在M・B・I的主导下持续着严森警备的新东京帝都。在意旧惩罚部队·谜之鹡鸰“结女”的存在的红翼，让灰翅帮忙调查。知道真相的鸦羽，却一字不提。风花知道鹡鸰纹在反应，但是还是选择默默注视着皆人。找到了自己身为鹡鸰的命运的美哉。祈祷着与结她们的和平日子能一直持续下去的皆人。在每个人的想法在互相交织的的过程中、在这不寻常的沉寂之下，鹡鸰计划再次开始了。然后终于，新舞台的序幕正在慢慢升起——。

启动了设置在帝都塔的炸弹，并且锁定了系统的御中。在接待室中，为了解开这个锁定而在奋斗着的松与在身边保护她的草野，守卫机器人正在一步步逼近着她们。就在二人陷入了空前危机之时，一个意外的人物却出现了。另一边，与结一起抵达了顶点的皆人，从御中那里成功得到了千穗的治疗数据。但是塔已经到达了极限，开始崩塌……究竟他们的命运会如何——！？