Dana Scully被派去与Fox Mulder合作调查X档案。两人的第一个案子是去俄勒冈调查森林中的离奇死亡案，由此追查到过去三起相似的案件并找到了相关的证据。就在真相水落石出时有人截走了证据。真相掌握在谁的手中？

M和S参与调查空军基地绑架自己的试飞员一案，M认为与UFO有关。深喉出场，警告他们不要插手。M执意调查，亲眼看到了使用UFO技术制造的飞机，后被基地洗脑，忘记了看到的一切，调查不了了之。

威斯康辛有不明物体坠毁，军方封锁了该区域清理现场。有隐形物体从该区域逃出，能以超强辐射杀人。在深喉指点下，M潜入该区域调查，被抓，认识了UFO迷Max。M认为Max曾被外星人绑架，S认为Max有妄想症。最后Max在M眼前被不明力量虏走，政府又一次掩盖了事情的真相。

空军击落一架不明飞行物，军方以普通卡车为掩护运送UFO残骸和外星人尸体回美国。M和S追查卡车司机，深喉给他们假消息，意图阻止调查。M和S识破了假消息，循着线索找到了卡车的目的地……

一场离奇的警匪追逐,犯人纵身越河,只留下一摊滴绿色的血液,大学基因工程的教授也被杀害,一连串的事让M和S百思不得起解,在深喉的帮助下,两人各自找到了相应的证据,而后M被擒,S在深喉的帮助下找到了用以交换M的"条件"-外星小绿人的标本,在一个晚上,深喉用自己的生命换来了M.阴谋再一次展开,X档案被关闭!