Optimus se siente nervioso debido a una antigua profecía cybertroniana que hablaba de una batalla que se libraría en un planeta donde habría caos y empieza a sospechar que el planeta al que hablaba es la Tierra. Megatron confiado en que derrotaría a Optimus decide volver a construir un portal para buscar mas Energon Oscuro en el universo y volver a crear un ejército de "Cybertrionanos Zombies". Mientras tanto, la madre de Jack intenta salvar a vida de Raf, que fue infectado con energon oscuro por Megatron

Cuando Megatron esta apunto de terminar con la vida de Optimus, Bulkhead aparece para alejar a Megatron de Optimus así Arcee y Ratchet lo llevan de vuelta a la base, al haberlo logrado Megatron regresa a su nave. Ya en la base, Optimus se da cuenta de que él y Raf estuvieron expuestos al energon oscuro de Megatron y que aunque ya está curado, la madre de Jack regaña a los autobots por lo que pasó y trata de llevarse a los niños pero solo se lleva a Raf ya que Mikoy Jack se negaron a dejar a sus amigos detrás. Luego de que diversos desastres comienzan a manifestarse en la Tierra (Terremotos, Tsunamis, Tormentas, Etc), y Bumblebee salva a June y Rf de ser tragados por un tornado, Ratchet logra descubrir que la Tierra se había formado cuando un montón de rocas especiales chocaban contra Unicron, por lo que la tierra se formó alrededor de su cuerpo y que los desastres que estaban ocurriendo era debido a que el cuerpo de Unicron comenzaba a funcionar otra vez.

Después de ayudar a los Autobots en una pelea contra un ejército de clones de piedra de Unicron, Megatron forma una difícil alianza con sus enemigos para derrotar a Unicron y salvar a la Tierra de la destrucción. Los Autobots y Megatron luego viajan al núcleo de la Tierra, planeando enviar de vuelta a Unicron a un estado de hibernación utilizando la Matriz del Liderazgo de Optimus Prime.

En la base Autobot, Ratchet cuenta la historia de Optimus antes de que fuera un Prime, y su amistad con el gladiador Megatronus (Megatron) quien quiso ser un descendiente de Primus. Mientras tanto, al estar dentro de el cuerpo de Unicron, los Autobots y Megatron se enfrentan a las defensas del destructor para evitar que lleguen a su Spark, al no poder con todas, Optimus y Megatron entran a la Spark de Unicron, para que La Matrix del Liderazgo de los Prime acabe con Unicron. Pero al salvar a la tierra Optimus pierde su memoria y se vuelve a convertir en Orion Pax, el archivista de Iacon.