。M与史卡利因此前往调查。调查正在进行中M的爸爸却让M回家一趟，M惊奇的发现失踪22年的萨曼莎居然回家了。另一方面史卡利继续追查，却被赏金猎人盯上，他居然跟M长的一模一样……

赏金猎人抓到了史卡利，要求M拿莎曼珊交换，交换中赏金猎人和莎曼珊一同掉入河中。M将坏消息告诉了父亲，父亲交给他一封莎曼珊的信。史卡利找到了莎曼珊的尸体，尸体一上岸化为一滩绿水。M进入莎曼珊说的地方，发现里面有一堆莎曼珊，她们要求M帮忙保护最原始的那个女孩，但M没有办法保护她们，她们全死光了。M则得到X的帮忙得知赏金猎人在回阿拉斯加找他的飞行器，穆德怕史卡利受连累，独自前往。

M生病了，孤枪侠来找他，因为思考者不小心拷贝了一份破解了MJ档案的密码，但他只愿跟M说这件事。M前去见第一次出场的思考者，拿到了份档案。癌人来见M的父亲比尔，希望比他能阻止M。比尔想了很久，决定将所有的事都告诉M，但在他还没开口之前，就被ALEX杀死。史卡利来M家没找到人，却被暗枪打伤。她带M去见纳瓦荷老人亚伯霍斯丁，老人答应帮忙翻译文件，并让M去了一个奇怪的地方......