Kimblee z sukcesem prowadzi pościg za Scarem. Kiedy spotykają się w pociągu, okazuje się, że z Ishvalczykiem podróżuje Yoki. Tymczasem May i Marcoh osobno usiłują zdobyć notatki brata Scara. Tymczasem Ed i Al trafiają do fortecy Briggs, którą dowodzi generał Olivier Mira Armstrong, siostra Alexa.

Ponieważ Ed i Al nie chcą zdradzić generał Armstrong celów swojej podróży, zostają skierowani do pracy. W tym samym czasie twierdzę Briggs atakuje homunkulus Sloth.

Po walce z homunkulusem, generał Armstrong aresztuje braci Elric, aby zmusić ich do wyjawienia prawdy. Ed i Al zdradzają jej część ze swoich planów, a następnie wraz z nią i kapitanem Buccaneerem udają się do podziemi, aby zbadać tunel, kopany przez Slota. Do twierdzy przybywa także Kimblee i generał Raven.

Grupa badająca tunel w Briggs zostaje zaatakowana przez tajemniczy cień. Olivier zabija generała Ravena, natomiast major Miles zwodzi Kimblee’a, aby dać czas generał Armstrong. Po pewnym czasie Kimblee pokazuje braciom Elric, że przyjechała z nim Winry, aby uświadomić im ich sytuację.

Generał Armstrong wysyła grupę ratunkową po grupę, która badała tunele. Kimblee zleca Edwardowi misje – odnalezienia Scara i doktora Marcoh oraz wywołanie masakry w Briggs. Tymczasem Riza Hawkeye odkrywa, że adoptowany syn Kinga Bradleya – Selim jest homunkulusem (Pride).

Ed, Al i Winry podstępem odłączają się od grupy Kimblee’a, szukającej Scara i Marcoh. Udaje im się znaleźć świtę Scara i wspólnie ukuwają intrygę, pozwalającą na uwolnienie Winry spod nadzoru Kimblee’a. Tymczasem grupa poszukiwawcza w Briggs zostaje uratowana.

Olivier Armstrong jedzie do centrali, gdzie otwarcie przyznaje się do zabicia generała Ravena, żądając jego stanowiska dla siebie. Spotyka także swojego brata, za którym nie przepada. Porucznik Hawkeye przekazuje Mustangowi informację o Selimie Bradleyu, za pomocą mnemotechniki. Tymczasem Ojciec śni o swojej przeszłości, gdy był homunkulusem zamkniętym w kolbie, a jego właścicielem był Hohenheim – niewolnik w Xerxes.

Zampano zwabia Envy’ego do świty Scara, z którym podróżuje doktor Marcoh. Okazuje się, że była to przygotowana zasadzka na homunkulusa, którego udaje im się pokonać i zredukować do formy małego robaka. Po walce May udaje się na wschód, by wrócić do Xing. Tymczasem Al zatrzymuje się w Liore, gdzie spotyka swojego ojca.

Chimery, które wcześniej walczyły z Edwardem, teraz z nim współpracują. W Liore Hohenheim opowiada Alphonsowi wszystko co wie o planach Ojca. Tymczasem Greed walczy z jednym ze swoich dawnych towarzyszy. Po zabiciu go, wspomnienia zaczynają do niego powracać. Wściekły z tego powodu Greed, atakuje Kinga Bradleya.

Greed ponosi porażkę w walce z Kingiem Bradleyem, jednak udaje mu się uciec. Tymczasem Olivier jest zmuszona walczyć ze swoim bratem Alexem o posiadłość rodzinną i odnosi zwycięstwo. Tymczasem Edward, Darius i Heinkel trafiają do starej kryjówki, gdzie spotykają Greeda. Ling na chwilę odzyskuje kontrolę nad ciałem i mówi Elricowi o planach Ojca co do Dnia Sądu.

Lan Fan i Ling walczą z Gluttony’m natomiast Ed i Heinkel starają się wyrwać Ala spod kontroli Pride’a. Tymczasem Mustang odwiedza bar prowadzony przez Madame Christmas, by ostatecznie potwierdzić tożsamość Selima Bradleya. Wkrótce potem Roy niszczy bar i pozoruje śmierć Madame Christmas, która jest jego przybraną matką.

Roy Mustang wraz ze swoimi najbliższymi współpracownikami, rozpoczyna bunt w Central City. Będąc w trudnej sytuacji dołączają do niego ishvalscy uchodźcy, natomiast w kwaterze głównej armii, walczą żołnierze z Briggs, którym przewodzi kapitan Buccaneer.

Selim Bradley wysyła wiadomość alfabetem Morse’a i wkrótce na ratunek przychodzi mu Solf Kimblee. Al, widząc że walcząc z Heinkelem przeciwko Pride’owi i Kimblee’mu nie ma szans – używa mocy kamienia filozoficznego. Tymczasem w centrali generał Armstrong zostaje zaatakowana przez Slota. Przed śmiercią ratuje ją jej brat Alex. Envy odzyskuje swoje ciało.

Używając kamienia filozoficznego, Al, Heinkel i dr Marcoh zadają krytyczne obrażenia Kimblee’mu. Pride pochłania go, by się wzmocnić. Wkrótce potem przybywa do nich Yoki, dzięki któremu udaje im się uciec od Selima. Tymczasem w kwaterze głównej Armstrongowie zostają zaatakowani przez armię sztucznych ludzi.

Mustang ściga Envy’ego konsekwentnie spalając jego ciało i poddając go torturom. Udaje mu się ponownie sprowadzić go do formy robaka. Tuż przed dokonaniem zemsty zostaje powstrzymany przez Eda, Scara i porucznik Hawkeye. Będąc u kresu sił, Envy popełnia samobójstwo poprzez zniszczenie swojego kamienia filozoficznego.

Otoczeni przez sztucznych ludzi, Armstrongowie mają kłopoty w walce ze Slothem. Niespodziewanie na ratunek przybywa Izumi Curtis wraz ze swym mężem Sigiem. W tym samym czasie Hohenheim walczy w podziemiach z Ojcem.

Greed przegrywa walkę z Wrathem, dlatego Fu jest zmuszony walczyć sam. Widząc, że nie ma szans go pokonać, usiłuje przeprowadzić samobójczy atak. Okazuje się on nieudany, jednak dzięki temu, umierający Buccaneer jest w stanie zadać poważny cios Kingowi Bradleyowi, który spada do fosy.

Będący na skraju śmierci kapitan Buccaneer, prosi Linga, by ten dopilnował utrzymania zamkniętej bramy. Tymczasem Ed, Al i Izumi zostają przeniesieni do podziemi, ponieważ są kandydatami na „ofiary” (otworzyli Bramę Prawdy). Złotozębny naukowiec rani Rizę Hawkeye, chcąc nakłonić Roya Mustanga, do przeprowadzenia ludzkiej transmutancji.

Wszyscy alchemicy i chimery zdolne do walki stają naprzeciw Ojca. Kiedy większość zostaje pokonana, a Ed traci swoją protezę, Al postanawia przeprowadzić transmutancję swojej duszy w zamian za zwrócenie ręki bratu. Udaje mu się to dzięki pomocy May. Mając ponownie obie ręce sprawne Edward przeprowadza kolejny zmasowany atak na Ojca.

Roy Mustang używa kamienia filozoficznego by uleczyć Havoca, a także odzyskać wzrok. Po śmierci Kinga Bradleya, nowym zwierzchnikiem sił zbrojnych zostaje generał Grumman. Ling, któremu udało się zdobyć kamień filozoficzny przed powrotem do Xing, składa obietnicę, że zaopiekuje się pozostałymi rywalizującymi klanami. Edward i Alphonse powracają do rodzinnego Resembool, gdzie spotykają Winry.