Inuyasha, Sango, Miroku, Shippo y Kagome llegan a una aldea, y Miroku se encarga de eliminar a un demonio de una vivienda. Shippo encuentra a una niña que está siendo maltratada por otros niños, y los ahuyenta. Más tarde descubre que la culpa era de ella, porque había robado alimentos que no le pertenecían.

Miroku y Sango se marchan para intentar derrotar a un hermoso demonio con forma de mujer que se dedica a atraer a los hombres de la aldea para robarles su juventud.

Mientras Sango se va para reparar su Hiraikotsu, el resto del grupo tiene un desafortunado encuentro con Tokajin, un hombre que alimenta a un árbol demoníaco con cuerpos humanos luego de haberle dado un fragmento de Shikon.

Mientras Kagome, Miroku y Shippo son encogidos y atrapados por Tokajin, Inuyasha es incapaz de luchar porque es noche de luna nueva. Kagome recupera su tamaño normal y colabora con Inuyasha, quien fue a buscarla, para intentar que todos puedan escapar con vida de Tokajin.

Sango se encuentra en su aldea natal, la aldea de los exterminadores. Mientras repara su Hiraikotsu con técnicas aprendidas de su padre, es atacada por dos niñas. Más tarde se entera que provienen de una aldea ninja y que desean ser sus aprendices para poder defender su aldea de monstruos que la acechan.

Naraku le ofrece un fragmento de Shikon a Tsubaki, una oscura sacerdotisa enemiga de Kikyo, a cambio de que maldiga a Kagome y la utilice para que mate a Inuyasha.

Kagome sufre la maldición de Tsubaki, quien la manipula para que intente matar a Inuyasha, pero la sacerdotisa oscura es interrumpida por Kikyo, quien le advierte que no debe subestimar el poder de su reencarnación y le dice que la matará si se atreve a lastimar a Inuyasha.

Kagome lucha por deshacerse de la maldición de Tsubaki, quien la manipula para que sueñe con episodios de su vida como si nunca hubiera viajado a la Época Feudal y conocido a Inuyasha.

Tsubaki huye con el fragmento de Shikon y regresa al templo donde se entrenó como sacerdotisa. Allí se encuentra con Momiji y Botan, dos jóvenes sacerdotisas, a quienes hace creer que Inuyasha y su grupo son enemigos.

Mientras Miroku y shippo intentan convencer a Momiji y Botan de que no son enemigos, Tsubaki libera a un demonio de una pagoda para intentar derrotar a Kagome e Inuyasha.

En un rápido combate, el equipo derrota a un monstruo débil, siendo agasajados por el pueblo victimado por el monstruo, pero esa noche Sango se comporta de manera extraña y ataca a Miroku, lo cual despierta sospechas.

La barrera de Naraku misteriosamente se debilita, lo cual permite a Koga e Inuyasha detectar su olor. Mientras tanto, Kagura, luego de obtener los fragmentos de Koga, debe decidir si traicionar o no a su creador Naraku.

Kagura descubre que Inuyasha se transforma en humano en las noches de luna nueva, pero decide no contárselo a Naraku, quien al mismo tiempo está experimentando una espantosa transformación en su cuerpo.

Shippo recibe una carta de desafío, enviada por Soten, el último de los hermanos Relámpago, así que él y sus amigos se dirigen al lugar de encuentro, pero Soten ideó un plan para capturar a Shippo y evitar que sus amigos lo ayuden, tendiéndoles una trampa a cada uno de ellos.

Durante la ausencia de Kagome, quien todavía no había vuelto de su época, Inuyasha y el resto encuentran que un numeroso grupo de bandidos fueron asesinados en una aldea. Pero lo extraño no es que estén muertos, sino que les falta el rostro.

Inuyasha salva a Kagome del monstruo creado por Naraku, llamado Musso; al parecer, lo que más desea éste es quedarse con Kagome. Todos, incluso Inuyasha, concuerdan en que es mejor que Kagome se aleje de allí y vuelva a su época hasta que se resuelva el asunto.

Inuyasha se enfrenta a Musso, pero la batalla se torna interminable ya que el cuerpo de ese monstruo es capaz de regenerarse, y ni el Kaze no Kizu funciona. Miroku se da cuenta de que el corazón de Onigumo se encuentra en la espalda de Musso, en la cicatriz en forma de araña, y le dice a Inuyasha que si logra direccionar el Kaze no Kizu a esa parte de su cuerpo lo derrotará.

Inuyasha va a visitar a Totosai para que le enseñe una técnica capaz de destruir el campo de energía de Naraku. Allí se encuentra con un pequeño gato montañés algo torpe que busca lo mismo que él, quiere aprender a destruir campos de energía ya que un monstruo creó uno alrededor de las montañas donde vive él y su gente y no pueden conseguir alimentos.

Myoga le cuenta a Inuyasha la técnica secreta que le dijo Totosai para romper el campo de fuerza de Naraku: tiene que derrotar a un hombre murciélago y bañar a Tessaiga con su sangre. Como los hombres murciélago se dedican a crear campos de energía, la espada se hará más fuerte, porque adoptará el poder del enemigo.

El ejército de hombres murciélago ataca la aldea en la que nació Shiori, e Inuyasha y sus amigos deben defenderla. Finalmente, se enfrenta al malvado abuelo de Shiori, Taigokumaru. Ella deberá elegir entre volver a la aldea, rompiendo el campo de energía con el que protege a su abuelo y haciendo que éste ataque a su madre, o quedarse con él manteniendo el campo y dejar que continúen atacando la aldea.

Kagome tarda mucho, entonces Inuyasha va a buscarla a su época. Mientras tanto, la aldea de Kaede es atacada por un grupo de gatos leopardo que buscan a Kagome para obtener la perla de Shikon. Cuando Inuyasha y Kagome regresan, los gatos vuelven a atacar y esta vez se llevan a Kagome.

Inuyasha logra destruir la barrera de los gatos-leopardo con la nueva técnica de Tessaiga. Luego de que Myoga les revele por qué esos demonios están buscando venganza, el grupo se divide para enfrentar a cada uno de ellos separadamente.

Para resucitar a su Maestro, los gatos-leopardo han capturado aldeas enteras para hacer sacrificios. Aun así, cuando el Maestro es vuelto a la vida, inesperadamente mata a tres de ellos. Inuyasha y Sesshomaru se unen para derrotarlo.

Inuyasha, Sango, Miroku, Shippo y Kagome se dirigen a una aldea para exterminar a un monstruo. Cuando llegan, el terrateniente dueño del castillo reconoce a Sango; se conocieron 6 años atrás cuando ella, su padre y el resto de sus compañeros exterminadores fueron allí a eliminar a un monstruo.

Jaken, sin que Sesshomaru sepa nada, idea un plan para robar a Tessaiga. Primero, contrata a una criatura torpe para que la robe, pero esta se confunde y se lleva diferentes pertenencias de Sango, Miroku y Kagome, que a Jaken no le interesan.

Naraku amenaza a Sesshomaru con lastimar a Rin a menos que él mate a Inuyasha, pero Sesshomaru ignora éste ultimátum. Inuyasha pelea con Kagura, que sólo está fingiendo luchar por Naraku, a quien ella quiere que Inuyasha mate.

Naraku se ve obligado a pelear con Sesshomaru e Inuyasha, quienes unen fuerzas para intentar herirlo seriamente. La lucha se detiene cuando Naraku, antes de desvanecerse, le ordena a Kohaku que mate a Rin, lo cual obliga a Sesshomaru a abandonar la pelea y acudir en su ayuda.

Mientras Inuyasha, Miroku y Sango investigan un castillo abandonado sin obtener pistas, Kagome debe estudiar para su próximo examen en su época. Inuyasha se impacienta por su ausencia y se dirige a la época actual para traerla de regreso.