女海贼亚尔丽塔攻击了一艘客船，正在收刮财物的时候，却从一个大酒桶里面蹦出一个男孩，这个男孩全身像橡胶一样，把海贼们整得哇哇叫，他就是立志要成为海贼王的路飞。路飞遇到了被海贼强迫在船上打杂的男生克比，胆小的克比被路飞的勇气所感动，自己也鼓起了勇气反抗亚尔丽塔，最后两个人终于趁乱驾小船离开了客船。

路飞头上的草帽是他的宝贝，原来那是一位名叫香克斯的海贼船长借给他的草帽。香克斯从山贼西格手中救下路飞，并且跟他约好了，在路飞成为最强悍的海贼之后，必须把草帽还给他。路飞和索隆的船在海上漂流，为了抓小鸟充饥，路飞反被大鸟抓走，而索隆为了救几个落难的海贼，竟然没有救到路飞。幸好路飞自己“飞到”海贼“小丑巴基”船长的地盘上去了。

路飞遇到了专偷海贼财宝的小偷娜美，得知娜美懂得航海术之后，路飞力邀娜美加入他们的海贼团队，娜美却带路飞一起去找海贼巴基船长，想趁机偷取“伟大航路”的航海图。巴基船长要假装投靠他的娜美杀死路飞来表现忠诚度，娜美下不了手，于是巴基船长下令杀死她，幸好索隆即时赶到，想救他们两个离开，但是索隆的剑却杀不死身体会四分五裂的巴基船长。

为了补充人员和物资，路飞他们来到了一个小岛，结果在岛上遇见了爱吹牛的乌索普。原来乌索普就是香克斯船上耶稣布的儿子，他自称是乌索普海贼团的首领，手下有青椒头、红萝卜头和洋葱头三个部下。但是因为他爱吹牛，村子里的人都讨厌他。为了得到大船，路飞他们来到村子里最有钱的人家，也就是乌索普的好朋友，可雅小姐的大宅邸。

路飞一伙人闯入可雅家，想跟他们要一艘大船，却被管家克拉巴特尔赶了出来。乌索普的三个部下和娜美在路上遇到一个怪人，怪人自称是催眠师赞高，让他们全都睡着了。路飞和乌索普发现克拉巴特尔管家居然就是最有智谋的海贼克洛船长，他和赞高里应外合，计划要攻击这个村子，并且杀害可雅小姐，夺取庞大的财产。

乌索普得知克拉巴特尔要跟海贼里应外合攻击村子、杀害可雅的事情，急忙去告诉村民们，结果村民们根本不相信他的话，连可雅也觉得乌索普是怨恨克拉巴特尔，才编出了这个谎话。伤心之余，乌索普决定自己去对付那些海贼，保卫他最喜欢的这个村子。而摔落山崖的路飞并没有死，他只是睡了一觉被娜美和索隆叫醒。听了乌索普的决定，他们决定要帮助他对付海贼团，保护这个村子和可雅小姐。

路飞他们要跟乌索普联手保护村民的安全，为了阻止海贼进攻村子，他们防守在坡道上，没想到乌索普居然搞错了方向，海贼是从另一边的海岸登陆的，大家急忙赶到北边的坡道，路飞和索隆却迷路了，而娜美急着保护她的财宝，跟乌索普在海贼面前争执不休，搞得海贼们一头雾水。就在千钧一发之际，路飞和索隆终于赶到了。

路飞和索隆终于赶到北边的坡道，为了通过坡道赞高以催眠术让部下变得很强悍，结果连路飞也被催眠，于是威力大增，把海贼们打得几乎全军覆没。赞高即时让路飞睡着，并且派出最后王牌猫人兄弟对付索隆，索隆的刀被他们偷走，只剩下一把刀眼看就快要招架不住了，于是娜美想去帮他把刀找回来，却被赞高杀伤。这时候，等不到部下们的克洛船长出现了，显得非常愤怒。

克洛船长因为赞高没有准时进攻村子而大怒，他要求他们在五分钟之内把索隆他们解决掉，否则就要把大家通通杀光。幸好娜美即时把刀还给了索隆，让索隆展现实力解决了猫人兄弟。这时候可雅突然出现，拿枪指着克拉巴特尔，结果还是被他把枪抢了过去。就在最后的紧要关头，一直处于睡眠状态的路飞终于复活了。

为了保护可雅，乌索普命令青椒头等三个部下带着可雅逃到树林里去，克洛船长也派赞高去抓他们，为了阻止他们前进，乌索普奋不顾身的抵抗。克洛船长听到部下叫他的名字，非常生气，他说出了找替身让世人以为克洛船长已经被处死的一段往事，并要求部下们不要再叫他克洛船长了。

青椒头等三个孩子带着可雅逃到森林里去，可雅因为太劳累竟然发起了高烧。赞高紧追不舍，孩子们虽然害怕，最后还是决定遵照船长的命令，誓死保护可雅。而可雅为了不连累他们，答应写下遗书。另外，克洛为了保住自己还活着的秘密，竟然想把手下们通通杀光，让路飞大为火光。

眼看着克洛船长居然把自己的部下杀光，让路飞大为火光，于是大发雷霆解决了克洛船长，而乌索普和索隆也在最危急的关头，从赞高手中救出可雅小姐。为了感谢他们让村子免于遭受海贼的攻击，可雅小姐送给他们一艘大船，决定要出海航行的乌索普成为了他们的新同伴，一起搭乘“黄金梅丽号”出海航行。

索隆回想往事，他小时候在古伊娜的父亲所开设的道场学习剑法，虽然进步神速，却始终打不赢古伊娜。于是他和强敌古伊娜约定，将来他们其中一个人一定要变成世界第一的大剑豪。没想到不久之后古伊娜发生意外死掉了，伤心的索隆向古伊娜的父亲要了古伊娜的剑，发誓要变成世界第一的剑豪，替古伊娜完成心愿。

路飞他们遇到了索隆的同行，抓海贼领赏金的强尼和约瑟夫。约瑟夫病得很严重，大家都束手无策，只有娜美看出他是得了败血症，并且用莱姆治好了他的病。因此为了在航海旅程上得到均衡的营养，路飞决定要找一位厨师。于是强尼带他们来到海上餐厅，路飞却因为弄坏餐厅而被大厨抓了起来。而在餐厅里耀武扬威的海军大尉霍波迪，却被大厨副手山治修理了一顿。

海上餐厅“巴拉蒂”的老板原先是海贼，他手下的厨师们也都凶狠好斗。不过也因为如此，才能阻止海贼来餐厅白吃白喝。阿金是最凶恶的克利克海贼团的成员，他虽然饿个半死，但是遇到不愿意招待海贼吃饭的厨师派迪，不但没有饭吃还被打了一顿。而山治却只把他当成一个肚子饿的人，送饭给他吃。路飞看到，决定请他加入海贼团，但是山治却不答应，然而阿金回到海贼船之后居然提出说要带路到海上餐厅来。

拥有五十艘海贼舰队的提督克利克出现在海上餐厅，他说他已经快饿死了，要求一些食物和水。所有的人都反对，只有山治拿食物给他吃，吃饱之后他果然翻脸要霸占海上餐厅，并且要求准备一百人的食物给他的部下吃，山治要去厨房准备食物，却被其他厨师抓住了，结果哲普竟然自己拿出食物给克利克。

克利克认出哲普就是大海贼红脚哲普，他的脚是强力的杀人武器，现在却因为海难意外失去了一只脚，因此变成厨师经营海上餐厅。众人从阿金口中得知他们在伟大的航路碰到了一个神秘的男人，他竟独力打败了五十艘海贼船，克利克打算让部下们吃饱之后就进攻海上餐厅，将这艘船据为己有，厨师们也不甘示弱，誓死捍卫他们的餐厅。就在双方人马正要开打的时候，想不到传说中的鹰眼男子突然出现，将克利克的大船一刀砍成两段。

阿金挟持着哲普让山治出不了手，但就在巴拉发动攻击时，阿金突然站出来说他要自己对付山治，身为海贼团总队长的他果然是毫不留情的对山治展开攻击了，但就在最后一刻他突然说下不了手，原来山治的恩情让他不忍下手，发怒的克利克首领居然要用毒气弹来对付所有人。

狠心的克利克居然真的用毒气弹对付对他忠心耿耿的阿金，而阿金为了保护山治和路飞将面罩丢给他们两个用，而自己身中剧毒。

面对路飞一再积极的攻击，克利克终于也使出了最大的本领，但是他虽然有精良的武器还是被路飞给打败了，山治和阿金看到路飞毫无畏惧一心一意为自己目标努力的样子，才终于体会到自己应该怎么做，于是阿金扛着克利克决定重新出发再向伟大的航路挑战。

打败了克利克，路飞的打杂工作也告一段落，但是山治似乎仍未下定决心和路飞一起走，哲普看着山治谈起ALL BLUE兴奋的神情，决定用激将法将他逼走，于是大伙一起编起善意的谎言，无意间发现大家用意的山治，终于决定不辜负大家的好意要跟路飞走了。

路飞們終於抵達了小花園，然而跟它的名字不相稱，這座島既不小，而且也不像花園一樣美麗，到處都是奇怪的生物，充滿著詭異的氣氛， 天不怕地不怕的路飞決定到島上冒險，香吉士和索隆也深入島內狩獵，想不到出現在他們眼前的竟是史前時代的恐龍，原來這是一座時光停留在遠古時代的太古之島…

路飞一行人航行在海上，香吉士發現食物都被同伴吃掉大發雷霆，路飞他們為了補充冰箱的食物意外釣起了Mr.2馮克雷，Mr.2的模仿能力讓他們非常讚賞，但是事後才知道他們其實是敵對的人讓他們感到這次對手實力堅強相當棘手…

路飞一行人終於到了阿拉巴斯坦的拿哈那，同時也發現了Mr.3的船，為了避免被發現他們決定喬裝成老百姓前往猷巴綠洲，路飞衝動之下一路衝到沙漠裡卻發現了跳舞粉的秘密，而喬巴也在買東西時誤入了叛軍的基地…

路飞一行人趕往猷巴的路上，卻因為娜美和薇薇坐上睫毛駱駝而走失，後來發現原來娜美她們被砂賊巴魯巴魯團抓去了，不過不打不相識原來巴魯巴魯團的拉撒與娜美公主小時後相識，而娜美更加堅定了阻止克洛克達爾煽動內亂，還有平息叛軍內亂的決心…

巴洛克華克公司的社長竟然就是七武海的克洛克達爾，他將最後指令下達給高級特務要在叛亂軍和國王軍開戰時進行他們的陰謀，路飞一行人在告別多托叔叔後前往喀特雷亞的路上，路飞和薇薇公主激烈口角後來終於達成共識，大家決定繼續旅程去打垮克洛克達爾…

香吉士的及時出現，誤打誤撞釋放出香蕉鱷魚肚裡的Mr.3，藉助他「魔鬼蠟燭」的融化能力，讓大家得以順利逃出來。可是也被香吉士救出來的斯摩格上校會輕易放過路飞他們嗎？？

終於逃出「雨宴」的路飞一行人，立刻趕往阿爾巴那阻止叛亂軍，沒想到克洛克達爾早已等在前面阻擋他們的去路，路飞決定自己一個人留下來對付克洛克達爾，路飞即將面臨前所未有的危機！！

路飞抵擋不住克洛克達爾強大的攻擊而沈入沙漠，雖然被Miss all星期天救起逃過了一劫，然而受到致命傷的路飞仍然性命垂危...

爪鴨部隊和加卡都犧牲了,寇沙在前線居然被潛伏兩方軍隊的巴洛克華克組織人手暗殺。兩方在不斷地被挑釁下終於開戰了。路飞即時趕來將薇薇公主救起，全體海賊也集合了，大家齊心要把克洛克達爾打出這個國家…