Nikita e Michael scoprono l'esistenza di un nuovo arto prostetico che darebbe a Michael l'opportunità di ritornare a essere quello di prima. Purtroppo il prezzo da pagare è molto alto. Alex e Sean sono incaricati di indagare all'interno della Divisione per scoprire chi si nasconde dietro un ammutinamento, i sospetti ricadono su Rachel, un agente operativo, che cerca di scappare ma viene catturata e interrogata da Ryan. Durante l'interrogatorio Rachel fa un passo falso e Ryan capisce che è solo un burattino e il burattinaio è Alex. Alex si sente minacciata da Ryan e gli spara mandandolo in coma. Rachel si prende la colpa per far si che Alex continui la sua manovra di sabotaggio.

Alex confessa a Birkoff il suo desiderio di lasciare la Divisione. Amanda intanto riesce a fornire a Owen qualcosa che lui sta cercando da molto tempo: informazioni sul suo vero passato.

Nikita è nelle mani di Amanda che usa le sue tecniche di condizionamento mentale su di lei. Mentre è costretta ad affrontare i demoni del suo passato, Nikita scopre il più importante segreto di Amanda. Michael è stato messo sotto chiave da alcuni cospiratori all'interno della Divisione. Birkhoff e Sean cercano di salvare le loro partner.